39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4572 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4572  hypothetical protein  100 
 
 
537 aa  1105    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4281  pectate lyase  35.59 
 
 
454 aa  239  1e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2392  hypothetical protein  38.22 
 
 
682 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  36.61 
 
 
772 aa  221  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3362  hypothetical protein  33.49 
 
 
770 aa  188  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.142309  normal  0.0931446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0236  hypothetical protein  32.6 
 
 
498 aa  180  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1802  hypothetical protein  31.75 
 
 
701 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0034444  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2788  hypothetical protein  33.27 
 
 
541 aa  172  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2151  hypothetical protein  32.33 
 
 
565 aa  167  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00303594  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2795  hypothetical protein  31.27 
 
 
551 aa  167  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0772  hypothetical protein  31.37 
 
 
1023 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4091  hypothetical protein  30.8 
 
 
568 aa  165  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.257555  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4098  hypothetical protein  32.89 
 
 
819 aa  160  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0136956  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2792  hypothetical protein  34.35 
 
 
843 aa  159  9e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.66343  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05333  pectate lyase (Eurofung)  32.76 
 
 
421 aa  153  8.999999999999999e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.295787  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0948  hypothetical protein  28.74 
 
 
473 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.289629  hitchhiker  0.0000199751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0269  pectate lyase  29.97 
 
 
421 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.529079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4038  pectate lyase  30.68 
 
 
425 aa  143  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.647567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1517  pectate lyase  29.15 
 
 
450 aa  143  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.188237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0351  pectate lyase  29.97 
 
 
421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2456  hypothetical protein  31.88 
 
 
924 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3040  pectate lyase  29.72 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00328566  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3861  pectate lyase  30.49 
 
 
431 aa  134  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4682  cellulose-binding family II  30.48 
 
 
593 aa  128  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4785  hypothetical protein  30.58 
 
 
467 aa  125  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.375184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0937  ribosomal protein L24  28.54 
 
 
427 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  27.19 
 
 
999 aa  124  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5913  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.67 
 
 
1063 aa  123  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.278208  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1516  pectate lyase protein  29.07 
 
 
1031 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000206035  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4093  hypothetical protein  44.65 
 
 
570 aa  118  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00468753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2307  pectate lyase  26.16 
 
 
425 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3519  hypothetical protein  30 
 
 
446 aa  100  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4789  hypothetical protein  25.81 
 
 
710 aa  100  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.148662  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0356  hypothetical protein  26.39 
 
 
1011 aa  84.7  0.000000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.161093  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2397  PKD domain containing protein  27.75 
 
 
670 aa  83.6  0.000000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.861546  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  27.38 
 
 
566 aa  83.6  0.000000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4783  hypothetical protein  26.94 
 
 
701 aa  82.8  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.292143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1621  PA14 domain-containing protein  53.66 
 
 
654 aa  46.2  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.459309  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2049  hypothetical protein  47.06 
 
 
14609 aa  45.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>