178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0507 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 
337 aa  691    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  49.21 
 
 
345 aa  291  9e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  32.9 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  32.12 
 
 
495 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  34.47 
 
 
537 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  33.9 
 
 
472 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  31.2 
 
 
357 aa  125  8.000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  30.7 
 
 
501 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  31.58 
 
 
345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  31.37 
 
 
510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  32.04 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  32.48 
 
 
341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  31.8 
 
 
644 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  33.94 
 
 
503 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  29.45 
 
 
699 aa  106  5e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  25.91 
 
 
522 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  31.17 
 
 
324 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  30.61 
 
 
330 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  30.13 
 
 
325 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  27.51 
 
 
524 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  29.18 
 
 
472 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  31.1 
 
 
505 aa  94  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  26.04 
 
 
829 aa  93.6  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  29.7 
 
 
323 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  31.55 
 
 
315 aa  92.8  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  28.17 
 
 
340 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  26.13 
 
 
331 aa  88.6  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  29.58 
 
 
487 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  28.09 
 
 
348 aa  86.7  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.28 
 
 
341 aa  86.3  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  27.44 
 
 
334 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2698  glycoside hydrolase family 43  27.3 
 
 
369 aa  82.8  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.898004  normal  0.338928 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  26.92 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  29.15 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4281  glycoside hydrolase family protein  28.28 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.394059  normal  0.201547 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  27.46 
 
 
577 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  27.18 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3932  glycoside hydrolase family 43  31.02 
 
 
456 aa  76.6  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  28.28 
 
 
313 aa  75.9  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.21 
 
 
346 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  25.98 
 
 
393 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  29 
 
 
535 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.64 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  29.01 
 
 
344 aa  72.4  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  26.42 
 
 
789 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.29 
 
 
558 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  27.54 
 
 
509 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  27.64 
 
 
386 aa  71.6  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.94 
 
 
319 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.39 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.09 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.23 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  27.16 
 
 
310 aa  68.9  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  27.75 
 
 
400 aa  68.2  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  27.55 
 
 
512 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.23 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  29.13 
 
 
401 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0753  glycoside hydrolase family protein  29.76 
 
 
465 aa  64.7  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  26.88 
 
 
315 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  26.52 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 
636 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  26.76 
 
 
384 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  26.05 
 
 
552 aa  63.9  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.73 
 
 
343 aa  63.5  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  26.88 
 
 
315 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  30.15 
 
 
348 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  29.26 
 
 
468 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  35.12 
 
 
524 aa  62.4  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  27.1 
 
 
746 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  25.1 
 
 
475 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.62 
 
 
352 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1972  glycoside hydrolase family 43  29.8 
 
 
501 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  26.97 
 
 
527 aa  60.8  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  24.7 
 
 
456 aa  60.5  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  26.21 
 
 
598 aa  60.5  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  27.27 
 
 
550 aa  60.5  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.81 
 
 
444 aa  60.1  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  23.96 
 
 
707 aa  59.3  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  25.55 
 
 
471 aa  59.7  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  25.33 
 
 
518 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  31.33 
 
 
533 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  25.4 
 
 
476 aa  58.5  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  22.98 
 
 
537 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.83 
 
 
334 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0661  Ricin B lectin  25.43 
 
 
571 aa  57.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  23.27 
 
 
586 aa  58.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  22.96 
 
 
536 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4511  glycoside hydrolase family protein  29.01 
 
 
341 aa  57.4  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  23.15 
 
 
491 aa  57.8  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.72 
 
 
344 aa  57.8  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  23.91 
 
 
518 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  25.55 
 
 
471 aa  57.8  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  28.34 
 
 
326 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.3 
 
 
536 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  22.57 
 
 
512 aa  57  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  23.83 
 
 
532 aa  56.6  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  28.5 
 
 
1338 aa  56.6  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  22.69 
 
 
511 aa  56.6  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4087  glycoside hydrolase family 43  25.36 
 
 
357 aa  56.2  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  26.07 
 
 
320 aa  55.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>