84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0904 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  100 
 
 		 543 aa  1129    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  40.41 
 
 		 622 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  39.33 
 
 		 515 aa  351  2e-95  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  39.59 
 
 		 504 aa  281  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  32.48 
 
 		 656 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 656 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  35.18 
 
 		 663 aa  263  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  31.29 
 
 		 643 aa  259  7e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3392  putative transcriptional regulator  35.31 
 
 		 460 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  27.92 
 
 		 475 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 459 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 634 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 		 620 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 		 620 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0367  divergent AAA region  40 
 
 		 167 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0395  divergent AAA region  39.35 
 
 		 167 aa  111  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  23.96 
 
 		 687 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  25.06 
 
 		 628 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  24.28 
 
 		 606 aa  104  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0449  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 171 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4084  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 167 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3244  putative transcriptional regulator  34.87 
 
 		 163 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3968  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 167 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.553588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3990  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 167 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3891  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 167 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390825 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 		 641 aa  99.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4303  hypothetical protein  35.95 
 
 		 167 aa  97.8  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0397  putative transcriptional regulator  36.6 
 
 		 167 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3577  putative transcriptional regulator  37.91 
 
 		 167 aa  95.1  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535476  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  23.34 
 
 		 619 aa  93.6  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3628  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 167 aa  92  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000786438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0396  putative transcriptional regulator  35.95 
 
 		 167 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00892545  normal  0.277026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  23.87 
 
 		 611 aa  91.3  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  24.63 
 
 		 571 aa  88.6  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  23.62 
 
 		 433 aa  87.8  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.54 
 
 		 582 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  27.05 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  27.27 
 
 		 478 aa  80.1  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 478 aa  78.2  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  23.6 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  24.28 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  22.2 
 
 		 469 aa  73.9  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  24.53 
 
 		 499 aa  72.4  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  23.12 
 
 		 586 aa  71.2  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  25.35 
 
 		 479 aa  70.5  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  24.52 
 
 		 483 aa  68.9  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  22.14 
 
 		 620 aa  68.6  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  25.99 
 
 		 602 aa  68.2  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  21.72 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  23.2 
 
 		 555 aa  68.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  24.45 
 
 		 498 aa  66.2  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  24.2 
 
 		 492 aa  65.9  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  26.52 
 
 		 572 aa  64.7  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  23.4 
 
 		 458 aa  64.7  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  21.21 
 
 		 548 aa  63.9  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 		 480 aa  63.5  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  22.04 
 
 		 448 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  21.41 
 
 		 433 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 455 aa  62.4  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 		 480 aa  60.8  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  22.14 
 
 		 448 aa  58.2  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0062  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  21.88 
 
 		 467 aa  57  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  22.81 
 
 		 455 aa  57  0.0000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  20.37 
 
 		 545 aa  56.2  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 459 aa  56.2  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 334 aa  56.2  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  21.56 
 
 		 494 aa  55.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  22.84 
 
 		 471 aa  54.7  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  23.06 
 
 		 446 aa  54.7  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  23.54 
 
 		 468 aa  54.3  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  21.77 
 
 		 485 aa  53.9  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  22.73 
 
 		 469 aa  53.5  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  20.83 
 
 		 556 aa  52  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  22.09 
 
 		 448 aa  50.8  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  23.99 
 
 		 551 aa  50.4  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2653  AAA-4 family protein  23.03 
 
 		 470 aa  50.1  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.348208  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  23.93 
 
 		 467 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  20.84 
 
 		 462 aa  49.3  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 456 aa  47.8  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  21.41 
 
 		 423 aa  45.8  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  20.04 
 
 		 582 aa  43.9  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 241 aa  43.9  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>