257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3003 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  100 
 
 		 1167 aa  2407    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  41.92 
 
 		 610 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  38.51 
 
 		 630 aa  290  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  37.29 
 
 		 638 aa  286  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1886  Cellulase  53.66 
 
 		 451 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.271202  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  34.55 
 
 		 1391 aa  259  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1529  Cellulase  51.4 
 
 		 426 aa  258  4e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1404  cellulase  44.33 
 
 		 457 aa  234  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  43.15 
 
 		 673 aa  233  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1107  endoglucanase  44.19 
 
 		 1302 aa  232  3e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.480089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2103  endoglucanase  44.15 
 
 		 346 aa  221  8.999999999999998e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4946  cellulase  38.7 
 
 		 322 aa  191  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00452483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2612  glycoside hydrolase family 5  39.24 
 
 		 505 aa  181  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.125365  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  41.29 
 
 		 569 aa  181  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  38.55 
 
 		 863 aa  181  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2337  glycoside hydrolase family 5  40.13 
 
 		 505 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.422091  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  34.39 
 
 		 466 aa  153  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  35.4 
 
 		 918 aa  150  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0428  glycoside hydrolase family 5  35.04 
 
 		 930 aa  148  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  52.9 
 
 		 1024 aa  148  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  35.77 
 
 		 877 aa  146  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0594  Cellulase  35.07 
 
 		 755 aa  146  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4424  glycoside hydrolase family protein  36.73 
 
 		 709 aa  146  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  50.34 
 
 		 550 aa  145  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  44.51 
 
 		 500 aa  141  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  36.11 
 
 		 1707 aa  139  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  36 
 
 		 982 aa  135  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1368  Cellulase  31.31 
 
 		 426 aa  134  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1941  Cellulase  30.56 
 
 		 347 aa  134  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  26.04 
 
 		 1799 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.4 
 
 		 1321 aa  130  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  31.88 
 
 		 748 aa  129  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  39.08 
 
 		 705 aa  128  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  47.93 
 
 		 726 aa  128  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 		 459 aa  124  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  32.51 
 
 		 1262 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  42.86 
 
 		 541 aa  123  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2285  glycoside hydrolase family protein  32.12 
 
 		 462 aa  123  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  31.31 
 
 		 1338 aa  122  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  47.06 
 
 		 389 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  41.21 
 
 		 1132 aa  119  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3927  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  49.17 
 
 		 465 aa  118  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  49.59 
 
 		 536 aa  118  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  33.62 
 
 		 884 aa  117  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  49.55 
 
 		 461 aa  115  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  45.38 
 
 		 957 aa  114  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  46.77 
 
 		 869 aa  114  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  41.73 
 
 		 853 aa  113  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  33.21 
 
 		 954 aa  107  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  29.18 
 
 		 1234 aa  105  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  42.66 
 
 		 1380 aa  105  6e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  43.36 
 
 		 823 aa  104  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  23.5 
 
 		 1035 aa  104  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  41.96 
 
 		 870 aa  102  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  35.66 
 
 		 801 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  42.37 
 
 		 383 aa  103  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  44.53 
 
 		 639 aa  102  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  41.13 
 
 		 948 aa  102  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  41.26 
 
 		 1356 aa  101  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  41.26 
 
 		 845 aa  101  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  41.26 
 
 		 819 aa  100  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  41.96 
 
 		 802 aa  99.4  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02670  glycoside hydrolase family 16  39.06 
 
 		 503 aa  98.6  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  30.15 
 
 		 524 aa  98.6  7e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  25.19 
 
 		 526 aa  96.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  27.61 
 
 		 630 aa  95.9  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  29.71 
 
 		 1295 aa  95.1  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  42.96 
 
 		 581 aa  93.6  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  39.86 
 
 		 719 aa  94  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  39.31 
 
 		 777 aa  93.6  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  40.69 
 
 		 840 aa  93.6  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  40.56 
 
 		 2554 aa  92.8  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.53 
 
 		 945 aa  93.2  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  33.94 
 
 		 1091 aa  91.3  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  41.07 
 
 		 933 aa  90.1  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2395  glycoside hydrolase family 5  27.41 
 
 		 1221 aa  89.7  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.740563  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  40.56 
 
 		 3295 aa  88.6  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  39.86 
 
 		 786 aa  86.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  29.78 
 
 		 930 aa  85.9  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  39.16 
 
 		 1732 aa  85.1  0.000000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  34.27 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0302  glycoside hydrolase family 5  31.46 
 
 		 481 aa  83.6  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0480106  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  32.95 
 
 		 919 aa  82.8  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  33.53 
 
 		 627 aa  80.9  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  30.74 
 
 		 972 aa  80.9  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  30.19 
 
 		 1004 aa  80.5  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  24.33 
 
 		 679 aa  80.1  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4289  glycoside hydrolase family 5  37.93 
 
 		 717 aa  79.7  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal  0.0359435 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2387  Fibronectin type III domain protein  28.17 
 
 		 703 aa  78.6  0.0000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  36.8 
 
 		 566 aa  77  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2510  Carbohydrate-binding family 9  25.64 
 
 		 626 aa  75.1  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  35.21 
 
 		 468 aa  75.1  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  31.85 
 
 		 855 aa  74.3  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  28.17 
 
 		 1387 aa  74.3  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  35.37 
 
 		 735 aa  73.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  33.59 
 
 		 966 aa  70.5  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  34.4 
 
 		 470 aa  70.9  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  31.36 
 
 		 509 aa  69.3  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  34.95 
 
 		 798 aa  68.2  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  34.4 
 
 		 469 aa  68.2  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>