84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2337 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2337  glycoside hydrolase family 5  100 
 
 		 505 aa  1032    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.422091  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2612  glycoside hydrolase family 5  93.47 
 
 		 505 aa  974    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.125365  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2103  endoglucanase  44.75 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1107  endoglucanase  43.66 
 
 		 1302 aa  263  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.480089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0594  Cellulase  39.26 
 
 		 755 aa  250  4e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0428  glycoside hydrolase family 5  38.24 
 
 		 930 aa  242  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1368  Cellulase  39.74 
 
 		 426 aa  232  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  37.86 
 
 		 466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  41.38 
 
 		 630 aa  221  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1941  Cellulase  38.26 
 
 		 347 aa  219  6e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4424  glycoside hydrolase family protein  38.26 
 
 		 709 aa  219  7e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  44.74 
 
 		 638 aa  219  8.999999999999998e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  34.95 
 
 		 748 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4946  cellulase  37.92 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00452483  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  37.1 
 
 		 459 aa  212  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2285  glycoside hydrolase family protein  35.16 
 
 		 462 aa  201  3.9999999999999996e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  38.14 
 
 		 610 aa  199  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1529  Cellulase  38.61 
 
 		 426 aa  199  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1886  Cellulase  35.42 
 
 		 451 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.271202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  39.57 
 
 		 1167 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1404  cellulase  32.84 
 
 		 457 aa  166  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1859  glycoside hydrolase family 5  25.7 
 
 		 1294 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0179  PHB depolymerase family esterase  42.38 
 
 		 656 aa  125  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.18087  normal  0.428012 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  42.38 
 
 		 678 aa  124  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  42.11 
 
 		 763 aa  123  8e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0617  glycoside hydrolase family protein  43.54 
 
 		 1121 aa  123  9e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413787  hitchhiker  0.00805779 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0618  cellulose-binding family II protein  42.38 
 
 		 1298 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0939482  hitchhiker  0.00792989 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  42.11 
 
 		 1209 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  41.45 
 
 		 1137 aa  120  6e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0040  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  37.01 
 
 		 887 aa  117  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0071  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  33.91 
 
 		 938 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1865  glycoside hydrolase family 9  37.75 
 
 		 1369 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.56874  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  37.75 
 
 		 1478 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1866  Mannan endo-1,4-beta-mannosidase., Cellulase  37.75 
 
 		 1414 aa  114  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2128  mannan endo-1,4-beta-mannosidase  37.5 
 
 		 857 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00114643  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1860  glycoside hydrolase family 48  37.75 
 
 		 1904 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.738055  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1867  glycoside hydrolase family 48  37.09 
 
 		 1759 aa  113  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.217559  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1853  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  37.09 
 
 		 833 aa  111  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0781355  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9095  hypothetical protein  36.67 
 
 		 467 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0404  type 3a, cellulose-binding  34.24 
 
 		 522 aa  107  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0894635  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3368  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  37.67 
 
 		 919 aa  104  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00223117  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3367  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  34.87 
 
 		 985 aa  103  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1648  glycoside hydrolase family 9  35.19 
 
 		 949 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.230883  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0460  glycoside hydrolase family 9  37.5 
 
 		 1017 aa  100  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2760  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 		 961 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.26535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2360  glycoside hydrolase family protein  32.74 
 
 		 928 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7202  type 3a cellulose-binding domain protein  34.81 
 
 		 473 aa  94.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.601323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1491  type 3a cellulose-binding domain protein  36.25 
 
 		 2344 aa  93.6  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3077  cellulosome anchoring protein, cohesin region  35.33 
 
 		 1853 aa  93.6  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0271  type 3a, cellulose-binding  33.56 
 
 		 308 aa  90.5  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.817907  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1642  type 3a cellulose-binding domain protein  33.79 
 
 		 658 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.117524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2712  cellulase  36.71 
 
 		 619 aa  87.4  6e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4289  glycoside hydrolase family 5  29.76 
 
 		 717 aa  87  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal  0.0359435 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1257  carbohydrate-binding, CenC-like protein  34.62 
 
 		 1050 aa  87  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0025  glycoside hydrolase family 5  22.54 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0059  type 3a, cellulose-binding  31.55 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0360636  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0728  cellulosome anchoring protein cohesin region  33.33 
 
 		 1546 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2394  Fibronectin type III domain protein  25.46 
 
 		 651 aa  74.7  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.253992  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0267  type 3a, cellulose-binding  32.62 
 
 		 671 aa  73.9  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2510  Carbohydrate-binding family 9  24.8 
 
 		 626 aa  72.4  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2147  glycoside hydrolase family protein  29.32 
 
 		 660 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0413  glycoside hydrolase family protein  29.45 
 
 		 1224 aa  70.9  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  29.56 
 
 		 1013 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1089  glycoside hydrolase family protein  22.97 
 
 		 566 aa  67  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.122836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2006  cellulose-binding family II  23.92 
 
 		 1194 aa  67  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0781083  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2395  glycoside hydrolase family 5  26.15 
 
 		 1221 aa  66.2  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.740563  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  21.53 
 
 		 1004 aa  64.7  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1071  glycoside hydrolase family protein  31.48 
 
 		 728 aa  63.9  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.535323  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0065  glycoside hydrolase family 5  22.54 
 
 		 378 aa  62  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1572  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  22.27 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2387  Fibronectin type III domain protein  26.58 
 
 		 703 aa  59.7  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1283  glycoside hydrolase family protein  26.58 
 
 		 332 aa  57  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1077  glycoside hydrolase family protein  23.98 
 
 		 340 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.257076  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1074  glycoside hydrolase family protein  25.97 
 
 		 335 aa  54.3  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0504  glycoside hydrolase family 5  23.29 
 
 		 445 aa  53.9  0.000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0302  glycoside hydrolase family 5  30.28 
 
 		 481 aa  53.1  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0480106  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0276  Cellulase  26.81 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.166979  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0840  glycoside hydrolase family 5  25 
 
 		 584 aa  51.2  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  27.21 
 
 		 900 aa  49.7  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2811  glycoside hydrolase family 5  23.47 
 
 		 478 aa  48.9  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.684544  normal  0.0568731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1104  glycoside hydrolase family protein  21.79 
 
 		 468 aa  48.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0389149  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1830  glycoside hydrolase family 5  23.44 
 
 		 543 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0670  glycoside hydrolase family 5  23.84 
 
 		 312 aa  44.7  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4621  Ricin B lectin  27.54 
 
 		 497 aa  44.3  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>