100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1612 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 1409 aa  2876    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  50.38 
 
 		 919 aa  486  1e-135  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  51.42 
 
 		 616 aa  399  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  50.78 
 
 		 750 aa  311  5e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  32 
 
 		 1431 aa  301  8e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  53.15 
 
 		 922 aa  291  8e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  51.05 
 
 		 653 aa  276  2.0000000000000002e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  43.28 
 
 		 540 aa  252  4e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  43.58 
 
 		 576 aa  247  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  29.81 
 
 		 907 aa  181  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  36.59 
 
 		 742 aa  177  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  38.04 
 
 		 338 aa  173  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  39.22 
 
 		 700 aa  171  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  37.63 
 
 		 734 aa  170  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  35.69 
 
 		 734 aa  162  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  36.33 
 
 		 744 aa  162  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  35.29 
 
 		 744 aa  158  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  33.41 
 
 		 733 aa  150  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  35.17 
 
 		 489 aa  146  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  33.96 
 
 		 410 aa  137  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  34.18 
 
 		 425 aa  132  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  34.55 
 
 		 426 aa  131  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  36.68 
 
 		 594 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  35.81 
 
 		 317 aa  128  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  34.56 
 
 		 327 aa  125  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  37.5 
 
 		 365 aa  122  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  34.42 
 
 		 769 aa  120  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  34.39 
 
 		 1316 aa  119  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  32.44 
 
 		 335 aa  119  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  33.5 
 
 		 527 aa  118  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  35.68 
 
 		 512 aa  110  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  34.09 
 
 		 462 aa  109  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  36.45 
 
 		 482 aa  107  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  28.87 
 
 		 439 aa  106  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  32.77 
 
 		 501 aa  103  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  31.97 
 
 		 547 aa  102  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  29.11 
 
 		 437 aa  101  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  28.82 
 
 		 415 aa  99.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3862  endo-1,4-beta-xylanase  31.05 
 
 		 2457 aa  99  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  33.17 
 
 		 365 aa  97.8  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  33.18 
 
 		 327 aa  96.3  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  31.85 
 
 		 439 aa  96.3  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  33.89 
 
 		 374 aa  92.8  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  29.47 
 
 		 374 aa  92.8  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  30.07 
 
 		 375 aa  92.8  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  28.34 
 
 		 437 aa  92.4  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  31.75 
 
 		 374 aa  91.3  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  27.62 
 
 		 375 aa  91.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  30.48 
 
 		 435 aa  91.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  27.32 
 
 		 376 aa  90.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  32.28 
 
 		 374 aa  90.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  25.49 
 
 		 375 aa  89  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 		 694 aa  88.2  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  29.89 
 
 		 374 aa  87.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  31.13 
 
 		 374 aa  86.7  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  30.66 
 
 		 427 aa  86.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  28.26 
 
 		 458 aa  83.2  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1063  hypothetical protein  32.29 
 
 		 1263 aa  82.8  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0107018  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  30 
 
 		 326 aa  82.8  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  27.5 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  27.96 
 
 		 491 aa  80.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  31.55 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  30.08 
 
 		 351 aa  77.4  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  28.91 
 
 		 449 aa  77  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  25.28 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  28.71 
 
 		 794 aa  73.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  25.56 
 
 		 686 aa  72.8  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  27.98 
 
 		 730 aa  72.4  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  27.99 
 
 		 402 aa  71.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  30.82 
 
 		 436 aa  69.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  28.71 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  26.89 
 
 		 405 aa  68.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  27.75 
 
 		 456 aa  66.6  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  28.5 
 
 		 380 aa  66.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  30.94 
 
 		 522 aa  63.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  29.44 
 
 		 554 aa  63.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  25.57 
 
 		 498 aa  62  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  27 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  35.56 
 
 		 505 aa  56.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  24.77 
 
 		 486 aa  56.2  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  29.11 
 
 		 504 aa  55.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  45.59 
 
 		 444 aa  54.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  39.13 
 
 		 143 aa  54.3  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  24.37 
 
 		 747 aa  54.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  27.78 
 
 		 346 aa  53.9  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  27.32 
 
 		 427 aa  53.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0079  surface layer protein  35.78 
 
 		 489 aa  52  0.00009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3466  SH3 type 3 domain-containing protein  35.48 
 
 		 1281 aa  51.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0060  surface layer protein  38.96 
 
 		 484 aa  50.4  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000340805  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  27.78 
 
 		 368 aa  50.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1157  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  30.1 
 
 		 2254 aa  48.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23491  hypothetical protein  44.64 
 
 		 480 aa  48.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.425384 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3330  hypothetical protein  34.25 
 
 		 249 aa  47.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.379466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  25.65 
 
 		 991 aa  47.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2643  hypothetical protein  41.07 
 
 		 323 aa  46.6  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.881158  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1155  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  29.13 
 
 		 1949 aa  46.6  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  41.33 
 
 		 268 aa  45.8  0.006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0063  peptidoglycan-binding LysM  37.74 
 
 		 202 aa  45.8  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0180593  normal  0.117773 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  23.37 
 
 		 377 aa  45.4  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3050  fibronectin, type III  31.68 
 
 		 667 aa  45.1  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000157497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>