226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2311 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  100 
 
 		 772 aa  1551    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3362  hypothetical protein  45.2 
 
 		 770 aa  344  2.9999999999999997e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.142309  normal  0.0931446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0772  hypothetical protein  44.1 
 
 		 1023 aa  322  9.999999999999999e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4281  pectate lyase  43.18 
 
 		 454 aa  310  5e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2392  hypothetical protein  39.63 
 
 		 682 aa  266  8e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0236  hypothetical protein  39.92 
 
 		 498 aa  261  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2788  hypothetical protein  38.94 
 
 		 541 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2795  hypothetical protein  38.11 
 
 		 551 aa  250  7e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4098  hypothetical protein  38.89 
 
 		 819 aa  249  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0136956  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1802  hypothetical protein  37.63 
 
 		 701 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0034444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0948  hypothetical protein  36.9 
 
 		 473 aa  240  8e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.289629  hitchhiker  0.0000199751 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4091  hypothetical protein  37.87 
 
 		 568 aa  239  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.257555  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4093  hypothetical protein  37.05 
 
 		 570 aa  234  5e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00468753  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2792  hypothetical protein  39.73 
 
 		 843 aa  232  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.66343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2151  hypothetical protein  36.81 
 
 		 565 aa  224  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00303594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4572  hypothetical protein  36.61 
 
 		 537 aa  208  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05333  pectate lyase (Eurofung)  38.68 
 
 		 421 aa  206  9e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.295787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2456  hypothetical protein  36.57 
 
 		 924 aa  194  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  35.33 
 
 		 999 aa  187  8e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4682  cellulose-binding family II  36.76 
 
 		 593 aa  178  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4785  hypothetical protein  34.38 
 
 		 467 aa  169  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.375184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  46.75 
 
 		 700 aa  167  8e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5913  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.02 
 
 		 1063 aa  164  7e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.278208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1517  pectate lyase  33.49 
 
 		 450 aa  155  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.188237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  45.8 
 
 		 511 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3040  pectate lyase  31.42 
 
 		 459 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00328566  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3861  pectate lyase  33.84 
 
 		 431 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0269  pectate lyase  34.09 
 
 		 421 aa  137  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.529079  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  33.8 
 
 		 1031 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4038  pectate lyase  32.51 
 
 		 425 aa  134  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.647567  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4783  hypothetical protein  32.77 
 
 		 701 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.292143  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  58.72 
 
 		 619 aa  131  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0351  pectate lyase  32.33 
 
 		 421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0937  ribosomal protein L24  33.59 
 
 		 427 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2307  pectate lyase  30.38 
 
 		 425 aa  124  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00284023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  56.76 
 
 		 791 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  48.3 
 
 		 574 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0650  RhoGEF guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases-like  47.9 
 
 		 558 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.75821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  50.38 
 
 		 1316 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  45.11 
 
 		 789 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4789  hypothetical protein  29.47 
 
 		 710 aa  109  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.148662  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3519  hypothetical protein  29.95 
 
 		 446 aa  107  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  45.74 
 
 		 769 aa  98.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0633  hypothetical protein  48.96 
 
 		 436 aa  97.8  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.746615  normal  0.741737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  52.33 
 
 		 914 aa  97.8  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0356  hypothetical protein  28.49 
 
 		 1011 aa  97.8  7e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.161093  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2397  PKD domain containing protein  33.94 
 
 		 670 aa  93.2  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.861546  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0064  putative secreted beta-mannosidase  46.88 
 
 		 561 aa  92  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000582452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.75 
 
 		 809 aa  88.6  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0569  hypothetical protein  47.57 
 
 		 781 aa  87.4  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  39.02 
 
 		 401 aa  87  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  32.79 
 
 		 621 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  36.81 
 
 		 747 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  40.56 
 
 		 566 aa  82.4  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  40.54 
 
 		 554 aa  80.1  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  43.14 
 
 		 628 aa  80.1  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  43.3 
 
 		 688 aa  77.4  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  35.96 
 
 		 540 aa  76.3  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  39.81 
 
 		 847 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  37.61 
 
 		 649 aa  75.1  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  41.12 
 
 		 746 aa  75.1  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  42.27 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2990  cellulose-binding family II protein  46.81 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.826139  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1959  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  36.3 
 
 		 984 aa  73.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2788  cellulose-binding family II protein  39.8 
 
 		 364 aa  73.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.700875  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1791  cellulose-binding family II  41.41 
 
 		 913 aa  72.8  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.381117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  44.94 
 
 		 460 aa  72  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  37.62 
 
 		 491 aa  71.6  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2781  glycoside hydrolase family 5  42.16 
 
 		 681 aa  71.2  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.183868  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  44.94 
 
 		 1209 aa  70.9  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  38.24 
 
 		 925 aa  70.5  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0619  cellulose-binding family II protein  42.86 
 
 		 403 aa  69.7  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  38.14 
 
 		 778 aa  69.3  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0474  glycoside hydrolase family 11  42.86 
 
 		 494 aa  70.1  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  43.16 
 
 		 763 aa  68.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4214  glycoside hydrolase family 5  42.99 
 
 		 608 aa  68.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  46.91 
 
 		 1137 aa  68.6  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2191  glycoside hydrolase family 6  32.19 
 
 		 605 aa  68.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2372  cellulose-binding family II protein  35.9 
 
 		 842 aa  68.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  40 
 
 		 623 aa  67.4  0.0000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  40.74 
 
 		 669 aa  67.4  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2449  1, 4-beta cellobiohydrolase  42.72 
 
 		 590 aa  66.6  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0731  cellulose-binding family II  38.68 
 
 		 934 aa  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6974  cellulose-binding family II  41.41 
 
 		 938 aa  65.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2448  glycoside hydrolase family 48  42.42 
 
 		 894 aa  65.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  41.24 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1134  glycoside hydrolase family 48  40 
 
 		 842 aa  65.5  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0618  cellulose-binding family II protein  43.53 
 
 		 1298 aa  65.5  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0939482  hitchhiker  0.00792989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  40 
 
 		 580 aa  65.5  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  44.44 
 
 		 562 aa  64.3  0.000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  41.11 
 
 		 743 aa  64.3  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5562  cellulose-binding family II  35.35 
 
 		 906 aa  64.3  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.655446 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1627  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  40.78 
 
 		 998 aa  63.5  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.234171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5339  glycoside hydrolase family 9  35.64 
 
 		 875 aa  63.9  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  29.32 
 
 		 1016 aa  63.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1868  cellulose-binding family II  32.35 
 
 		 744 aa  63.9  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  40.82 
 
 		 486 aa  63.9  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  39.22 
 
 		 487 aa  63.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0352  family 12 glycoside hydrolase  40.62 
 
 		 393 aa  63.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  33.89 
 
 		 1207 aa  63.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>