More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1271 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  100 
 
 		 679 aa  1401    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  61.39 
 
 		 535 aa  596  1e-169  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  47.86 
 
 		 1186 aa  405  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  45.05 
 
 		 524 aa  379  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  47 
 
 		 509 aa  378  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  47.78 
 
 		 533 aa  351  2e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  42.95 
 
 		 1338 aa  330  4e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  40.53 
 
 		 618 aa  321  3e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  39.71 
 
 		 712 aa  313  4.999999999999999e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  38.77 
 
 		 464 aa  299  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  35.37 
 
 		 667 aa  258  2e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  62.2 
 
 		 683 aa  247  4.9999999999999997e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  59.81 
 
 		 837 aa  240  5e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  37.98 
 
 		 383 aa  238  3e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  59.61 
 
 		 630 aa  234  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  31.29 
 
 		 450 aa  218  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.79 
 
 		 444 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  35.17 
 
 		 401 aa  203  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  50.48 
 
 		 928 aa  195  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  50.47 
 
 		 965 aa  195  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  52.4 
 
 		 501 aa  191  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  39.13 
 
 		 317 aa  185  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  42.8 
 
 		 746 aa  182  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  38.59 
 
 		 468 aa  181  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  38.28 
 
 		 315 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  38.28 
 
 		 315 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  47.34 
 
 		 541 aa  179  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  38.28 
 
 		 315 aa  177  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  46.15 
 
 		 1122 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1234  Carbohydrate binding family 6  45.41 
 
 		 536 aa  173  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.115461  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1240  Carbohydrate binding family 6  45.24 
 
 		 780 aa  172  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000268081  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  37.9 
 
 		 311 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  34.63 
 
 		 317 aa  172  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.22 
 
 		 316 aa  172  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  36.91 
 
 		 311 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  35.89 
 
 		 348 aa  169  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  46 
 
 		 1015 aa  168  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  59.85 
 
 		 490 aa  165  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  44.5 
 
 		 604 aa  160  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.04 
 
 		 383 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  32.04 
 
 		 346 aa  154  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.82 
 
 		 367 aa  154  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  32.25 
 
 		 302 aa  153  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  32.84 
 
 		 326 aa  152  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.24 
 
 		 346 aa  151  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1241  Carbohydrate binding family 6  56.15 
 
 		 1164 aa  150  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  56 
 
 		 951 aa  150  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  55.47 
 
 		 629 aa  147  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.36 
 
 		 320 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  32.91 
 
 		 330 aa  144  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.08 
 
 		 344 aa  140  7e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  32.59 
 
 		 324 aa  140  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  35.27 
 
 		 487 aa  137  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  31.12 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  42.7 
 
 		 912 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.7 
 
 		 330 aa  135  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  30.68 
 
 		 527 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  31.83 
 
 		 323 aa  130  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  32.79 
 
 		 644 aa  128  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  29.11 
 
 		 404 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1911  carbohydrate-binding family 6 protein  34.83 
 
 		 1290 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.374482  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  28.99 
 
 		 344 aa  118  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.59 
 
 		 945 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  29.32 
 
 		 630 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  28.4 
 
 		 335 aa  111  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  26.42 
 
 		 471 aa  108  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.1 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  28.72 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  44.36 
 
 		 566 aa  103  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  26.89 
 
 		 344 aa  100  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  28.25 
 
 		 1391 aa  97.8  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  40.91 
 
 		 470 aa  95.1  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  44.17 
 
 		 469 aa  94.7  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4050  carbohydrate-binding family 6 protein  37.4 
 
 		 479 aa  93.6  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.567483  normal  0.0446183 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  30.92 
 
 		 610 aa  92.8  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  29.3 
 
 		 569 aa  91.7  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  29.2 
 
 		 673 aa  87.4  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3674  carbohydrate-binding family 6 protein  36.03 
 
 		 479 aa  86.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1167 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1077  Carbohydrate binding family 6  40.6 
 
 		 464 aa  83.6  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2139  alpha-L-arabinofuranosidase B  60 
 
 		 982 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2879  cellulosome enzyme, dockerin type I  51 
 
 		 511 aa  82  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.42565  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0044  cellulosome enzyme, dockerin type I  65 
 
 		 533 aa  82  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  30.04 
 
 		 863 aa  81.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  26.56 
 
 		 855 aa  80.5  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.95 
 
 		 953 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2590  glycoside hydrolase family protein  49.35 
 
 		 639 aa  78.2  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.549614  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0912  glycoside hydrolase family protein  57.81 
 
 		 1077 aa  77.8  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  26.72 
 
 		 877 aa  76.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  64.41 
 
 		 948 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0750  glycoside hydrolase family 11  36.29 
 
 		 298 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000169346  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  60.32 
 
 		 707 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0729  cellulosome enzyme, dockerin type I  57.81 
 
 		 537 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  27.05 
 
 		 1234 aa  74.7  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  26.96 
 
 		 1707 aa  74.3  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2412  family 3 glycoside hydrolase domain-containing protein  46.34 
 
 		 988 aa  73.9  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0412  glycoside hydrolase family protein  61.9 
 
 		 895 aa  73.9  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000331233  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0920  cellulosome protein dockerin type I  51.56 
 
 		 391 aa  73.6  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2038  cellulosome enzyme, dockerin type I  56.06 
 
 		 807 aa  73.6  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2089  glycoside hydrolase family protein  60.32 
 
 		 741 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000609917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>