64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2863 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 522 aa  1079    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  35.86 
 
 		 498 aa  270  7e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  32.36 
 
 		 449 aa  225  2e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  38.35 
 
 		 380 aa  224  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  31.63 
 
 		 505 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  40.3 
 
 		 385 aa  199  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  37.43 
 
 		 435 aa  196  8.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  33.85 
 
 		 456 aa  196  9e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  30.96 
 
 		 427 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  34.46 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  34.9 
 
 		 402 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  30.46 
 
 		 504 aa  189  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  33.24 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  34.45 
 
 		 392 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  39.47 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  34.58 
 
 		 436 aa  181  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  37.84 
 
 		 730 aa  169  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  30.8 
 
 		 427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  33.8 
 
 		 317 aa  110  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  31.08 
 
 		 365 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  34.39 
 
 		 991 aa  99  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  37.33 
 
 		 482 aa  99  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  32.97 
 
 		 327 aa  97.8  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  29.91 
 
 		 335 aa  97.4  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  26.88 
 
 		 462 aa  92.4  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  33.33 
 
 		 368 aa  91.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  32.56 
 
 		 922 aa  90.9  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  33.9 
 
 		 326 aa  86.3  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  30.85 
 
 		 527 aa  85.9  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  29.6 
 
 		 486 aa  83.2  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  30.56 
 
 		 327 aa  82.8  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  28.88 
 
 		 1316 aa  74.7  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  28.96 
 
 		 365 aa  74.3  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  30.09 
 
 		 594 aa  73.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  28.08 
 
 		 375 aa  72.4  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  29.1 
 
 		 769 aa  72  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  28.34 
 
 		 512 aa  71.2  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  27.36 
 
 		 351 aa  70.1  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0280  AAA ATPase family protein  30.27 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.582677  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  26.09 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  27.59 
 
 		 314 aa  67  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  32.81 
 
 		 919 aa  66.6  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  29.83 
 
 		 794 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  29.83 
 
 		 474 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  28.51 
 
 		 554 aa  65.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  27.59 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  30.94 
 
 		 1409 aa  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  28.42 
 
 		 686 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  29.14 
 
 		 374 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  29.33 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  29.14 
 
 		 374 aa  58.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  29.8 
 
 		 375 aa  56.2  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3306  Pectate lyase/Amb allergen  29.41 
 
 		 305 aa  55.1  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  29.71 
 
 		 374 aa  54.3  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  26.83 
 
 		 374 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  26.22 
 
 		 374 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  28.48 
 
 		 375 aa  52.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  29.11 
 
 		 374 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  30.97 
 
 		 375 aa  50.4  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7394  Pectate lyase/Amb allergen  23.47 
 
 		 398 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0906839  normal  0.447007 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  40 
 
 		 143 aa  49.3  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3519  hypothetical protein  30.86 
 
 		 446 aa  47.4  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02331  Pectin lyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU6]  29.12 
 
 		 392 aa  43.9  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.37768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  25.96 
 
 		 314 aa  43.5  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>