98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0079 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  100 
 
 
750 aa  1494    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  56.75 
 
 
576 aa  364  4e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  51.05 
 
 
653 aa  363  6e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  54.14 
 
 
540 aa  353  5e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  47.28 
 
 
616 aa  328  3e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  50.78 
 
 
1409 aa  312  2e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  53.09 
 
 
922 aa  279  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  37.34 
 
 
1431 aa  229  2e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  35.36 
 
 
489 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  37.69 
 
 
744 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  36.53 
 
 
734 aa  213  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  36.88 
 
 
744 aa  211  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  39.25 
 
 
907 aa  203  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  38.87 
 
 
742 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  35.2 
 
 
734 aa  200  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  37.59 
 
 
733 aa  183  9.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  36.69 
 
 
426 aa  183  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  36.89 
 
 
338 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  35.54 
 
 
425 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  34.67 
 
 
700 aa  174  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  33.96 
 
 
410 aa  147  5e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  32.59 
 
 
437 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  32.88 
 
 
437 aa  144  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  31.29 
 
 
458 aa  140  7e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  31.56 
 
 
439 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  32.11 
 
 
439 aa  132  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  33.14 
 
 
415 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  30.96 
 
 
547 aa  114  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  29.23 
 
 
491 aa  107  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  43.18 
 
 
1316 aa  99.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  38.52 
 
 
789 aa  98.2  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  44.27 
 
 
700 aa  94.4  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
694 aa  93.6  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  38.24 
 
 
769 aa  85.5  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  41.27 
 
 
511 aa  81.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  36.15 
 
 
772 aa  70.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  31.41 
 
 
649 aa  68.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  35.71 
 
 
820 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1621  hypothetical protein  43.24 
 
 
446 aa  66.2  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.967511  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  38.18 
 
 
554 aa  64.3  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  32.43 
 
 
831 aa  64.3  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1367  cell wall/surface repeat-containing protein  33.07 
 
 
432 aa  63.9  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  32.48 
 
 
914 aa  63.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  39.6 
 
 
847 aa  59.3  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1449  hypothetical protein  44.83 
 
 
1027 aa  58.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415976  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.09 
 
 
809 aa  58.2  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3364  hypothetical protein  27.5 
 
 
565 aa  57.8  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.752802  normal  0.0803791 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  29.56 
 
 
957 aa  57.4  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1503  cell wall/surface repeat protein  44.59 
 
 
446 aa  57  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4507  hypothetical protein  31.46 
 
 
1010 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293914  normal  0.98839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  27.96 
 
 
726 aa  56.2  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  31.97 
 
 
401 aa  55.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  30 
 
 
747 aa  55.1  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  28.29 
 
 
1132 aa  53.9  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  28.43 
 
 
884 aa  51.6  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  32.05 
 
 
748 aa  51.2  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  36.47 
 
 
919 aa  50.8  0.00008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00565  pectate lyase L  29.12 
 
 
217 aa  50.8  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  33.04 
 
 
951 aa  50.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4627  hypothetical protein  32.61 
 
 
608 aa  50.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.254365  normal  0.63618 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0160  hypothetical protein  36.9 
 
 
600 aa  50.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  40.57 
 
 
1207 aa  49.7  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2715  fibronectin type III domain-containing protein  49.02 
 
 
864 aa  49.3  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1237  hypothetical protein  35.29 
 
 
689 aa  48.9  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.157954 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0938  hypothetical protein  33.33 
 
 
1969 aa  48.9  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4296  carbohydrate-binding family 6 protein  37.37 
 
 
767 aa  49.3  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2876  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.25 
 
 
512 aa  48.5  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.794955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2712  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  38.36 
 
 
2156 aa  48.5  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3704  PA14 domain protein  28.92 
 
 
2334 aa  48.5  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.205023 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1150  hypothetical protein  30.26 
 
 
1162 aa  48.5  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1457  hypothetical protein  48.1 
 
 
940 aa  48.1  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000415379  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  31.13 
 
 
1295 aa  48.1  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  29.41 
 
 
541 aa  47.8  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4923  hypothetical protein  30.43 
 
 
178 aa  47.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.366855 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  34.78 
 
 
1380 aa  46.6  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1454  Cna B domain protein  35.05 
 
 
4881 aa  46.6  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3722  hypothetical protein  38.3 
 
 
1390 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645287  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  27.71 
 
 
492 aa  45.8  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2442  hypothetical protein  26.52 
 
 
516 aa  45.8  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1217  metalloprotease, putative  38.37 
 
 
839 aa  45.8  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000727805  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01750  hypothetical protein  29.36 
 
 
669 aa  45.8  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0110  glycoside hydrolase family 31  29.25 
 
 
1128 aa  45.8  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  25 
 
 
574 aa  45.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1882  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.75 
 
 
428 aa  45.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.640976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  29.54 
 
 
1016 aa  45.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0376  hypothetical protein  33.79 
 
 
870 aa  45.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  27.88 
 
 
1167 aa  45.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2357  S-layer domain-containing protein  31.25 
 
 
1081 aa  45.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0251259  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3077  hypothetical protein  26.88 
 
 
673 aa  45.1  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  29.17 
 
 
853 aa  44.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  29.32 
 
 
982 aa  44.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  34.04 
 
 
819 aa  44.7  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2394  hypothetical protein  30.77 
 
 
520 aa  44.3  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.201637  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1978  N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase  47.95 
 
 
797 aa  44.3  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.752482 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2850  hypothetical protein  24.22 
 
 
665 aa  44.3  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4388  hypothetical protein  29.49 
 
 
373 aa  44.3  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.420065  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2023  peptidase M12B ADAM/reprolysin  24.39 
 
 
1061 aa  44.3  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0538769  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0662  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.28 
 
 
500 aa  43.9  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000522571  normal  0.950756 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>