83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4173 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  63.24 
 
 		 656 aa  884    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  63.09 
 
 		 656 aa  883    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 663 aa  1376    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  42.05 
 
 		 643 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  53.61 
 
 		 504 aa  462  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  36.88 
 
 		 622 aa  423  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  35.18 
 
 		 543 aa  263  1e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3392  putative transcriptional regulator  29.74 
 
 		 460 aa  214  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 459 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  27.02 
 
 		 620 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  27.02 
 
 		 620 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  28.06 
 
 		 475 aa  144  5e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.45 
 
 		 634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  22.11 
 
 		 687 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0367  divergent AAA region  40.41 
 
 		 167 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0395  divergent AAA region  39.04 
 
 		 167 aa  124  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3244  putative transcriptional regulator  39.33 
 
 		 163 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3968  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 167 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.553588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3990  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 167 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3891  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 167 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390825 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4084  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 167 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4303  hypothetical protein  36.05 
 
 		 167 aa  119  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3577  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 167 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535476  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0397  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 167 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0449  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 		 171 aa  114  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0396  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 167 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00892545  normal  0.277026 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 		 641 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3628  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 167 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000786438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  21.94 
 
 		 606 aa  106  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  22.09 
 
 		 619 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 		 582 aa  99.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  22.77 
 
 		 628 aa  96.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 		 611 aa  94.7  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  25.65 
 
 		 483 aa  91.3  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  23.51 
 
 		 485 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 498 aa  79.7  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 386 aa  76.6  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  22.2 
 
 		 433 aa  76.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  23.13 
 
 		 499 aa  76.3  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  24.65 
 
 		 396 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 602 aa  75.1  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  23.8 
 
 		 571 aa  73.2  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  23.06 
 
 		 458 aa  73.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 572 aa  71.2  0.00000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  25.69 
 
 		 468 aa  70.1  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  22.04 
 
 		 545 aa  65.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 582 aa  64.3  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  24.19 
 
 		 555 aa  62  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  22.37 
 
 		 556 aa  61.6  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  21.4 
 
 		 469 aa  61.2  0.00000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  23.02 
 
 		 448 aa  60.5  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  24.23 
 
 		 448 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 479 aa  58.2  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  24.58 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  23.85 
 
 		 492 aa  56.6  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  26.33 
 
 		 548 aa  56.6  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 		 412 aa  57  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 		 456 aa  57  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  27.36 
 
 		 322 aa  55.8  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  28.22 
 
 		 314 aa  55.8  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  21.58 
 
 		 551 aa  55.8  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  23.3 
 
 		 385 aa  55.1  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.78 
 
 		 374 aa  54.7  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  22.57 
 
 		 334 aa  53.5  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  23.98 
 
 		 586 aa  53.5  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0615  putative transcriptional regulator  24.63 
 
 		 472 aa  53.5  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  22.38 
 
 		 581 aa  52.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  22.34 
 
 		 455 aa  52.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 475 aa  51.2  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 		 481 aa  49.7  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 		 430 aa  49.7  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.72 
 
 		 620 aa  48.9  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  25.64 
 
 		 470 aa  48.9  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 		 469 aa  48.5  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 545 aa  47.4  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  22.71 
 
 		 442 aa  45.4  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  24.22 
 
 		 462 aa  45.4  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  22.16 
 
 		 446 aa  44.7  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  23.4 
 
 		 383 aa  45.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  23.94 
 
 		 456 aa  44.3  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5813  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 		 564 aa  44.3  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457165 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 508 aa  43.9  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>