65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6139 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  100 
 
 		 380 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  62.87 
 
 		 346 aa  464  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  39.45 
 
 		 402 aa  276  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  42.36 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  37.96 
 
 		 397 aa  270  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  38.85 
 
 		 405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  36.64 
 
 		 392 aa  246  6.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  38.35 
 
 		 522 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  37.46 
 
 		 456 aa  207  3e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  35.54 
 
 		 498 aa  199  5e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  34.99 
 
 		 449 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  32.97 
 
 		 505 aa  188  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  42.15 
 
 		 435 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  37.3 
 
 		 436 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  29.13 
 
 		 504 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  35.33 
 
 		 427 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  38.82 
 
 		 730 aa  163  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  35.25 
 
 		 427 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  32.19 
 
 		 482 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  26.71 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  31.65 
 
 		 991 aa  106  7e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  29.05 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  30.43 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  27.17 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  27.99 
 
 		 594 aa  97.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  33.92 
 
 		 527 aa  97.8  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  28.18 
 
 		 922 aa  96.3  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  27.98 
 
 		 375 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  32.13 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  28.01 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  31.39 
 
 		 486 aa  90.1  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  25.96 
 
 		 462 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  31.23 
 
 		 554 aa  86.7  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  28.62 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  30 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  30.29 
 
 		 501 aa  83.2  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  30.6 
 
 		 512 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  27.68 
 
 		 1316 aa  79.7  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  27.79 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  27.88 
 
 		 769 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  28.62 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  32.89 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  32.03 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  30.05 
 
 		 919 aa  73.2  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  30.97 
 
 		 374 aa  69.7  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  32.26 
 
 		 374 aa  69.7  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  25.68 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  27.31 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  26.59 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0280  AAA ATPase family protein  25.53 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.582677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  25.97 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  28.71 
 
 		 1409 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  29.68 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  29.61 
 
 		 374 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  25.97 
 
 		 686 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  29.87 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3306  Pectate lyase/Amb allergen  26.54 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  24.73 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  31.54 
 
 		 143 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3839  type III helper protein HopAK1  26.07 
 
 		 543 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  25.48 
 
 		 794 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  26.07 
 
 		 474 aa  54.3  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4101  type III helper protein HopAK1  26.69 
 
 		 555 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04882  pectin lyase (Eurofung)  26.34 
 
 		 464 aa  44.3  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.485233 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  26.2 
 
 		 377 aa  42.7  0.009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>