More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0633 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0633  hypothetical protein  100 
 
 		 436 aa  887    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.746615  normal  0.741737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0064  putative secreted beta-mannosidase  70.1 
 
 		 561 aa  142  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000582452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2934  endo-1,4-beta-xylanase  58.76 
 
 		 619 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000972759  normal  0.881694 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1665  cellulose-binding family II protein  28.29 
 
 		 438 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.862652  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1822  chitin-binding domain 3 protein  28.08 
 
 		 429 aa  116  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309738  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0650  RhoGEF guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases-like  52.94 
 
 		 558 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.75821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2272  cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)-like  58.59 
 
 		 791 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  48.96 
 
 		 772 aa  97.8  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0569  hypothetical protein  51.02 
 
 		 781 aa  93.6  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2470  chitin-binding domain 3 protein  25.16 
 
 		 443 aa  88.6  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.242229  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4194  1, 4-beta cellobiohydrolase  42.06 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7908  hypothetical protein  33.04 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.921269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3878  chitin-binding domain 3 protein  30.25 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  41.96 
 
 		 486 aa  80.5  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  42.15 
 
 		 850 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.68 
 
 		 761 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0735  glycoside hydrolase family 6  44.76 
 
 		 623 aa  77.8  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0698323  normal  0.806764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  47.25 
 
 		 994 aa  77.4  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  41.9 
 
 		 773 aa  77  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  41.46 
 
 		 621 aa  76.6  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1134  glycoside hydrolase family 48  44.76 
 
 		 842 aa  76.6  0.0000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  40 
 
 		 925 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3877  chitin-binding domain 3 protein  31.12 
 
 		 390 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.770078 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2781  glycoside hydrolase family 5  36.52 
 
 		 681 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.183868  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1040  chitin-binding domain 3 protein  31.94 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0290504 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0731  cellulose-binding family II  42.45 
 
 		 934 aa  73.6  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2647  chitin-binding domain-containing protein  29.11 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0138367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0577  outer membrane adhesin like proteiin  39.67 
 
 		 2074 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.144033 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4558  glycoside hydrolase family 9  36.79 
 
 		 864 aa  73.2  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1666  cellulose-binding family II protein  37.39 
 
 		 455 aa  73.2  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000449243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4174  serine/threonine protein kinase  40.43 
 
 		 493 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0993859  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1791  cellulose-binding family II  39.42 
 
 		 913 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.381117  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  39.81 
 
 		 746 aa  72.4  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3037  chitin-binding domain-containing protein  35.19 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.198398 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3263  chitin-binding domain-containing protein  34.72 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.175629  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2830  family 6 glycoside hydrolase  40.45 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.426426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4414  glycoside hydrolase family 10  40 
 
 		 487 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5562  cellulose-binding family II  36.67 
 
 		 906 aa  70.5  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.655446 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0900  mannan endo-1,4-beta-mannosidase  35.16 
 
 		 453 aa  70.1  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.716591  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  37.88 
 
 		 846 aa  69.7  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0935  hypothetical protein  27.88 
 
 		 847 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.619972  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  40.45 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0538  glycoside hydrolase family 6  37.62 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.448554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4286  chitin-binding domain 3 protein  30.21 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0257  hypothetical protein  25.54 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2788  cellulose-binding family II protein  41.35 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.700875  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7565  hypothetical protein  29.61 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53250  chitin-binding protein CbpD precursor  28.98 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.889986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  40.2 
 
 		 488 aa  68.2  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2085  cysteine-rich repeat protein  45.33 
 
 		 715 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.164104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1074  endoglucanase  37.62 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0857507  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2948  chitin-binding domain 3 protein  32 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0411375  hitchhiker  0.000170836 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  41 
 
 		 491 aa  67  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0615  glycoside hydrolase family protein  39.18 
 
 		 1209 aa  67  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.435681  hitchhiker  0.00420105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4667  chitin-binding protein CbpD precursor  28.4 
 
 		 388 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3146  glycoside hydrolase family 6  36.63 
 
 		 459 aa  66.6  0.0000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2512  cellulose-binding family II protein  31.33 
 
 		 637 aa  66.6  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  40.7 
 
 		 477 aa  66.6  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  37.61 
 
 		 669 aa  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2990  cellulose-binding family II protein  38.71 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.826139  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0619  cellulose-binding family II protein  38.37 
 
 		 403 aa  66.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682246 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  40.23 
 
 		 474 aa  66.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6407  Cellobiohydrolase A (1 4-beta-cellobiosidase A)- like protein  37.21 
 
 		 448 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0259803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  45.92 
 
 		 3474 aa  65.5  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0616  cellulose-binding family II protein  38.14 
 
 		 763 aa  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  hitchhiker  0.00244969 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1701  glycoside hydrolase family protein  39.76 
 
 		 1137 aa  65.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102428 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0925  cellulose-binding family II  37.35 
 
 		 460 aa  65.1  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.146256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  30.2 
 
 		 688 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1868  cellulose-binding family II  37 
 
 		 744 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0388  PHB depolymerase family esterase  38.3 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.140919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0618  cellulose-binding family II protein  38.55 
 
 		 1298 aa  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0939482  hitchhiker  0.00792989 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0175  chitin-binding domain 3 protein  40.82 
 
 		 400 aa  63.5  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242955 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  38.46 
 
 		 580 aa  63.5  0.000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8280  cellulase  34.62 
 
 		 851 aa  63.5  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.396487  normal  0.103069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  38.46 
 
 		 460 aa  63.9  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4239  N-acetylglucosamine-binding protein A  29.6 
 
 		 471 aa  63.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.225029 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2022  cellulose-binding family II  37.37 
 
 		 743 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.12733 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  32.41 
 
 		 2153 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0780  PHB depolymerase family esterase  37.25 
 
 		 436 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  34.07 
 
 		 466 aa  62  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1627  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  26.39 
 
 		 998 aa  62  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.234171  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3435  glycoside hydrolase family 9  31.2 
 
 		 794 aa  61.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.019722  normal  0.0493729 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0242  cellulose-binding family II  35.42 
 
 		 447 aa  61.6  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2965  cellulose-binding family II protein  34.58 
 
 		 468 aa  61.2  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.432243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  38.14 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0324  cellulose-binding family II protein  34.15 
 
 		 694 aa  60.8  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  35.05 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2745  cellulose-binding family II  38.46 
 
 		 376 aa  60.8  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3301  glycoside hydrolase family 62  40.24 
 
 		 485 aa  60.5  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111017  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3043  cellulose-binding family II  33.33 
 
 		 774 aa  60.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1917  Chitinase-like protein  33.64 
 
 		 613 aa  60.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2646  glycoside hydrolase family protein  32.28 
 
 		 812 aa  60.5  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00270036  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5260  hypothetical protein  46.39 
 
 		 1879 aa  60.1  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3186  cellulose-binding family II protein  34.62 
 
 		 467 aa  60.1  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5719  hypothetical protein  35.87 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  45.36 
 
 		 3477 aa  60.1  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  39.36 
 
 		 459 aa  59.3  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3303  glycoside hydrolase family 62  33.03 
 
 		 436 aa  59.3  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000382833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1215  type 1 secretion target domain protein  39.56 
 
 		 2542 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3216  glycoside hydrolase family 5  25.74 
 
 		 649 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>