160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0057 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  100 
 
 
555 aa  1123    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  73.33 
 
 
556 aa  828    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  41.22 
 
 
551 aa  382  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  36.66 
 
 
545 aa  311  2e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  34.71 
 
 
548 aa  293  4e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 
582 aa  218  2.9999999999999998e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  37.12 
 
 
427 aa  189  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  24.08 
 
 
538 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 
586 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 
564 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 
480 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
471 aa  111  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 
622 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  28.2 
 
 
480 aa  110  9.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3313  putative transcriptional regulator  40.41 
 
 
206 aa  103  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 
448 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  26.38 
 
 
433 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  27.79 
 
 
448 aa  101  4e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  24.16 
 
 
561 aa  100  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 
581 aa  99  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  24.65 
 
 
498 aa  99  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28080  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.23 
 
 
582 aa  96.3  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  24.25 
 
 
589 aa  95.5  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0004  putative transcriptional regulator  24.96 
 
 
568 aa  94.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.42 
 
 
455 aa  94  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 
469 aa  93.6  8e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  24.46 
 
 
396 aa  90.5  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  24.06 
 
 
433 aa  89.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 
494 aa  88.6  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  24.54 
 
 
560 aa  87.8  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.79 
 
 
455 aa  87  7e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2269  putative transcriptional regulator  23.74 
 
 
556 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.856074  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  24.79 
 
 
430 aa  84.7  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  25.46 
 
 
446 aa  84.3  0.000000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 
485 aa  84  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  24.58 
 
 
499 aa  83.2  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  25.1 
 
 
552 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 
456 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  23.54 
 
 
483 aa  81.3  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  24.46 
 
 
545 aa  80.9  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  23.32 
 
 
572 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 
478 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 
479 aa  79.7  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  41.67 
 
 
462 aa  79  0.0000000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2241  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 
441 aa  78.2  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  26.33 
 
 
468 aa  77.4  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  24.04 
 
 
687 aa  77  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 
458 aa  76.3  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  26.58 
 
 
403 aa  76.6  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 
403 aa  76.6  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  43.16 
 
 
479 aa  74.7  0.000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
389 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 
488 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  21 
 
 
485 aa  73.9  0.000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 
459 aa  73.9  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  34.92 
 
 
205 aa  73.2  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 
226 aa  73.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  36.84 
 
 
470 aa  71.6  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  35.09 
 
 
472 aa  71.2  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3662  putative transcriptional regulator  29.2 
 
 
554 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 
457 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 
571 aa  70.1  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 
500 aa  69.7  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  28.11 
 
 
311 aa  69.7  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 
620 aa  69.7  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  22.01 
 
 
413 aa  69.7  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3059  putative transcriptional regulator  23.34 
 
 
599 aa  69.3  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 
515 aa  68.9  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  23.2 
 
 
543 aa  68.6  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 
606 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  24.23 
 
 
611 aa  68.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
462 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3966  hypothetical protein  36.44 
 
 
105 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0463962  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 
456 aa  67.8  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  22.74 
 
 
475 aa  67.4  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  32.43 
 
 
276 aa  67.4  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.37 
 
 
456 aa  66.6  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  41.49 
 
 
467 aa  66.6  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 
358 aa  64.7  0.000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 
481 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 
376 aa  63.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  24.19 
 
 
663 aa  62  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  24.55 
 
 
628 aa  61.6  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  40.2 
 
 
477 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  25.47 
 
 
641 aa  61.2  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  39.09 
 
 
467 aa  60.5  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0641  putative transcriptional regulator  37.86 
 
 
207 aa  60.5  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  29.81 
 
 
634 aa  59.7  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  23.38 
 
 
394 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  37.86 
 
 
469 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 
478 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 
484 aa  59.3  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 
463 aa  59.3  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 
483 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 
619 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 
334 aa  58.5  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  23.96 
 
 
314 aa  58.2  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  23.96 
 
 
322 aa  57.8  0.0000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>