104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0360 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  100 
 
 
589 aa  1158    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28080  predicted transcriptional regulator with HTH domain  47.86 
 
 
582 aa  470  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3059  putative transcriptional regulator  37.06 
 
 
599 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 
586 aa  192  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 
564 aa  171  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  29.95 
 
 
545 aa  100  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  27.47 
 
 
548 aa  99.8  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.14 
 
 
555 aa  99.4  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  31.76 
 
 
582 aa  95.1  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 
538 aa  90.9  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 
556 aa  85.1  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  23.79 
 
 
551 aa  79  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  23.64 
 
 
433 aa  78.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 
456 aa  73.9  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 
448 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  28.13 
 
 
480 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.2 
 
 
494 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
433 aa  68.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 
430 aa  68.2  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 
427 aa  67.4  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 
480 aa  67.4  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.65 
 
 
478 aa  67  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 
448 aa  66.6  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 
459 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 
485 aa  64.7  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  28.79 
 
 
456 aa  64.3  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  24.79 
 
 
471 aa  63.2  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  36.05 
 
 
276 aa  62.4  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  23.86 
 
 
457 aa  62.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 
581 aa  62  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 
468 aa  61.2  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.88 
 
 
462 aa  60.8  0.00000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 
456 aa  60.8  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  21.77 
 
 
483 aa  60.5  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  34.12 
 
 
453 aa  59.7  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
479 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  21.57 
 
 
455 aa  60.1  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  26.95 
 
 
479 aa  59.3  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  37.35 
 
 
358 aa  58.9  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 
467 aa  58.2  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 
663 aa  57.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  32 
 
 
500 aa  57.8  0.0000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  34.48 
 
 
311 aa  57.8  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  25.39 
 
 
560 aa  57.8  0.0000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  24.73 
 
 
226 aa  57.8  0.0000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  29.95 
 
 
687 aa  57.4  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  24.09 
 
 
334 aa  56.2  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  24.51 
 
 
454 aa  56.6  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 
469 aa  57  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
394 aa  56.6  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2241  putative transcriptional regulator  23.88 
 
 
441 aa  56.6  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
483 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  28.7 
 
 
413 aa  55.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  24.37 
 
 
481 aa  55.5  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.33 
 
 
412 aa  55.1  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  34.82 
 
 
634 aa  54.7  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0641  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 
207 aa  54.7  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  38.1 
 
 
205 aa  53.9  0.000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  26.02 
 
 
382 aa  53.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  20.44 
 
 
446 aa  52.8  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  26.45 
 
 
470 aa  52.4  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  29.75 
 
 
488 aa  52.8  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  29.77 
 
 
619 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 
545 aa  52.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 
235 aa  51.6  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 
469 aa  51.6  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  24.37 
 
 
403 aa  51.6  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  24.37 
 
 
403 aa  51.6  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 
572 aa  51.6  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  23.31 
 
 
386 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 
472 aa  51.2  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  23.88 
 
 
394 aa  50.8  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
606 aa  51.2  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 
620 aa  50.4  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
472 aa  50.4  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  32.5 
 
 
442 aa  49.7  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  24.38 
 
 
552 aa  49.3  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 
641 aa  49.7  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  25 
 
 
463 aa  49.7  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
502 aa  48.5  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 
475 aa  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  30.28 
 
 
1492 aa  48.5  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  24.08 
 
 
376 aa  47.8  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0004  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 
568 aa  47.8  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  21.72 
 
 
383 aa  48.1  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 
462 aa  48.1  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 
462 aa  47.8  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3662  putative transcriptional regulator  22.74 
 
 
554 aa  47.4  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2716  putative transcriptional regulator  21.88 
 
 
1123 aa  47  0.0009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000820476  normal  0.236594 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  34 
 
 
448 aa  47  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 
522 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  30.61 
 
 
526 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  23.3 
 
 
467 aa  47  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  23.36 
 
 
519 aa  45.8  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 
508 aa  45.8  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 
515 aa  45.8  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 
571 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 
572 aa  46.2  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  22.52 
 
 
561 aa  45.1  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  25.89 
 
 
412 aa  45.4  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>