81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1838 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  51.82 
 
 		 1481 aa  1385    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  52.5 
 
 		 1481 aa  1414    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  36.22 
 
 		 1494 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  100 
 
 		 1508 aa  3018    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  29.02 
 
 		 1439 aa  430  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1439 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1497 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  29.25 
 
 		 1395 aa  413  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  29.46 
 
 		 1395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1496 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  28.49 
 
 		 1393 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  28.54 
 
 		 1498 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  27.83 
 
 		 1498 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  29.27 
 
 		 1376 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  28.23 
 
 		 1495 aa  365  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  28.36 
 
 		 1459 aa  347  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1473 aa  322  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  27.92 
 
 		 1473 aa  309  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  28.32 
 
 		 1262 aa  240  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  27.62 
 
 		 1634 aa  227  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  27.29 
 
 		 1611 aa  220  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1631 aa  208  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  27 
 
 		 1275 aa  205  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  25.47 
 
 		 1744 aa  205  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  24.62 
 
 		 1847 aa  182  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  24.21 
 
 		 1593 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1990 aa  165  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  26.48 
 
 		 1984 aa  163  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  25.87 
 
 		 1608 aa  145  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  26.36 
 
 		 1640 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  27.29 
 
 		 1625 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  26.02 
 
 		 1690 aa  138  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1680 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  26.89 
 
 		 1489 aa  129  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  23.5 
 
 		 2580 aa  122  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  26.41 
 
 		 971 aa  102  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2057  leucine-rich repeat protein  30.95 
 
 		 482 aa  72.8  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.723392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  31.14 
 
 		 1107 aa  72.4  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  33.89 
 
 		 1041 aa  72  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2582  hypothetical protein  28.14 
 
 		 788 aa  63.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0480731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7693  Phosphoprotein phosphatase  32.35 
 
 		 1263 aa  63.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2425  leucine-rich repeat protein  28.01 
 
 		 788 aa  62.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.190923 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2479  hypothetical protein  28.01 
 
 		 788 aa  62.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.869607  normal  0.03769 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  26.32 
 
 		 615 aa  62.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1257  leucine-rich repeat protein  28.63 
 
 		 776 aa  62  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4041  small GTP-binding protein  32.1 
 
 		 937 aa  62  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.668162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  26.29 
 
 		 565 aa  60.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3999  small GTP-binding protein  31.68 
 
 		 937 aa  60.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2306  leucine-rich repeat-containing protein  27.55 
 
 		 863 aa  59.7  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.98495 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  28.65 
 
 		 622 aa  59.3  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  29.37 
 
 		 508 aa  58.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  28.24 
 
 		 867 aa  58.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  26.39 
 
 		 583 aa  58.2  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0319  hypothetical protein  28.42 
 
 		 448 aa  57.4  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0938  hypothetical protein  22.01 
 
 		 713 aa  57.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.102754  unclonable  0.000027622 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  23.64 
 
 		 574 aa  57  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  24.38 
 
 		 545 aa  57  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  24.69 
 
 		 603 aa  55.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47992  predicted protein  25.81 
 
 		 432 aa  55.1  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155367  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0991  hypothetical protein  32.48 
 
 		 354 aa  55.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  31.52 
 
 		 1015 aa  54.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  24.52 
 
 		 755 aa  54.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2449  hypothetical protein  30.06 
 
 		 886 aa  54.7  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  24.94 
 
 		 755 aa  53.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  24.94 
 
 		 755 aa  53.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03670  adenylate cyclase, putative  26.47 
 
 		 1344 aa  53.1  0.00004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338751  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1195  putative leucine rich repeat protein  29.41 
 
 		 204 aa  53.1  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  24.94 
 
 		 731 aa  52.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  24.83 
 
 		 575 aa  50.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_67440  adenylate cyclase (ATP pyrophosphate-lyase) (Adenylyl cyclase)  29.55 
 
 		 1749 aa  51.2  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0835  leucine-rich repeat protein  25.17 
 
 		 765 aa  50.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226799  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  24.63 
 
 		 568 aa  50.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_48985  predicted protein  30.22 
 
 		 2198 aa  50.1  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2774  leucine rich repeat domain-containing protein  37.17 
 
 		 375 aa  49.7  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5076  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  24.09 
 
 		 472 aa  48.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  25.26 
 
 		 443 aa  48.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1349  hypothetical protein  30.29 
 
 		 634 aa  47.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09188  putative outermembrane protein  29.11 
 
 		 307 aa  47  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  25.94 
 
 		 547 aa  46.6  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3035  leucine-rich protein  29.93 
 
 		 291 aa  46.2  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4612  hypothetical protein  28.57 
 
 		 416 aa  45.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.19236 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>