80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0416 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 560 aa  1154    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2269  putative transcriptional regulator  47.1 
 
 		 556 aa  482  1e-135  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.856074  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  44.98 
 
 		 552 aa  460  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3662  putative transcriptional regulator  47.67 
 
 		 554 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  39.08 
 
 		 572 aa  409  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0004  putative transcriptional regulator  40.07 
 
 		 568 aa  396  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2241  putative transcriptional regulator  43.45 
 
 		 441 aa  372  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 538 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0979  hypothetical protein  42.25 
 
 		 256 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.346318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  22.96 
 
 		 548 aa  89.7  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 472 aa  89.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.54 
 
 		 555 aa  87.8  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  22.89 
 
 		 556 aa  85.1  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  23 
 
 		 545 aa  84  0.000000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 456 aa  76.3  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 456 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 582 aa  73.6  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  26.2 
 
 		 564 aa  72.8  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 		 606 aa  72  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 455 aa  71.2  0.00000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  22 
 
 		 581 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  23.1 
 
 		 687 aa  70.1  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  23.81 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  24.42 
 
 		 586 aa  67.4  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  23.78 
 
 		 481 aa  67.8  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 		 483 aa  66.6  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  23.13 
 
 		 470 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  23.13 
 
 		 478 aa  61.6  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 479 aa  61.6  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  22.67 
 
 		 394 aa  60.1  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 468 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  20.88 
 
 		 551 aa  58.9  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  22.84 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  21.84 
 
 		 484 aa  58.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  22.77 
 
 		 611 aa  58.2  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 508 aa  58.2  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  23.19 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  24.19 
 
 		 619 aa  57.4  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.73 
 
 		 446 aa  57  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  23.24 
 
 		 467 aa  56.2  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  23.3 
 
 		 483 aa  56.6  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 589 aa  56.6  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 448 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  28.95 
 
 		 526 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  25.46 
 
 		 500 aa  55.1  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  22.16 
 
 		 433 aa  54.7  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  34.4 
 
 		 376 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 522 aa  55.1  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  35.66 
 
 		 488 aa  53.5  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  28.99 
 
 		 483 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  24.72 
 
 		 502 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 		 628 aa  52.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1286  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 219 aa  52.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000902529 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 412 aa  51.2  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  22.35 
 
 		 374 aa  51.2  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.06 
 
 		 634 aa  50.8  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  22.41 
 
 		 455 aa  50.8  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 620 aa  50.1  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  22.01 
 
 		 427 aa  50.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  23.47 
 
 		 475 aa  48.9  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 448 aa  48.5  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28080  predicted transcriptional regulator with HTH domain  24.39 
 
 		 582 aa  48.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 459 aa  48.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 		 383 aa  47.8  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  25.17 
 
 		 276 aa  46.2  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 		 571 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  22.88 
 
 		 515 aa  46.2  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 561 aa  46.2  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 		 469 aa  47  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  27.05 
 
 		 453 aa  46.2  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 480 aa  45.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  24.56 
 
 		 494 aa  46.2  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  19.6 
 
 		 469 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26 
 
 		 572 aa  45.1  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 663 aa  45.4  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  25.76 
 
 		 311 aa  44.3  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  22.49 
 
 		 504 aa  44.3  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  22.87 
 
 		 492 aa  43.9  0.007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 480 aa  43.9  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>