More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2934 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  100 
 
 
619 aa  1243    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1857  glycoside hydrolase family 48  37.75 
 
 
1478 aa  203  7e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00499056  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  38.01 
 
 
1037 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  36.39 
 
 
1041 aa  198  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3866  endo-1,4-beta-xylanase  35.22 
 
 
463 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0285247  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  37.17 
 
 
366 aa  197  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  38.79 
 
 
495 aa  196  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  39.1 
 
 
491 aa  194  3e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  37.65 
 
 
497 aa  194  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  37.54 
 
 
457 aa  194  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  35.8 
 
 
1019 aa  189  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  34.34 
 
 
697 aa  189  1e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  36.66 
 
 
359 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  36.89 
 
 
423 aa  188  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  37.58 
 
 
820 aa  188  3e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0618  Endo-1,4-beta-xylanase  33.04 
 
 
689 aa  186  9e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.687614  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1996  endo-1,4-beta-xylanase  35.63 
 
 
369 aa  184  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  34.23 
 
 
338 aa  183  8.000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4240  Endo-1,4-beta-xylanase  34.01 
 
 
324 aa  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340306  normal  0.631707 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  36.27 
 
 
815 aa  182  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  38.91 
 
 
474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1647  Endo-1,4-beta-xylanase  34.13 
 
 
323 aa  181  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.394588  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  36.42 
 
 
488 aa  181  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0933  Beta-1 4-xylanase-like protein  39.81 
 
 
543 aa  179  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258206  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  38.19 
 
 
474 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  35.41 
 
 
477 aa  179  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  40.62 
 
 
472 aa  176  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4928  glycoside hydrolase family 10  35.76 
 
 
490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.870217  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  39.6 
 
 
756 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  37.69 
 
 
778 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0650  RhoGEF guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases-like  61.93 
 
 
558 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.75821  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3420  thiamine-monophosphate kinase  59.17 
 
 
725 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0210167 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  37.23 
 
 
487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  37.27 
 
 
829 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1479  Endo-1,4-beta-xylanase  31.61 
 
 
371 aa  171  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0905  glycoside hydrolase family 10  32.48 
 
 
690 aa  169  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.506442  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2710  Endo-1,4-beta-xylanase  33.02 
 
 
331 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  36.39 
 
 
1001 aa  168  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  33.75 
 
 
347 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2218  Endo-1,4-beta-xylanase  33.33 
 
 
373 aa  168  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000248753  decreased coverage  0.00000085459 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0732  glycoside hydrolase family 10  33.76 
 
 
503 aa  168  2.9999999999999998e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.180847  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  36.2 
 
 
678 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2633  endo-1,4-beta-xylanase  35.56 
 
 
374 aa  167  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112994  normal  0.315981 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2695  Endo-1,4-beta-xylanase  33.43 
 
 
407 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  37.14 
 
 
454 aa  167  6.9999999999999995e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  34.78 
 
 
1059 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  34.78 
 
 
1059 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1404  Endo-1,4-beta-xylanase  33.03 
 
 
370 aa  165  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.374178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4732  Endo-1,4-beta-xylanase  36.28 
 
 
451 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0396836  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  30.87 
 
 
347 aa  164  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  32.84 
 
 
1018 aa  164  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6407  Endo-1,4-beta-xylanase  30.31 
 
 
387 aa  163  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.760258 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  34.33 
 
 
1020 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  32.63 
 
 
1050 aa  161  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3986  Endo-1,4-beta-xylanase  31.25 
 
 
394 aa  160  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  31.34 
 
 
333 aa  160  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  36.51 
 
 
628 aa  160  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  30.93 
 
 
321 aa  159  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03450  beta-1,4-xylanase  31.13 
 
 
383 aa  158  3e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2657  endo-1,4-beta-xylanase  30.1 
 
 
423 aa  156  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.650838  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  33.33 
 
 
837 aa  155  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2327  Endo-1,4-beta-xylanase  36.16 
 
 
370 aa  154  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.146279  hitchhiker  0.0000050608 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2791  xylanase  30.79 
 
 
399 aa  153  8e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1112  Endo-1,4-beta-xylanase  30.4 
 
 
328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  51.82 
 
 
621 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2079  endo-1,4-beta-xylanase  30.77 
 
 
364 aa  149  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3547  Endo-1,4-beta-xylanase  30.38 
 
 
376 aa  147  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0132087 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0550  Endo-1,4-beta-xylanase  31.21 
 
 
398 aa  147  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.45937  normal  0.275696 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01818  Endo-1,4-beta-xylanase C Precursor (Xylanase C)(EC 3.2.1.8)(1,4-beta-D-xylan xylanohydrolase C)(34 kDa xylanase)(Xylanase X34) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00177]  31.38 
 
 
309 aa  145  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.780963  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2227  endo-1,4-beta-xylanase  30.38 
 
 
382 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.470132  normal  0.0116576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1021  endo-1,4-beta-xylanase  30.52 
 
 
388 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176151  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  30.7 
 
 
337 aa  144  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  31.3 
 
 
1495 aa  144  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5072  Endo-1,4-beta-xylanase  32.37 
 
 
451 aa  142  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  34.13 
 
 
457 aa  140  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26810  beta-1,4-xylanase  31.35 
 
 
566 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.400635 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1477  Endo-1,4-beta-xylanase  29.82 
 
 
317 aa  137  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6584  Endo-1,4-beta-xylanase  31.27 
 
 
375 aa  136  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0793463  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4508  endo-1,4-beta-xylanase  32.99 
 
 
370 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1068  Endo-1,4-beta-xylanase  31.67 
 
 
912 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0377061  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44391  predicted protein  31.01 
 
 
486 aa  134  3.9999999999999996e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0416192  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1648  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  30.81 
 
 
1146 aa  134  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.479186  hitchhiker  0.00101634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0668  twin-arginine translocation pathway signal  36.15 
 
 
368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.710822 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0372  endo-1,4-beta-xylanase  28.69 
 
 
389 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2108  endo-1,4-beta-xylanase  28.77 
 
 
806 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  58.88 
 
 
772 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1400  endo-1,4-beta-xylanase  31.58 
 
 
373 aa  131  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0516827  normal  0.956406 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  57.66 
 
 
791 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2793  glycoside hydrolase family 10  30.71 
 
 
561 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0410963 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02356  beta-1,4-endoxylanase (Eurofung)  30.97 
 
 
357 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2548  Endo-1,4-beta-xylanase  31.03 
 
 
465 aa  124  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0624  endo-1,4-beta-xylanase  27.34 
 
 
756 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000271039  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0638  Endo-1,4-beta-xylanase  28.19 
 
 
1780 aa  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.806584 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0064  putative secreted beta-mannosidase  57.73 
 
 
561 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000582452  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0633  hypothetical protein  58.76 
 
 
436 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.746615  normal  0.741737 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_35732  Glycoside hydrolase, family 10 Endo-1,4-beta-xylanase precursor (Xylanase) Exoglucanase/xylanase precursor  30.37 
 
 
321 aa  119  1.9999999999999998e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1132  Endo-1,4-beta-xylanase  31.49 
 
 
401 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  27.45 
 
 
619 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3907  endo-1,4-beta-xylanase  27.21 
 
 
392 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124298  normal  0.511996 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0639  Endo-1,4-beta-xylanase  29.49 
 
 
1215 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.164422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>