107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1650 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 914 aa  1872    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1157  rhamnogalacturonan lyase  58.23 
 
 		 1266 aa  772    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.219501  normal  0.380242 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3679  FG-GAP repeat-containing protein  56.93 
 
 		 677 aa  690    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000668501  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  56.78 
 
 		 820 aa  658    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1678  FG-GAP repeat-containing protein  52.49 
 
 		 618 aa  666    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000385209  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  58.64 
 
 		 773 aa  688    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3413  FG-GAP repeat protein  54.74 
 
 		 672 aa  671    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0739  cellulosome protein dockerin type I  58.32 
 
 		 676 aa  710    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000588173  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1853  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  54.18 
 
 		 833 aa  664    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0781355  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1868  cellulose-binding family II  57.48 
 
 		 744 aa  662    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0215  hypothetical protein  55.33 
 
 		 787 aa  692    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.247973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05360  fibronectin type 3 domain-containing protein  53.58 
 
 		 1880 aa  651    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1100  FG-GAP repeat protein  57.76 
 
 		 1065 aa  713    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2022  cellulose-binding family II  58.57 
 
 		 743 aa  680    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.12733 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  53.73 
 
 		 746 aa  635  1e-180  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3891  FG-GAP repeat protein  51.39 
 
 		 662 aa  614  9.999999999999999e-175  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0201045  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3890  FG-GAP repeat protein  49.19 
 
 		 613 aa  591  1e-167  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.100975  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3043  cellulose-binding family II  54.07 
 
 		 774 aa  589  1e-167  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1343  YesW  47.89 
 
 		 658 aa  572  1e-161  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4222  FG-GAP repeat-containing protein  45.53 
 
 		 616 aa  531  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  56.25 
 
 		 669 aa  525  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0417  cellulosome protein dockerin type I  37.74 
 
 		 848 aa  396  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000135998  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3493  FG-GAP repeat protein  42.37 
 
 		 767 aa  298  3e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.832541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0488  FG-GAP repeat protein  42.37 
 
 		 851 aa  298  3e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25650  FG-GAP repeat protein  39.73 
 
 		 1082 aa  289  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112985  normal  0.313827 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0343  FG-GAP repeat-containing protein  37.32 
 
 		 803 aa  262  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02543  rhamnogalacturonan lyase (Eurofung)  31.37 
 
 		 606 aa  242  2e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2008  putative secreted glycosyl hydrolase  53.44 
 
 		 240 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  44.06 
 
 		 789 aa  110  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  47.37 
 
 		 574 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  43.45 
 
 		 769 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  41.79 
 
 		 700 aa  98.6  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  39.02 
 
 		 511 aa  97.1  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  52.33 
 
 		 772 aa  97.4  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  42.5 
 
 		 1316 aa  95.1  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  41.3 
 
 		 747 aa  86.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  41.8 
 
 		 649 aa  83.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0182  hypothetical protein  44.21 
 
 		 933 aa  80.5  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.132644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.64 
 
 		 809 aa  80.1  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  38.21 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  36.21 
 
 		 554 aa  77.4  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0649  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  40.4 
 
 		 867 aa  76.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.387734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  38.74 
 
 		 831 aa  75.5  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  35.2 
 
 		 847 aa  72.4  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  33.64 
 
 		 540 aa  64.3  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0474  glycoside hydrolase family 11  39.81 
 
 		 494 aa  59.7  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  33.05 
 
 		 1016 aa  58.5  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2939  ATPase  34.69 
 
 		 787 aa  57.8  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  38.62 
 
 		 791 aa  57.8  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1959  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  37.23 
 
 		 984 aa  55.8  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  41.56 
 
 		 688 aa  55.8  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  40.26 
 
 		 778 aa  55.5  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0569  hypothetical protein  36.17 
 
 		 781 aa  54.7  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  39.19 
 
 		 1209 aa  55.1  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  41.33 
 
 		 436 aa  55.1  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  39.44 
 
 		 1137 aa  54.3  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0352  family 12 glycoside hydrolase  39.19 
 
 		 393 aa  54.3  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  35.23 
 
 		 621 aa  53.9  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3420  thiamine-monophosphate kinase  33.33 
 
 		 725 aa  54.3  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0210167 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3331  carbohydrate-binding family 6 protein  32.46 
 
 		 747 aa  53.9  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6640  cellulose-binding family II  31.82 
 
 		 727 aa  54.3  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0877502 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0731  cellulose-binding family II  33.33 
 
 		 934 aa  53.9  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  35.23 
 
 		 763 aa  53.1  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  36.36 
 
 		 562 aa  52.4  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0618  cellulose-binding family II protein  38.16 
 
 		 1298 aa  52.8  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0939482  hitchhiker  0.00792989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4285  cellulose-binding family II  36.59 
 
 		 472 aa  53.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.125188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  34.15 
 
 		 487 aa  52.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  32.14 
 
 		 1091 aa  52.4  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  31.45 
 
 		 518 aa  52  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0619  cellulose-binding family II protein  35.37 
 
 		 403 aa  51.6  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682246 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2990  cellulose-binding family II protein  41.46 
 
 		 366 aa  51.2  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.826139  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  36.27 
 
 		 457 aa  51.2  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  34.09 
 
 		 925 aa  50.8  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2745  cellulose-binding family II  37.84 
 
 		 376 aa  50.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  39.56 
 
 		 477 aa  50.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  28.45 
 
 		 2073 aa  50.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4152  cellulose-binding family II  36.78 
 
 		 449 aa  50.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  35.23 
 
 		 743 aa  50.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1074  endoglucanase  36.79 
 
 		 441 aa  49.3  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0857507  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  32.05 
 
 		 775 aa  49.3  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1822  chitin-binding domain 3 protein  34.15 
 
 		 429 aa  48.9  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309738  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  35.53 
 
 		 460 aa  48.9  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3707  Carbohydrate binding family 6  25.94 
 
 		 1000 aa  48.5  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.176968  normal  0.212982 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  32.05 
 
 		 623 aa  48.1  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1134  glycoside hydrolase family 48  32.05 
 
 		 842 aa  48.1  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  36.96 
 
 		 454 aa  47.8  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  28.66 
 
 		 1207 aa  47.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  29.67 
 
 		 580 aa  47  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  31.58 
 
 		 442 aa  47.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5562  cellulose-binding family II  31.76 
 
 		 906 aa  47  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.655446 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0324  cellulose-binding family II protein  33.33 
 
 		 694 aa  46.6  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2792  cellulose-binding family II  34.21 
 
 		 681 aa  46.6  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4214  glycoside hydrolase family 5  28.85 
 
 		 608 aa  46.2  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0935  hypothetical protein  29.63 
 
 		 847 aa  46.6  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.619972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8280  cellulase  31.71 
 
 		 851 aa  46.6  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.396487  normal  0.103069 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0617  glycoside hydrolase family protein  34.88 
 
 		 1121 aa  46.2  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413787  hitchhiker  0.00805779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6974  cellulose-binding family II  32.93 
 
 		 938 aa  45.8  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0294  cellulose-binding family II protein  36.36 
 
 		 609 aa  45.8  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.558691  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2512  cellulose-binding family II protein  31.58 
 
 		 637 aa  45.8  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  37.84 
 
 		 628 aa  45.8  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>