212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2809 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2809  ATPase  100 
 
 
789 aa  1609    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  53.85 
 
 
707 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  50.11 
 
 
475 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  49.46 
 
 
494 aa  465  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  49.13 
 
 
476 aa  457  1e-127  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  51.71 
 
 
703 aa  456  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  47.67 
 
 
804 aa  451  1e-125  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  47.82 
 
 
488 aa  441  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  45.28 
 
 
471 aa  424  1e-117  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  45.65 
 
 
471 aa  424  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  47.68 
 
 
810 aa  414  1e-114  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  44.86 
 
 
1112 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  43.69 
 
 
1121 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  43.51 
 
 
1121 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  43.93 
 
 
1121 aa  388  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  40.24 
 
 
1143 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  40.69 
 
 
848 aa  351  3e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  37.83 
 
 
1174 aa  331  3e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  31.04 
 
 
531 aa  198  4.0000000000000005e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  29.44 
 
 
472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  51.53 
 
 
472 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  26.67 
 
 
581 aa  144  7e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  53.64 
 
 
1316 aa  144  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  49.64 
 
 
769 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  29.36 
 
 
456 aa  128  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0661  Ricin B lectin  42.47 
 
 
571 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  45.99 
 
 
700 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  45.11 
 
 
772 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  42.76 
 
 
537 aa  112  3e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  46.88 
 
 
511 aa  111  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  29.03 
 
 
331 aa  111  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1703  hypothetical protein  38.92 
 
 
392 aa  111  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.595343 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  44.06 
 
 
914 aa  111  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4084  Ricin B lectin  37.25 
 
 
1413 aa  108  5e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2450  Ricin B lectin  40.54 
 
 
582 aa  105  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0349225  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  42.96 
 
 
566 aa  105  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1428  Ricin B lectin  31.37 
 
 
1139 aa  104  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.737248  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1962  Endo-1,4-beta-xylanase  42.45 
 
 
411 aa  104  8e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.634854  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.97 
 
 
319 aa  103  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  39.86 
 
 
574 aa  99.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  42.47 
 
 
503 aa  98.6  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2530  Ricin B lectin  37.33 
 
 
412 aa  98.6  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00551776  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.02 
 
 
355 aa  98.2  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1461  Ricin B lectin  39.16 
 
 
560 aa  95.5  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.11 
 
 
343 aa  95.5  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.3 
 
 
355 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.14 
 
 
352 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.3 
 
 
356 aa  95.1  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2125  Ricin B lectin  39.55 
 
 
491 aa  95.1  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  36.96 
 
 
510 aa  94.7  6e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.36 
 
 
357 aa  93.6  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.8 
 
 
341 aa  91.3  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  35.25 
 
 
495 aa  89.4  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4966  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.34 
 
 
507 aa  89  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451245  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  37.24 
 
 
649 aa  88.2  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1643  parallel beta-helix repeat-containing ricin B lectin  34.84 
 
 
563 aa  87.4  9e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3927  Ricin B lectin  35.1 
 
 
436 aa  87  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  37.14 
 
 
691 aa  87  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2942  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.26 
 
 
474 aa  86.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0858983  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  22.32 
 
 
315 aa  87  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.78 
 
 
327 aa  87.4  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.9 
 
 
507 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2848  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.23 
 
 
520 aa  86.3  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.724859  decreased coverage  0.0053695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.9 
 
 
507 aa  86.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.05 
 
 
346 aa  85.5  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  37.04 
 
 
747 aa  84.7  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0383  Ricin B lectin  37.5 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4621  Ricin B lectin  32.35 
 
 
497 aa  84  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  29.2 
 
 
334 aa  84  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.98 
 
 
809 aa  82.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  38.74 
 
 
554 aa  82.4  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  42.06 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6290  Ricin B lectin  33.33 
 
 
1259 aa  81.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0798248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  24.7 
 
 
341 aa  80.5  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  38.89 
 
 
540 aa  80.1  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  27.94 
 
 
598 aa  79.7  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6977  hypothetical protein  38.46 
 
 
897 aa  80.1  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449457  normal  0.690746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  25.82 
 
 
357 aa  79.7  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  27.51 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  24.88 
 
 
829 aa  78.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  35.25 
 
 
430 aa  77.8  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  32.79 
 
 
491 aa  77.4  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4332  Ricin B lectin  33.6 
 
 
615 aa  77  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.817761  normal  0.0720026 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  25.2 
 
 
957 aa  76.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4363  protein of unknown function DUF1680  36.69 
 
 
963 aa  75.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0125989  normal  0.151908 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  38.52 
 
 
750 aa  75.5  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6866  Ricin B lectin  28.57 
 
 
493 aa  75.5  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191188  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  22.78 
 
 
884 aa  75.5  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.85 
 
 
466 aa  74.7  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4904  Ricin B lectin  31.52 
 
 
494 aa  74.3  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146094  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.9 
 
 
514 aa  73.9  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4855  Ricin B lectin  29.41 
 
 
503 aa  73.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0410154  normal  0.0144537 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4856  Ricin B lectin  32.14 
 
 
569 aa  72.8  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.173308  normal  0.0148414 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  36.94 
 
 
831 aa  72  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  35.77 
 
 
618 aa  71.6  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48282  predicted protein  31.85 
 
 
1567 aa  71.2  0.00000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.65 
 
 
507 aa  71.2  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  26.81 
 
 
2073 aa  70.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.09 
 
 
476 aa  70.5  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  34.51 
 
 
1016 aa  70.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>