156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1744 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  86.11 
 
 
468 aa  800    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  100 
 
 
479 aa  959    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  61.64 
 
 
459 aa  554  1e-156  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  59.74 
 
 
456 aa  541  9.999999999999999e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  35.63 
 
 
448 aa  190  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  30.44 
 
 
433 aa  178  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 
448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  29.49 
 
 
455 aa  155  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 
480 aa  153  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 
571 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 
480 aa  151  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  33.95 
 
 
582 aa  149  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  28.99 
 
 
471 aa  147  5e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 
485 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 
456 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 
582 aa  140  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 
455 aa  136  7.000000000000001e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 
469 aa  134  3e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 
467 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  28.12 
 
 
448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 
500 aa  131  3e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 
572 aa  130  7.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  28.29 
 
 
561 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 
396 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  30.75 
 
 
456 aa  124  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  33.73 
 
 
423 aa  124  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 
422 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  29.74 
 
 
423 aa  121  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  30.58 
 
 
641 aa  120  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 
423 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 
620 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  26.43 
 
 
472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  29.88 
 
 
634 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 
494 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
581 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 
412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 
386 aa  113  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  27.58 
 
 
430 aa  113  9e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  28.61 
 
 
382 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 
385 aa  109  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  24.84 
 
 
473 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25.59 
 
 
687 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 
477 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  23.81 
 
 
483 aa  104  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 
502 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  30.85 
 
 
311 aa  102  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 
412 aa  102  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  27.36 
 
 
403 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  27.36 
 
 
403 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  23.45 
 
 
463 aa  101  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 
394 aa  100  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 
383 aa  99.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 
226 aa  99  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  25.22 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 
508 aa  98.2  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  31.02 
 
 
526 aa  97.8  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  31.02 
 
 
522 aa  97.8  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 
457 aa  97.8  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 
394 aa  97.4  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  27.81 
 
 
545 aa  97.1  7e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0385  putative transcriptional regulator  30.64 
 
 
538 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 
484 aa  94.4  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 
391 aa  94  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 
492 aa  93.6  7e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  22.1 
 
 
462 aa  92.8  1e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 
611 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  27.66 
 
 
402 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  20.33 
 
 
462 aa  91.7  3e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  24.82 
 
 
413 aa  91.7  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  26.2 
 
 
472 aa  90.9  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 
402 aa  89.7  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
469 aa  89  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 
299 aa  88.2  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  24.35 
 
 
481 aa  88.2  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 
663 aa  87.8  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
376 aa  87  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  26.31 
 
 
515 aa  87  7e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  28.88 
 
 
556 aa  86.7  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  24.02 
 
 
412 aa  86.7  8e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  27.1 
 
 
555 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 
628 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 
551 aa  85.9  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 
334 aa  86.3  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 
606 aa  85.1  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 
622 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1249  putative transcriptional regulator  39.26 
 
 
189 aa  84.7  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.629566  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  29.03 
 
 
478 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 
545 aa  84.3  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0888  hypothetical protein  28.45 
 
 
276 aa  84  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000709992  hitchhiker  0.0000000000930173 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  24.61 
 
 
433 aa  84  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  28.6 
 
 
478 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  25.75 
 
 
470 aa  82  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  31.55 
 
 
453 aa  80.5  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 
478 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 
586 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  28.1 
 
 
509 aa  78.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 
519 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  24.26 
 
 
548 aa  77.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3059  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 
599 aa  77  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>