87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4340 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1882  hypothetical protein  35.13 
 
 		 1744 aa  682    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1976  leucine-rich repeat-containing protein  40.29 
 
 		 1393 aa  928    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0369869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1072  leucine-rich repeat-containing protein  42.52 
 
 		 1439 aa  1020    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4340  hypothetical protein  100 
 
 		 1459 aa  2943    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.335687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3326  leucine-rich repeat-containing protein  40.1 
 
 		 1395 aa  911    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.902358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1101  hypothetical protein  44.9 
 
 		 1376 aa  695    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2369  leucine-rich repeat-containing protein  40.2 
 
 		 1395 aa  919    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1113  leucine-rich repeat-containing protein  42.17 
 
 		 1439 aa  1035    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3631  hypothetical protein  29.98 
 
 		 1495 aa  465  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1904  hypothetical protein  29.86 
 
 		 1498 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.748697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2000  hypothetical protein  28.91 
 
 		 1498 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.220438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3300  leucine-rich repeat-containing protein  29.98 
 
 		 1496 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2395  leucine-rich repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1497 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1837  leucine-rich repeat-containing protein  28.53 
 
 		 1494 aa  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2394  leucine-rich repeat-containing protein  27.87 
 
 		 1473 aa  370  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3301  leucine-rich repeat-containing protein  27.89 
 
 		 1473 aa  365  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1838  hypothetical protein  28.7 
 
 		 1508 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593101  normal  0.142842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2212  leucine-rich repeat-containing protein  27.54 
 
 		 1481 aa  358  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3526  leucine-rich repeat-containing protein  27.21 
 
 		 1481 aa  353  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3108  leucine-rich repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1593 aa  300  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4093  leucine rich repeat domain protein  31.84 
 
 		 1634 aa  294  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4099  leucine-rich repeat-containing protein  29.5 
 
 		 1611 aa  290  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3829  leucine-rich repeat-containing protein  30.48 
 
 		 1631 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0683534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2924  hypothetical protein  25.86 
 
 		 1262 aa  282  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240221  normal  0.200009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2494  hypothetical protein  28.13 
 
 		 1275 aa  276  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.258139  normal  0.329093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2340  hypothetical protein  26.84 
 
 		 1608 aa  243  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0436  leucine-rich repeat-containing protein  25.75 
 
 		 1847 aa  238  9e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1492  leucine-rich repeat domain protein  30.89 
 
 		 1984 aa  233  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1302  leucine-rich repeat-containing protein  27.41 
 
 		 1990 aa  219  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4286  leucine-rich repeat-containing protein  27.59 
 
 		 2580 aa  212  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4565  leucine-rich repeat-containing protein  28.39 
 
 		 1640 aa  197  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4562  hypothetical protein  28.21 
 
 		 971 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3302  leucine-rich repeat-containing protein  27.91 
 
 		 1489 aa  169  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2566  leucine-rich repeat-containing protein  28.11 
 
 		 1690 aa  155  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3149  leucine-rich repeat-containing protein  27.92 
 
 		 1680 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2968  leucine-rich repeat-containing protein  26.89 
 
 		 1625 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.813294 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  26.86 
 
 		 568 aa  94.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1257  leucine-rich repeat protein  26.89 
 
 		 776 aa  90.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  26.23 
 
 		 615 aa  87.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  25.4 
 
 		 603 aa  82.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  25.05 
 
 		 583 aa  82.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2425  leucine-rich repeat protein  25.93 
 
 		 788 aa  81.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.190923 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2479  hypothetical protein  26.39 
 
 		 788 aa  81.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.869607  normal  0.03769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2582  hypothetical protein  25.93 
 
 		 788 aa  80.9  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0480731 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  28.76 
 
 		 622 aa  79.3  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  26.2 
 
 		 565 aa  78.6  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  26.03 
 
 		 574 aa  75.9  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  25.17 
 
 		 547 aa  75.1  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  26.67 
 
 		 545 aa  75.1  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  29.47 
 
 		 575 aa  71.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  29.47 
 
 		 443 aa  70.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2306  leucine-rich repeat-containing protein  26.46 
 
 		 863 aa  65.5  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.98495 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3798  small GTP-binding protein  30.34 
 
 		 1041 aa  64.7  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0835  leucine-rich repeat protein  23.97 
 
 		 765 aa  61.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226799  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  23.8 
 
 		 755 aa  60.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  34.78 
 
 		 867 aa  60.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  24.27 
 
 		 731 aa  59.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  24.27 
 
 		 755 aa  59.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  24.27 
 
 		 755 aa  59.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2057  leucine-rich repeat protein  29.44 
 
 		 482 aa  58.5  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.723392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1493  small GTP-binding protein domain-containing protein  29.03 
 
 		 1107 aa  57.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5076  leucine-rich repeat-containing protein typical subtype  29.75 
 
 		 472 aa  56.6  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_002950  PG1864  leucine-rich protein  33.82 
 
 		 1266 aa  54.7  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  29.73 
 
 		 1015 aa  55.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1195  putative leucine rich repeat protein  24.1 
 
 		 204 aa  54.7  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3344  hypothetical protein  27.03 
 
 		 892 aa  54.7  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.952611  hitchhiker  0.00915052 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2351  serine/threonine protein kinase  30.72 
 
 		 414 aa  52.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00102293 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  29.8 
 
 		 508 aa  52.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1245  hypothetical protein  24.46 
 
 		 467 aa  52.8  0.00006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3035  leucine-rich protein  30.77 
 
 		 291 aa  52  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0991  hypothetical protein  34.72 
 
 		 354 aa  50.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2359  leucine-rich repeat-containing protein  26.62 
 
 		 296 aa  50.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.260952  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3583  serine/threonine protein kinase  34.59 
 
 		 453 aa  50.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  30.84 
 
 		 1351 aa  50.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4855  hypothetical protein  25 
 
 		 934 aa  49.3  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2449  hypothetical protein  26.9 
 
 		 886 aa  48.9  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6989  small GTP-binding protein  26.62 
 
 		 925 aa  48.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03670  adenylate cyclase, putative  26.56 
 
 		 1344 aa  48.5  0.0009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338751  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_67440  adenylate cyclase (ATP pyrophosphate-lyase) (Adenylyl cyclase)  26.72 
 
 		 1749 aa  48.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0938  hypothetical protein  23.74 
 
 		 713 aa  47.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.102754  unclonable  0.000027622 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47992  predicted protein  24.86 
 
 		 432 aa  47.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155367  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09188  putative outermembrane protein  25.57 
 
 		 307 aa  47  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.885938  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003060  serine/threonine protein kinase  27.74 
 
 		 412 aa  46.6  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.673161  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02794  hypothetical protein  27.74 
 
 		 414 aa  47  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0461  small GTP-binding protein  32.34 
 
 		 761 aa  46.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.981237  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0653  protein kinase  31.9 
 
 		 451 aa  45.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2055  leucine-rich protein  29.37 
 
 		 565 aa  45.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805099  normal  0.572158 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>