135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2653 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  70.97 
 
 		 472 aa  703    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  100 
 
 		 470 aa  975    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0152  putative transcriptional regulator  41.56 
 
 		 483 aa  330  4e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  49.85 
 
 		 488 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  37.58 
 
 		 483 aa  312  7.999999999999999e-84  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4679  putative transcriptional regulator  35.59 
 
 		 478 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 483 aa  257  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7034  hypothetical cytosolic protein  34.11 
 
 		 484 aa  245  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0641  putative transcriptional regulator  53.14 
 
 		 207 aa  227  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  36.34 
 
 		 538 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4318  hypothetical protein  36.61 
 
 		 376 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598317  normal  0.713921 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4293  hypothetical protein  47.62 
 
 		 153 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 		 456 aa  108  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  26.33 
 
 		 455 aa  104  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 		 480 aa  103  7e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  28.13 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 480 aa  99.4  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 561 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 		 494 aa  95.1  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2492  putative transcriptional regulator  45.88 
 
 		 92 aa  88.2  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  24.24 
 
 		 471 aa  87.8  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 468 aa  84  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3662  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 554 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  27.73 
 
 		 448 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  23.61 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 		 462 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  25.54 
 
 		 479 aa  77.4  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  24.18 
 
 		 467 aa  73.9  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  24.13 
 
 		 581 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 620 aa  73.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  24.66 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  36.84 
 
 		 555 aa  71.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  30.4 
 
 		 582 aa  71.6  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 556 aa  71.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  23.39 
 
 		 467 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 		 545 aa  68.6  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2730  putative ATP-dependent DNA helicase  23.54 
 
 		 552 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  34.78 
 
 		 462 aa  68.2  0.0000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  32.58 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  23.26 
 
 		 582 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 448 aa  67  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 545 aa  67  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  23.88 
 
 		 479 aa  66.2  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  33.33 
 
 		 403 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 403 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  39.09 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 		 500 aa  64.7  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 481 aa  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  35.11 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 		 571 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0416  putative transcriptional regulator  23.13 
 
 		 560 aa  62.8  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.563354  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.24 
 
 		 413 aa  62.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  37.63 
 
 		 205 aa  62  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2269  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 		 556 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.856074  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  21.41 
 
 		 472 aa  62  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  23.92 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  23.56 
 
 		 551 aa  61.2  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 687 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  23.1 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  29.09 
 
 		 1492 aa  60.5  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 509 aa  60.5  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 469 aa  60.1  0.00000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  23.8 
 
 		 484 aa  60.1  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  22.93 
 
 		 483 aa  59.7  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  34.48 
 
 		 548 aa  58.9  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 		 423 aa  59.3  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 		 477 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0893  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.472007  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  26.26 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  22.28 
 
 		 458 aa  57  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 		 663 aa  56.6  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 498 aa  55.8  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  23.16 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 226 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  36 
 
 		 526 aa  55.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3392  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 460 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  36.08 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 522 aa  55.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  54.3  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  24.86 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 478 aa  53.1  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  24.24 
 
 		 412 aa  53.5  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 446 aa  53.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  22.7 
 
 		 620 aa  52.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  22.7 
 
 		 620 aa  52.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  28.99 
 
 		 572 aa  52.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 606 aa  52.8  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 519 aa  52.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0360  putative transcriptional regulator  26.45 
 
 		 589 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.280532 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 586 aa  52.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0094  putative transcriptional regulator  23.08 
 
 		 572 aa  51.6  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.130495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>