128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0789 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  100 
 
 		 317 aa  652    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  70.97 
 
 		 315 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  70.65 
 
 		 315 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  70.32 
 
 		 315 aa  461  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  70.38 
 
 		 311 aa  425  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  70.36 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  51.56 
 
 		 302 aa  315  6e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  44.55 
 
 		 524 aa  264  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  45.31 
 
 		 533 aa  262  6e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  44.97 
 
 		 383 aa  258  1e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  43.37 
 
 		 464 aa  255  8e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  44.19 
 
 		 348 aa  250  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  46.36 
 
 		 509 aa  249  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  41.21 
 
 		 618 aa  236  4e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  43.21 
 
 		 468 aa  225  7e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  37.57 
 
 		 535 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  38.8 
 
 		 1186 aa  182  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  39.02 
 
 		 679 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  42.17 
 
 		 401 aa  174  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  35.76 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.91 
 
 		 444 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.9 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  32.81 
 
 		 527 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  34.08 
 
 		 450 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  36.23 
 
 		 1338 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.85 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  35.48 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  32.1 
 
 		 712 aa  133  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  34.12 
 
 		 644 aa  133  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  34.39 
 
 		 487 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.83 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.53 
 
 		 367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  32.52 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.23 
 
 		 385 aa  125  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  33 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.13 
 
 		 346 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  30.54 
 
 		 330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  31.27 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.65 
 
 		 330 aa  115  8.999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.94 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  32.22 
 
 		 667 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.18 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  29.91 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  28.18 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  25.45 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.08 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  27.48 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  25.36 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  28.93 
 
 		 505 aa  71.2  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  28.19 
 
 		 472 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  25.23 
 
 		 471 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  25.91 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.72 
 
 		 341 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  28.03 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  32.69 
 
 		 384 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  34.19 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  27.05 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.38 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  34.84 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.19 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  29.45 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.71 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.19 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.59 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  27.56 
 
 		 524 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  27.46 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.69 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  25.71 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  23.99 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  25.27 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.51 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0753  glycoside hydrolase family protein  27.51 
 
 		 465 aa  57  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  27.18 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  27.95 
 
 		 475 aa  56.6  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  26.37 
 
 		 476 aa  56.6  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  25.09 
 
 		 495 aa  56.6  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  26.97 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  29.63 
 
 		 510 aa  56.2  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  25.31 
 
 		 511 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.14 
 
 		 540 aa  55.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  30.82 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.42 
 
 		 379 aa  54.7  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  25.93 
 
 		 746 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  22.39 
 
 		 547 aa  53.9  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  24.27 
 
 		 563 aa  53.9  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0698  beta-glucanase precursor  26.2 
 
 		 369 aa  53.5  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  23.9 
 
 		 519 aa  53.5  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0697  beta-glucanase precursor  27.84 
 
 		 381 aa  53.1  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  26.77 
 
 		 535 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1972  glycoside hydrolase family 43  26.94 
 
 		 501 aa  52.4  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  24.77 
 
 		 523 aa  52  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  25.49 
 
 		 804 aa  51.2  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  27.63 
 
 		 319 aa  51.6  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  25.83 
 
 		 636 aa  50.8  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  24.28 
 
 		 829 aa  50.8  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  22.97 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  26.86 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  22.37 
 
 		 534 aa  49.7  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  24.51 
 
 		 525 aa  49.7  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  23.31 
 
 		 547 aa  49.3  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>