233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2308 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  100 
 
 		 511 aa  996    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  90.91 
 
 		 424 aa  360  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  49.17 
 
 		 700 aa  220  3.9999999999999997e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  44.44 
 
 		 772 aa  160  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  45.51 
 
 		 233 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2182  Pectate lyase  38.53 
 
 		 489 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0866134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  53.79 
 
 		 769 aa  133  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  44.44 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2020  Pectate lyase  42.86 
 
 		 574 aa  131  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  41.15 
 
 		 1316 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  41.8 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1184  type III helper protein HrpW1  41.8 
 
 		 441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.211632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  48.15 
 
 		 789 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2775  HARPIN-like protein  38.46 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0182  hypothetical protein  51.82 
 
 		 933 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.132644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3420  thiamine-monophosphate kinase  56.25 
 
 		 725 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0210167 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  52.63 
 
 		 791 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  38.81 
 
 		 747 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  43.05 
 
 		 427 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2939  ATPase  47.11 
 
 		 787 aa  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  41.33 
 
 		 259 aa  103  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0649  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  48.42 
 
 		 867 aa  100  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.387734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  36.68 
 
 		 365 aa  100  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  39.52 
 
 		 914 aa  97.8  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  35.03 
 
 		 445 aa  96.3  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  32.61 
 
 		 574 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  43.24 
 
 		 540 aa  95.1  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  36.51 
 
 		 430 aa  92.8  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  40.54 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  38.81 
 
 		 266 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.64 
 
 		 809 aa  84.3  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  42.98 
 
 		 831 aa  84  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  40.3 
 
 		 430 aa  83.6  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  35.51 
 
 		 649 aa  83.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  34.9 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  40 
 
 		 554 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0897  hypothetical protein  24.89 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  40 
 
 		 820 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  43.68 
 
 		 460 aa  73.9  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  39.64 
 
 		 619 aa  73.9  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1959  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  41.24 
 
 		 984 aa  73.6  0.000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6890  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)- like protein  32.77 
 
 		 767 aa  73.6  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  41.3 
 
 		 775 aa  72.8  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  42.22 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0352  family 12 glycoside hydrolase  44.44 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6640  cellulose-binding family II  41.67 
 
 		 727 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0877502 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  34.52 
 
 		 847 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  32.45 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  41.76 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  38.89 
 
 		 1207 aa  70.9  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2512  cellulose-binding family II protein  37.04 
 
 		 637 aa  70.9  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  39.56 
 
 		 487 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  34.08 
 
 		 750 aa  68.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0016  glycoside hydrolase family 9  37.36 
 
 		 990 aa  68.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.114686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0731  cellulose-binding family II  41.94 
 
 		 934 aa  68.9  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  36.96 
 
 		 623 aa  67.4  0.0000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  31.82 
 
 		 264 aa  67  0.0000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  39 
 
 		 562 aa  67  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2745  cellulose-binding family II  40.74 
 
 		 376 aa  67  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3959  esterase, PHB depolymerase family  40.96 
 
 		 423 aa  67  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  40.66 
 
 		 746 aa  66.6  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0294  cellulose-binding family II protein  40.86 
 
 		 609 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.558691  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8280  cellulase  34.65 
 
 		 851 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.396487  normal  0.103069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6973  cellulose-binding family II  41.05 
 
 		 1007 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2176  endoglucanase  35.87 
 
 		 880 aa  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0658592  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  37.08 
 
 		 488 aa  65.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0064  putative secreted beta-mannosidase  46.84 
 
 		 561 aa  65.1  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000582452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5339  glycoside hydrolase family 9  35.87 
 
 		 875 aa  65.1  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1134  glycoside hydrolase family 48  36.96 
 
 		 842 aa  65.1  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4535  carbohydrate-binding family 6 protein  32.88 
 
 		 898 aa  65.1  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.334196  normal  0.875686 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  37.27 
 
 		 669 aa  64.7  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1822  chitin-binding domain 3 protein  34.62 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309738  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2509  esterase, PHB depolymerase family  34.44 
 
 		 489 aa  63.5  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.821888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  37.8 
 
 		 925 aa  63.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1627  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  39.56 
 
 		 998 aa  62.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.234171  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2990  cellulose-binding family II protein  46.34 
 
 		 366 aa  63.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.826139  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  41.67 
 
 		 1209 aa  63.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  39.02 
 
 		 598 aa  63.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1896  1, 4-beta cellobiohydrolase  40 
 
 		 646 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.776414 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0619  cellulose-binding family II protein  40.7 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3303  glycoside hydrolase family 62  36.26 
 
 		 436 aa  62.4  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000382833  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  40.48 
 
 		 743 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  40 
 
 		 690 aa  62.4  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0569  hypothetical protein  41.84 
 
 		 781 aa  61.6  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2957  glycoside hydrolase family protein  39.77 
 
 		 966 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0936  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  38.32 
 
 		 979 aa  62  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  35.44 
 
 		 518 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  30 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0474  glycoside hydrolase family 11  34.07 
 
 		 494 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  40.48 
 
 		 763 aa  61.6  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3105  glycoside hydrolase family 48  40 
 
 		 854 aa  61.6  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0252708  hitchhiker  0.000502295 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4194  1, 4-beta cellobiohydrolase  43.02 
 
 		 437 aa  60.8  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4152  cellulose-binding family II  40.86 
 
 		 449 aa  60.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  35.35 
 
 		 773 aa  60.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  32.89 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  36.78 
 
 		 580 aa  60.8  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5562  cellulose-binding family II  34.78 
 
 		 906 aa  60.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.655446 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  34.95 
 
 		 486 aa  60.1  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  36.25 
 
 		 688 aa  60.1  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4288  cellulose-binding family II  38.89 
 
 		 420 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.016596 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>