70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4093 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  100 
 
 		 1634 aa  3340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  76.56 
 
 		 1631 aa  2528    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  28.06 
 
 		 1611 aa  485  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  28.2 
 
 		 1640 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  28.82 
 
 		 1984 aa  435  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1990 aa  407  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  26.36 
 
 		 2580 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  28.34 
 
 		 1690 aa  310  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  26.31 
 
 		 1473 aa  297  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  27.91 
 
 		 1680 aa  296  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  31.57 
 
 		 1494 aa  287  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  30.68 
 
 		 1495 aa  285  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  30.53 
 
 		 1376 aa  282  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  31.36 
 
 		 1459 aa  281  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  29.71 
 
 		 1393 aa  273  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  29.84 
 
 		 1395 aa  262  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  29.23 
 
 		 1395 aa  255  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  26.17 
 
 		 1625 aa  253  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  28.98 
 
 		 1262 aa  249  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  30.54 
 
 		 1498 aa  234  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  29.37 
 
 		 1498 aa  234  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  29.25 
 
 		 1497 aa  231  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  27.83 
 
 		 1439 aa  231  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  29.51 
 
 		 1275 aa  230  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  29.02 
 
 		 1439 aa  230  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1593 aa  228  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  29.8 
 
 		 1496 aa  226  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  29.15 
 
 		 1847 aa  220  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  28.68 
 
 		 1489 aa  220  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  27.53 
 
 		 1481 aa  213  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  27.81 
 
 		 1481 aa  207  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  27.62 
 
 		 1508 aa  202  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  28.21 
 
 		 1473 aa  195  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  25.96 
 
 		 1608 aa  181  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  25.15 
 
 		 1744 aa  168  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  25.1 
 
 		 971 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  26.97 
 
 		 615 aa  79  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  26.05 
 
 		 622 aa  70.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  25.11 
 
 		 565 aa  63.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  24.94 
 
 		 603 aa  62.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  25.49 
 
 		 575 aa  62  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  24.81 
 
 		 545 aa  60.1  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  25.77 
 
 		 547 aa  59.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  26.26 
 
 		 568 aa  59.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  30.07 
 
 		 1107 aa  59.7  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  30.11 
 
 		 574 aa  55.8  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  30.11 
 
 		 583 aa  55.5  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0991  hypothetical protein  31.31 
 
 		 354 aa  55.5  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  30.11 
 
 		 443 aa  55.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  25.39 
 
 		 1015 aa  55.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4612  hypothetical protein  32.65 
 
 		 416 aa  54.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.19236 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  31.17 
 
 		 1041 aa  54.3  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  22.18 
 
 		 731 aa  52.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  22.26 
 
 		 755 aa  52  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  22.26 
 
 		 755 aa  51.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  30.07 
 
 		 867 aa  50.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2306  leucine-rich repeat-containing protein  24.86 
 
 		 863 aa  50.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.98495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7693  Phosphoprotein phosphatase  32.22 
 
 		 1263 aa  49.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1245  hypothetical protein  27.65 
 
 		 467 aa  49.7  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0938  hypothetical protein  29.09 
 
 		 713 aa  49.3  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.102754  unclonable  0.000027622 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4693  leucine-rich repeat-containing protein  32.14 
 
 		 528 aa  47.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3035  leucine-rich protein  28.25 
 
 		 291 aa  47.8  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  23.63 
 
 		 755 aa  47  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1477  hypothetical protein  22.63 
 
 		 614 aa  47.4  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2359  leucine-rich repeat-containing protein  33.04 
 
 		 296 aa  47  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.260952  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2057  leucine-rich repeat protein  31.11 
 
 		 482 aa  46.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.723392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  29.03 
 
 		 508 aa  46.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09188  putative outermembrane protein  30.77 
 
 		 307 aa  46.2  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0319  hypothetical protein  29.21 
 
 		 448 aa  45.8  0.007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1864  leucine-rich protein  35.04 
 
 		 1266 aa  45.8  0.007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>