137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1976 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  38.99 
 
 		 1439 aa  901    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  77.06 
 
 		 1395 aa  2100    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  38.92 
 
 		 1439 aa  910    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  76.63 
 
 		 1395 aa  2078    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  100 
 
 		 1393 aa  2790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  40.29 
 
 		 1459 aa  918    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  38.25 
 
 		 1376 aa  870    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  38.85 
 
 		 1744 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  31.81 
 
 		 1495 aa  536  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  30.76 
 
 		 1496 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  29.86 
 
 		 1498 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  29.76 
 
 		 1497 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1498 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1481 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1481 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  29.55 
 
 		 1473 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  28.76 
 
 		 1473 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  27.49 
 
 		 1489 aa  308  7e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  30.82 
 
 		 1611 aa  307  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  28.76 
 
 		 1593 aa  300  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  30.12 
 
 		 1631 aa  294  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  29.59 
 
 		 1634 aa  286  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  32.81 
 
 		 1494 aa  251  7e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  26.27 
 
 		 1262 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  31.91 
 
 		 1508 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  26.29 
 
 		 1608 aa  231  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  30.93 
 
 		 1984 aa  229  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1847 aa  229  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  28.02 
 
 		 1275 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  29.21 
 
 		 2580 aa  221  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  30.06 
 
 		 1990 aa  221  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  30.25 
 
 		 1690 aa  202  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  30.71 
 
 		 1680 aa  197  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  29.19 
 
 		 1625 aa  185  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1640 aa  183  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  29.42 
 
 		 971 aa  157  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1257  leucine-rich repeat protein  31.03 
 
 		 776 aa  103  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2425  leucine-rich repeat protein  28.67 
 
 		 788 aa  95.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.190923 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2582  hypothetical protein  28.94 
 
 		 788 aa  95.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0480731 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2479  hypothetical protein  29.43 
 
 		 788 aa  93.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.869607  normal  0.03769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  24.51 
 
 		 755 aa  87  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  24.45 
 
 		 755 aa  83.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0835  leucine-rich repeat protein  24.51 
 
 		 765 aa  83.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226799  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  28.03 
 
 		 574 aa  82.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  27.76 
 
 		 583 aa  82.4  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  24.21 
 
 		 755 aa  81.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  24.21 
 
 		 731 aa  81.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  29.68 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  27.77 
 
 		 565 aa  79  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  25.96 
 
 		 603 aa  76.3  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  31.75 
 
 		 1041 aa  74.7  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  27.43 
 
 		 568 aa  74.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  29.35 
 
 		 575 aa  74.3  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  26.29 
 
 		 615 aa  72.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2306  leucine-rich repeat-containing protein  28.23 
 
 		 863 aa  71.2  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.98495 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  31.34 
 
 		 545 aa  71.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  35.54 
 
 		 1015 aa  68.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0875  POPC protein  30.85 
 
 		 1024 aa  67.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.287457  normal  0.0107238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  27.89 
 
 		 547 aa  64.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  27.87 
 
 		 1107 aa  63.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1369  protein kinase  30.15 
 
 		 413 aa  63.2  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197629 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0461  small GTP-binding protein  39.35 
 
 		 761 aa  62.8  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.981237  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09188  putative outermembrane protein  27.78 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  24.43 
 
 		 622 aa  61.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0991  hypothetical protein  35.23 
 
 		 354 aa  60.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_5174  predicted protein  33.76 
 
 		 242 aa  58.5  0.0000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2449  hypothetical protein  28.02 
 
 		 886 aa  57.4  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2074  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  29.59 
 
 		 305 aa  57.4  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4670  serine/threonine protein kinase  42.48 
 
 		 439 aa  57  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  31.21 
 
 		 867 aa  57  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0938  hypothetical protein  24.39 
 
 		 713 aa  56.2  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.102754  unclonable  0.000027622 
 
 
-
 
NC_002950  PG1864  leucine-rich protein  33.14 
 
 		 1266 aa  56.2  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  29.37 
 
 		 508 aa  55.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0251  hypothetical protein  29.49 
 
 		 396 aa  55.5  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00111835  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1245  hypothetical protein  26.38 
 
 		 467 aa  55.1  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2142  serine/threonine protein kinase  28.89 
 
 		 439 aa  54.3  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3027  leucine-rich repeat-containing protein kinase  35.62 
 
 		 434 aa  53.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3035  leucine-rich protein  31.25 
 
 		 291 aa  54.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3344  hypothetical protein  29.57 
 
 		 892 aa  53.1  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.952611  hitchhiker  0.00915052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4737  serine/threonine protein kinase  34.19 
 
 		 436 aa  53.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3676  Serine/threonine protein kinase  35 
 
 		 437 aa  52.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3256  protein kinase  29.95 
 
 		 446 aa  52.8  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7693  Phosphoprotein phosphatase  36.91 
 
 		 1263 aa  52.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0319  hypothetical protein  30.72 
 
 		 448 aa  52  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1854  serine/threonine protein kinase  34.75 
 
 		 440 aa  52  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.13717 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2057  leucine-rich repeat protein  30.32 
 
 		 482 aa  51.6  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.723392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2055  leucine-rich protein  23.33 
 
 		 565 aa  51.6  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805099  normal  0.572158 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003060  serine/threonine protein kinase  32.52 
 
 		 412 aa  51.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.673161  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4041  small GTP-binding protein  31.55 
 
 		 937 aa  51.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.668162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1833  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  29.8 
 
 		 476 aa  50.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113448  normal  0.602761 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3999  small GTP-binding protein  31.55 
 
 		 937 aa  50.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4538  leucine-rich repeat protein  28.85 
 
 		 225 aa  50.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03670  adenylate cyclase, putative  27.27 
 
 		 1344 aa  49.7  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338751  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1652  protein kinase  30.43 
 
 		 490 aa  49.7  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0364974  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0937  hypothetical protein  26.92 
 
 		 757 aa  49.7  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.107315  hitchhiker  0.00034151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3736  protein kinase  29.8 
 
 		 451 aa  48.9  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47992  predicted protein  25.93 
 
 		 432 aa  48.9  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155367  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2223  hypothetical protein  27.56 
 
 		 347 aa  48.9  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2351  serine/threonine protein kinase  34.59 
 
 		 414 aa  48.9  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00102293 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03420  HpaF leucine rich hrp associated protein  29.78 
 
 		 478 aa  48.9  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>