More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2444 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1001 aa  2038    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 991 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 1004 aa  439  1e-121  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 946 aa  293  2e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 938 aa  271  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 962 aa  256  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 943 aa  233  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  26.41 
 
 		 919 aa  232  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 901 aa  228  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 917 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 936 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 941 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 943 aa  222  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 		 972 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 942 aa  221  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 944 aa  211  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 842 aa  176  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 945 aa  175  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  24.84 
 
 		 838 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 935 aa  161  6e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 836 aa  157  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 961 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  34.98 
 
 		 920 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 933 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  29.91 
 
 		 972 aa  138  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 927 aa  127  1e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  33.75 
 
 		 924 aa  124  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  34.02 
 
 		 962 aa  123  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 922 aa  122  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 917 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  35.87 
 
 		 932 aa  117  7.999999999999999e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 957 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  29.83 
 
 		 931 aa  113  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.38 
 
 		 992 aa  109  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 1090 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 1077 aa  97.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0915  TonB-dependent receptor plug  39.2 
 
 		 1075 aa  94.7  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 957 aa  92.8  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 853 aa  91.7  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 746 aa  90.9  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  22.23 
 
 		 920 aa  90.1  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 1051 aa  89  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2598  TonB-dependent receptor plug  32.14 
 
 		 777 aa  87  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 958 aa  87.4  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 828 aa  86.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 933 aa  86.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4496  TonB-dependent receptor plug  32.23 
 
 		 1031 aa  85.1  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567286 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  42.86 
 
 		 888 aa  84.7  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 836 aa  84  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  36.05 
 
 		 1066 aa  84  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 828 aa  84  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 791 aa  83.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 894 aa  83.2  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.96 
 
 		 845 aa  82.8  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 1218 aa  82.8  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 		 889 aa  82  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32.4 
 
 		 1210 aa  82  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5092  TonB-dependent receptor plug  27.24 
 
 		 988 aa  82  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 1011 aa  81.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6286  TonB-dependent receptor plug  33.49 
 
 		 1168 aa  81.3  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 1085 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 986 aa  79.7  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0736  TonB-dependent receptor, plug  29.22 
 
 		 942 aa  80.5  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.877946  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1750  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 1087 aa  79.7  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1121  TonB-dependent receptor plug  32.29 
 
 		 1003 aa  79.3  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2082  TonB-dependent receptor plug  34.78 
 
 		 1173 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  35.03 
 
 		 1147 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  42.4 
 
 		 952 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 915 aa  77.8  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 759 aa  77.8  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 990 aa  77.4  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 914 aa  77.4  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1911  TonB-dependent receptor plug  33.18 
 
 		 1064 aa  77.4  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.420637 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  28.19 
 
 		 753 aa  77.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  26.43 
 
 		 978 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7253  TonB-dependent receptor plug  35.11 
 
 		 996 aa  77.4  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0939847  normal  0.604549 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 1047 aa  76.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  33.97 
 
 		 1089 aa  77  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  27.71 
 
 		 788 aa  77  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 919 aa  76.3  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 929 aa  75.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  29.73 
 
 		 1079 aa  76.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2991  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 1082 aa  76.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 935 aa  75.5  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0120  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 833 aa  75.5  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5636  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 793 aa  75.5  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1387  TonB-dependent receptor plug  33.7 
 
 		 1008 aa  75.5  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.840954  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.91 
 
 		 861 aa  75.1  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  29.87 
 
 		 906 aa  74.7  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 		 918 aa  74.7  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2137  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1050 aa  74.3  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0997  TonB-dependent receptor plug  26.45 
 
 		 979 aa  74.3  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 994 aa  73.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  45.05 
 
 		 966 aa  74.3  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 875 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2722  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 1045 aa  73.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 906 aa  73.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 961 aa  73.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 859 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 1003 aa  73.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>