238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2971 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 		 855 aa  1760    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  46.48 
 
 		 801 aa  130  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  32.56 
 
 		 315 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  44.96 
 
 		 1356 aa  112  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  37.5 
 
 		 630 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  44.19 
 
 		 819 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  44.62 
 
 		 802 aa  110  8.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  43.85 
 
 		 870 aa  108  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  44.96 
 
 		 823 aa  108  6e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  32.89 
 
 		 918 aa  107  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  28.28 
 
 		 384 aa  107  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  41.43 
 
 		 1380 aa  105  3e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  37.18 
 
 		 933 aa  103  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  26.98 
 
 		 393 aa  102  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  43.08 
 
 		 719 aa  102  4e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  32.99 
 
 		 526 aa  101  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  39.46 
 
 		 522 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  39.53 
 
 		 845 aa  100  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  41.18 
 
 		 777 aa  100  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  42.19 
 
 		 1262 aa  99.8  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  39.16 
 
 		 524 aa  99.4  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  36.54 
 
 		 1234 aa  99  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1302  putative beta-xylosidase  23.8 
 
 		 713 aa  99  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  40.77 
 
 		 840 aa  98.6  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  38 
 
 		 786 aa  98.2  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  38.36 
 
 		 1295 aa  96.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  30.91 
 
 		 982 aa  95.1  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  39.53 
 
 		 2554 aa  95.1  5e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  30.5 
 
 		 487 aa  94.7  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  38.46 
 
 		 3295 aa  94  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  35.53 
 
 		 966 aa  93.2  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  31.48 
 
 		 319 aa  92.8  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  37.09 
 
 		 1132 aa  92  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  37.98 
 
 		 1732 aa  91.7  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  37.06 
 
 		 739 aa  91.3  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  40.94 
 
 		 919 aa  91.3  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  36.36 
 
 		 1024 aa  90.5  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  35.43 
 
 		 581 aa  90.5  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  29.77 
 
 		 972 aa  90.5  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  37.24 
 
 		 1799 aa  90.9  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  34.81 
 
 		 930 aa  89.7  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  29.33 
 
 		 325 aa  89  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.05 
 
 		 1321 aa  89  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  30.99 
 
 		 1338 aa  89.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  30.69 
 
 		 1707 aa  87.8  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  36.13 
 
 		 948 aa  87.8  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  45.87 
 
 		 627 aa  87  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  32.67 
 
 		 798 aa  86.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  33.73 
 
 		 500 aa  85.9  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  28.43 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  38.58 
 
 		 954 aa  84.7  0.000000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  39.23 
 
 		 735 aa  84  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  39.55 
 
 		 749 aa  83.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  27.05 
 
 		 644 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  34.08 
 
 		 550 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  33.15 
 
 		 468 aa  82.4  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  32.19 
 
 		 1004 aa  81.3  0.00000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  30.03 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0359  glycoside hydrolase family protein  27.36 
 
 		 506 aa  81.3  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212595 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  26.99 
 
 		 509 aa  80.5  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  27.94 
 
 		 517 aa  79.3  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  30.66 
 
 		 450 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2967  protein of unknown function DUF1680  29.54 
 
 		 838 aa  79.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000186086  hitchhiker  0.000639223 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  27.37 
 
 		 313 aa  79.3  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  37.18 
 
 		 1035 aa  79  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  25.5 
 
 		 340 aa  76.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  27.5 
 
 		 444 aa  75.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  24.91 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0675  Carbohydrate binding family 6  33.56 
 
 		 875 aa  74.7  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.783168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  31.85 
 
 		 1167 aa  74.3  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  27.34 
 
 		 1186 aa  73.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  26.62 
 
 		 533 aa  73.9  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  23.7 
 
 		 498 aa  74.3  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  28.63 
 
 		 319 aa  73.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  27.21 
 
 		 679 aa  73.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  25.28 
 
 		 636 aa  73.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  23.83 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  30.85 
 
 		 348 aa  72  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  27.02 
 
 		 519 aa  71.6  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  28.57 
 
 		 468 aa  71.2  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  24.46 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  25.51 
 
 		 522 aa  70.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  38.78 
 
 		 863 aa  70.5  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  27.94 
 
 		 317 aa  70.1  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  27.02 
 
 		 516 aa  69.7  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  26.23 
 
 		 551 aa  69.7  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  28.25 
 
 		 566 aa  69.3  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  25.29 
 
 		 563 aa  68.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  28.8 
 
 		 535 aa  68.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  26.67 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  25.94 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  20.97 
 
 		 512 aa  67.8  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  32.69 
 
 		 590 aa  67.4  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  24.83 
 
 		 484 aa  67  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  27.19 
 
 		 526 aa  67  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  26.38 
 
 		 302 aa  66.6  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  35.14 
 
 		 726 aa  66.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  25.96 
 
 		 497 aa  66.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  24.66 
 
 		 581 aa  66.2  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  26.56 
 
 		 537 aa  66.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.701147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>