47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2566 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  60.26 
 
 		 1625 aa  1887    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  96.49 
 
 		 1680 aa  3303    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  100 
 
 		 1690 aa  3428    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  42.14 
 
 		 1489 aa  569  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  28.34 
 
 		 1634 aa  310  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  31.48 
 
 		 1262 aa  299  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  30.22 
 
 		 1984 aa  295  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  27.43 
 
 		 1631 aa  281  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  30.64 
 
 		 1275 aa  254  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  28 
 
 		 1640 aa  249  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  28.96 
 
 		 1990 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  28.28 
 
 		 2580 aa  246  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  26.87 
 
 		 1611 aa  228  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  32.01 
 
 		 1497 aa  224  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  25.5 
 
 		 1494 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  30.33 
 
 		 1496 aa  213  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  30.63 
 
 		 1498 aa  203  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  30.36 
 
 		 1498 aa  202  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  27.64 
 
 		 1593 aa  197  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  30.25 
 
 		 1393 aa  194  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  31.49 
 
 		 1395 aa  189  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  29.02 
 
 		 1473 aa  188  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  29.22 
 
 		 1473 aa  185  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  25.52 
 
 		 1608 aa  184  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  31 
 
 		 1495 aa  184  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  30.73 
 
 		 1395 aa  176  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  27.31 
 
 		 1847 aa  168  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  28.44 
 
 		 1439 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1439 aa  146  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  25 
 
 		 971 aa  139  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  27.11 
 
 		 1481 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  25.3 
 
 		 1481 aa  132  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  29.3 
 
 		 1376 aa  125  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  26.02 
 
 		 1508 aa  124  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  27.65 
 
 		 1744 aa  122  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  28.11 
 
 		 1459 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  30.56 
 
 		 508 aa  64.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7693  Phosphoprotein phosphatase  31.94 
 
 		 1263 aa  57.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  31.49 
 
 		 1015 aa  55.5  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  28.15 
 
 		 1041 aa  53.5  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09188  putative outermembrane protein  31.28 
 
 		 307 aa  51.2  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0991  hypothetical protein  28.51 
 
 		 354 aa  48.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  27.82 
 
 		 867 aa  47.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2449  hypothetical protein  31.37 
 
 		 886 aa  46.2  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  23.54 
 
 		 574 aa  45.8  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  21.99 
 
 		 547 aa  45.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4041  small GTP-binding protein  31.94 
 
 		 937 aa  45.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.668162  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>