92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0943 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  60.86 
 
 		 747 aa  752    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  100 
 
 		 1316 aa  2637    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  75.03 
 
 		 769 aa  1060    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  57.74 
 
 		 512 aa  566  1e-160  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  57.47 
 
 		 501 aa  542  9.999999999999999e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  62.7 
 
 		 365 aa  414  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  44.55 
 
 		 527 aa  238  7e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  40.41 
 
 		 594 aa  233  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  34.46 
 
 		 922 aa  195  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  37.57 
 
 		 462 aa  193  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  37.58 
 
 		 376 aa  156  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  36.48 
 
 		 375 aa  152  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  34.19 
 
 		 375 aa  147  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  38.32 
 
 		 374 aa  145  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  53.64 
 
 		 789 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  33.61 
 
 		 374 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  33.89 
 
 		 374 aa  143  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  37 
 
 		 374 aa  140  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  35.23 
 
 		 375 aa  140  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  35.46 
 
 		 374 aa  140  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  35.94 
 
 		 327 aa  139  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  37.41 
 
 		 374 aa  139  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  33.11 
 
 		 335 aa  138  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  35.74 
 
 		 326 aa  129  3e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  52.21 
 
 		 700 aa  126  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  30.98 
 
 		 686 aa  122  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  34.39 
 
 		 1409 aa  120  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  34.08 
 
 		 919 aa  119  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  28.69 
 
 		 365 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  50.38 
 
 		 772 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  31.34 
 
 		 375 aa  111  9.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  33.23 
 
 		 327 aa  109  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  30.79 
 
 		 385 aa  107  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  31.82 
 
 		 317 aa  99.8  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  28.38 
 
 		 397 aa  99.4  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  41.73 
 
 		 540 aa  97.4  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  46.34 
 
 		 401 aa  97.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  38.97 
 
 		 574 aa  97.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  41.8 
 
 		 914 aa  95.1  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  30.18 
 
 		 482 aa  94  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  26.93 
 
 		 449 aa  92.8  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  28.86 
 
 		 402 aa  92.4  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  28.69 
 
 		 380 aa  91.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  27.74 
 
 		 351 aa  90.1  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  29.06 
 
 		 405 aa  87  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  26.04 
 
 		 991 aa  85.1  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  41.41 
 
 		 649 aa  84.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.1 
 
 		 809 aa  81.6  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  27.66 
 
 		 392 aa  80.9  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  25.91 
 
 		 794 aa  81.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  28.91 
 
 		 427 aa  80.5  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  25.82 
 
 		 498 aa  78.6  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  28.88 
 
 		 522 aa  75.1  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  41.82 
 
 		 847 aa  73.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  26.42 
 
 		 474 aa  72.8  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  30.51 
 
 		 314 aa  72.8  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  41.07 
 
 		 831 aa  72  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  30.51 
 
 		 314 aa  72  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  28.37 
 
 		 368 aa  71.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  25.98 
 
 		 435 aa  71.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  25.73 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  39.24 
 
 		 505 aa  68.2  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  40.19 
 
 		 820 aa  67.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  38.17 
 
 		 554 aa  66.6  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  30.35 
 
 		 486 aa  65.5  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  27.13 
 
 		 730 aa  64.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  28.28 
 
 		 427 aa  63.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  26.52 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  24.72 
 
 		 456 aa  60.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  33.02 
 
 		 504 aa  59.7  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  30.95 
 
 		 1016 aa  58.9  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  31.74 
 
 		 314 aa  54.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  30.32 
 
 		 143 aa  53.9  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3839  type III helper protein HopAK1  26.52 
 
 		 543 aa  53.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02569  Pectin lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BA61]  29.35 
 
 		 379 aa  52  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  31.86 
 
 		 2073 aa  51.2  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  35.9 
 
 		 855 aa  51.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4535  carbohydrate-binding family 6 protein  33.61 
 
 		 898 aa  51.2  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.334196  normal  0.875686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  23.55 
 
 		 869 aa  51.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04882  pectin lyase (Eurofung)  26.87 
 
 		 464 aa  51.2  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.485233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  32.61 
 
 		 1207 aa  50.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  28.49 
 
 		 377 aa  50.8  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2259  Carbohydrate binding family 6  37.82 
 
 		 713 aa  49.3  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02331  Pectin lyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU6]  29.47 
 
 		 392 aa  48.9  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.37768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0608  hypothetical protein  40.88 
 
 		 452 aa  48.5  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4101  type III helper protein HopAK1  25.19 
 
 		 555 aa  48.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  25.53 
 
 		 853 aa  46.6  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  35.14 
 
 		 801 aa  46.6  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0110  glycoside hydrolase family 31  29.63 
 
 		 1128 aa  45.8  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3331  carbohydrate-binding family 6 protein  29.46 
 
 		 747 aa  46.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0812  hypothetical protein  26.8 
 
 		 1200 aa  45.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3894  coagulation factor 5/8 type domain protein  28.18 
 
 		 688 aa  45.1  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.813544 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>