80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1072 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  100 
 
 		 1439 aa  2895    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  97.01 
 
 		 1439 aa  2797    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  38.91 
 
 		 1395 aa  861    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  39.13 
 
 		 1393 aa  881    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  42.21 
 
 		 1459 aa  1001    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  41.68 
 
 		 1376 aa  1044    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  38.83 
 
 		 1395 aa  863    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  38 
 
 		 1744 aa  602  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  28.92 
 
 		 1498 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  28.38 
 
 		 1497 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  29.17 
 
 		 1496 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  29.12 
 
 		 1498 aa  433  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1494 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  28.58 
 
 		 1508 aa  396  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  29.22 
 
 		 1481 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  28.35 
 
 		 1481 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  26.76 
 
 		 1473 aa  323  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  26.82 
 
 		 1473 aa  318  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  30.64 
 
 		 1611 aa  298  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  27.62 
 
 		 1593 aa  292  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  27.17 
 
 		 1262 aa  289  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  27.83 
 
 		 1275 aa  281  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1608 aa  272  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  31.77 
 
 		 1495 aa  271  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1847 aa  263  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  27.74 
 
 		 1631 aa  243  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  28.57 
 
 		 1634 aa  241  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  28.88 
 
 		 1984 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  29.09 
 
 		 1990 aa  228  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  29.49 
 
 		 2580 aa  206  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  28.46 
 
 		 1640 aa  188  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  29.13 
 
 		 1489 aa  183  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  28.89 
 
 		 1680 aa  147  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1690 aa  146  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  27.16 
 
 		 1625 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  27.29 
 
 		 971 aa  136  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2425  leucine-rich repeat protein  27.92 
 
 		 788 aa  86.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.190923 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2582  hypothetical protein  27.69 
 
 		 788 aa  84  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0480731 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2479  hypothetical protein  27.69 
 
 		 788 aa  84.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.869607  normal  0.03769 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  27.19 
 
 		 603 aa  81.3  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1257  leucine-rich repeat protein  27.61 
 
 		 776 aa  79.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  25.86 
 
 		 565 aa  73.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  27.96 
 
 		 443 aa  73.6  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  24.76 
 
 		 575 aa  73.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  26.56 
 
 		 574 aa  73.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  26.87 
 
 		 547 aa  71.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  25.11 
 
 		 583 aa  71.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  26.83 
 
 		 568 aa  68.6  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2306  leucine-rich repeat-containing protein  27.23 
 
 		 863 aa  66.6  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.98495 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  27.15 
 
 		 545 aa  63.5  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  27.14 
 
 		 1041 aa  63.2  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  23.38 
 
 		 615 aa  61.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  23.05 
 
 		 731 aa  61.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  25.3 
 
 		 755 aa  60.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  25.3 
 
 		 755 aa  59.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  33.78 
 
 		 1015 aa  58.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0835  leucine-rich repeat protein  24.93 
 
 		 765 aa  58.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226799  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  25.56 
 
 		 622 aa  57  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  24.17 
 
 		 755 aa  56.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4612  hypothetical protein  40 
 
 		 416 aa  55.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.19236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  28.49 
 
 		 1107 aa  53.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2449  hypothetical protein  27.94 
 
 		 886 aa  52.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3344  hypothetical protein  32.59 
 
 		 892 aa  52.4  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.952611  hitchhiker  0.00915052 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0373  hypothetical protein  23.76 
 
 		 928 aa  52  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.223606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0938  hypothetical protein  30 
 
 		 713 aa  50.8  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.102754  unclonable  0.000027622 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2142  serine/threonine protein kinase  28.32 
 
 		 439 aa  48.9  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_67440  adenylate cyclase (ATP pyrophosphate-lyase) (Adenylyl cyclase)  24.59 
 
 		 1749 aa  48.9  0.0007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3035  leucine-rich protein  35.16 
 
 		 291 aa  48.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1831  hypothetical protein  39.56 
 
 		 509 aa  47  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0348  hypothetical protein  22.4 
 
 		 928 aa  47.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451074  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03670  adenylate cyclase, putative  29.01 
 
 		 1344 aa  47.4  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338751  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47992  predicted protein  26.5 
 
 		 432 aa  47.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155367  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5076  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  26.35 
 
 		 472 aa  47.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1245  hypothetical protein  26.97 
 
 		 467 aa  47.4  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_39088  predicted protein  34.01 
 
 		 685 aa  46.2  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.876501  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  32.5 
 
 		 508 aa  46.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3237  hypothetical protein  26.34 
 
 		 581 aa  45.8  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7693  Phosphoprotein phosphatase  34.59 
 
 		 1263 aa  45.4  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2057  leucine-rich repeat protein  30.23 
 
 		 482 aa  45.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.723392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  31.29 
 
 		 867 aa  45.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>