38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3861 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3861  pectate lyase  100 
 
 		 431 aa  870    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0269  pectate lyase  71.99 
 
 		 421 aa  656    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.529079  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0351  pectate lyase  71.06 
 
 		 421 aa  648    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4038  pectate lyase  92.58 
 
 		 425 aa  811    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.647567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0937  ribosomal protein L24  42.69 
 
 		 427 aa  324  2e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3519  hypothetical protein  42.14 
 
 		 446 aa  297  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3040  pectate lyase  42.86 
 
 		 459 aa  287  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00328566  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2307  pectate lyase  40 
 
 		 425 aa  275  8e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00284023 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4785  hypothetical protein  39.9 
 
 		 467 aa  245  9.999999999999999e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.375184  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4783  hypothetical protein  36.71 
 
 		 701 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.292143  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4789  hypothetical protein  36.61 
 
 		 710 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.148662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1517  pectate lyase  37.18 
 
 		 450 aa  219  6e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.188237  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  36.52 
 
 		 1031 aa  209  7e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0356  hypothetical protein  32.82 
 
 		 1011 aa  193  6e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.161093  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  33.5 
 
 		 566 aa  191  2.9999999999999997e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2392  hypothetical protein  34.77 
 
 		 682 aa  183  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4281  pectate lyase  32.35 
 
 		 454 aa  182  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2397  PKD domain containing protein  33.16 
 
 		 670 aa  171  3e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.861546  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  33.94 
 
 		 772 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2788  hypothetical protein  30.43 
 
 		 541 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4093  hypothetical protein  40.72 
 
 		 570 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00468753  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4098  hypothetical protein  30.44 
 
 		 819 aa  134  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0136956  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4091  hypothetical protein  40.36 
 
 		 568 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.257555  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2151  hypothetical protein  37.99 
 
 		 565 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00303594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1802  hypothetical protein  38.33 
 
 		 701 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0034444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2795  hypothetical protein  36.1 
 
 		 551 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3362  hypothetical protein  31.82 
 
 		 770 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.142309  normal  0.0931446 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4572  hypothetical protein  30.49 
 
 		 537 aa  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05333  pectate lyase (Eurofung)  37.25 
 
 		 421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.295787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0772  hypothetical protein  29.57 
 
 		 1023 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0236  hypothetical protein  29.62 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2792  hypothetical protein  29.9 
 
 		 843 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.66343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4682  cellulose-binding family II  31.99 
 
 		 593 aa  110  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  29.41 
 
 		 999 aa  110  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2456  hypothetical protein  32.37 
 
 		 924 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0948  hypothetical protein  33.07 
 
 		 473 aa  106  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.289629  hitchhiker  0.0000199751 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5913  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.35 
 
 		 1063 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.278208  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09367  conserved hypothetical protein  46.03 
 
 		 314 aa  47.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.477397  hitchhiker  0.00611411 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>