More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3088 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 835 aa  1711    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 		 778 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 		 778 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  34.05 
 
 		 767 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 786 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 803 aa  388  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 832 aa  385  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  34.27 
 
 		 790 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 790 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 808 aa  379  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 814 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 815 aa  364  4e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2555  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 833 aa  341  2.9999999999999998e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 855 aa  337  5.999999999999999e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 851 aa  332  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 771 aa  322  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 854 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 848 aa  304  4.0000000000000003e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  30.63 
 
 		 878 aa  302  2e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 800 aa  298  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 800 aa  298  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 873 aa  290  1e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0144  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 756 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4329  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 734 aa  253  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.692193  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2637  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 773 aa  251  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.18 
 
 		 755 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 741 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 761 aa  231  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 720 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1846  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 851 aa  216  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 862 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 815 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 880 aa  205  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 783 aa  204  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 860 aa  204  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 722 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 757 aa  202  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 747 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 903 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 777 aa  199  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 761 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 775 aa  198  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 761 aa  197  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 755 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 797 aa  196  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 722 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 736 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 788 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 790 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 798 aa  190  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 796 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2554  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 861 aa  189  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 749 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 741 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 838 aa  186  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 763 aa  186  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 730 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 864 aa  184  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 784 aa  184  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 769 aa  184  6e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 710 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 780 aa  183  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 780 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 732 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 797 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 787 aa  179  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.16 
 
 		 755 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 765 aa  177  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 776 aa  177  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  27.01 
 
 		 739 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3044  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 775 aa  174  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 853 aa  174  7.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 726 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 758 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 785 aa  173  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 764 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 745 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 704 aa  172  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 783 aa  171  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0787  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 788 aa  171  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.114604  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 764 aa  171  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 796 aa  171  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 763 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 773 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 758 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 803 aa  168  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 784 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 759 aa  168  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 730 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 794 aa  167  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 862 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 762 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 758 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 779 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 919 aa  165  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  24.32 
 
 		 776 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 758 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 792 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 713 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 729 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>