152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3750 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  100 
 
 
319 aa  645    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  70.21 
 
 
334 aa  421  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  57.72 
 
 
331 aa  342  5e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  46.96 
 
 
315 aa  248  8e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  43.58 
 
 
343 aa  238  1e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  47.39 
 
 
472 aa  232  5e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42.99 
 
 
327 aa  230  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.47 
 
 
341 aa  224  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.92 
 
 
355 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.62 
 
 
355 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.62 
 
 
356 aa  208  9e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  39.13 
 
 
357 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.49 
 
 
352 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  37.87 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  40.54 
 
 
598 aa  189  5.999999999999999e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  41.69 
 
 
491 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  36.76 
 
 
366 aa  182  9.000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.12 
 
 
379 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  39.08 
 
 
380 aa  174  9.999999999999999e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  34.44 
 
 
472 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  36.69 
 
 
320 aa  144  3e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  37.81 
 
 
537 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  30.09 
 
 
400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  34.06 
 
 
480 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  29.94 
 
 
386 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  31.37 
 
 
699 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  29.01 
 
 
456 aa  104  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  31.46 
 
 
341 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  27.97 
 
 
789 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  32.56 
 
 
357 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  32.59 
 
 
510 aa  102  9e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  34.01 
 
 
503 aa  100  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  29.85 
 
 
1121 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  29.02 
 
 
524 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  29.55 
 
 
1121 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  28.66 
 
 
1121 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  30.88 
 
 
1112 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  30.28 
 
 
345 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  27.03 
 
 
471 aa  90.9  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  27.11 
 
 
501 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  29.55 
 
 
703 aa  89.4  8e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  32.97 
 
 
488 aa  88.6  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  28.75 
 
 
522 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  26.64 
 
 
475 aa  88.2  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 
476 aa  88.2  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  26.43 
 
 
707 aa  87  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  26.64 
 
 
471 aa  86.3  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  26.69 
 
 
804 aa  85.1  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  30.04 
 
 
494 aa  82.4  0.000000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  30.33 
 
 
829 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  26.97 
 
 
495 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  27.72 
 
 
810 aa  79.3  0.00000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  27.16 
 
 
345 aa  77  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  27.67 
 
 
550 aa  72  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  26.69 
 
 
525 aa  70.9  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.74 
 
 
488 aa  70.1  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  24.4 
 
 
497 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  25.52 
 
 
532 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  28.57 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  27.16 
 
 
563 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  25.82 
 
 
334 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.56 
 
 
562 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  27.01 
 
 
536 aa  63.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  26 
 
 
531 aa  63.2  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  26.84 
 
 
540 aa  61.6  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.2 
 
 
541 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  24.32 
 
 
526 aa  61.6  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  25.61 
 
 
581 aa  61.6  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  27.03 
 
 
487 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  23.55 
 
 
1143 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  23.74 
 
 
472 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  28.57 
 
 
560 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  25.34 
 
 
517 aa  60.8  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  26.64 
 
 
523 aa  60.1  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  27.92 
 
 
541 aa  59.7  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  24.59 
 
 
492 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  25.61 
 
 
532 aa  59.3  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  25.6 
 
 
497 aa  59.3  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  30.06 
 
 
537 aa  59.3  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  26.05 
 
 
306 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  24.81 
 
 
512 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.67 
 
 
537 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  30.77 
 
 
537 aa  57.4  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.71 
 
 
515 aa  57.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  27.71 
 
 
551 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  24.37 
 
 
848 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  25.43 
 
 
519 aa  56.6  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.46 
 
 
559 aa  56.6  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  23.99 
 
 
325 aa  55.8  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  26.7 
 
 
1174 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  38.64 
 
 
326 aa  54.7  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0353  Alpha-N-arabinofuranosidase  23.38 
 
 
340 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.478586  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.07 
 
 
537 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  24.89 
 
 
545 aa  54.3  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  23.69 
 
 
484 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  25.44 
 
 
535 aa  53.9  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  23.18 
 
 
636 aa  53.5  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  28.27 
 
 
522 aa  53.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.89 
 
 
540 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  37.93 
 
 
367 aa  53.1  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>