141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_21180 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  100 
 
 
526 aa  1037    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  51.29 
 
 
492 aa  445  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  50.91 
 
 
484 aa  426  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  46.77 
 
 
497 aa  416  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  46.59 
 
 
586 aa  406  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  48.35 
 
 
451 aa  406  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  49.32 
 
 
488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  43.02 
 
 
497 aa  331  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  42.05 
 
 
517 aa  322  9.000000000000001e-87  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  40.94 
 
 
496 aa  300  6e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  36.06 
 
 
519 aa  272  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.36 
 
 
538 aa  261  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  34.26 
 
 
516 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  32.87 
 
 
498 aa  240  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  35.6 
 
 
563 aa  239  6.999999999999999e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  36.98 
 
 
512 aa  238  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  31.84 
 
 
566 aa  229  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  44.26 
 
 
515 aa  219  7.999999999999999e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.03 
 
 
558 aa  218  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  41.67 
 
 
556 aa  217  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  35.24 
 
 
581 aa  212  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  29.96 
 
 
571 aa  209  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  31.95 
 
 
577 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08477  xylosidase : arabinofuranosidase (AFU_orthologue; AFUA_2G13190)  41.58 
 
 
546 aa  203  6e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  39.66 
 
 
546 aa  194  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.05 
 
 
539 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  36.05 
 
 
512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.31 
 
 
536 aa  191  4e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  41.61 
 
 
542 aa  191  4e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  31.71 
 
 
523 aa  189  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  33.96 
 
 
550 aa  189  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  38.93 
 
 
532 aa  182  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  37.06 
 
 
514 aa  180  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  39.27 
 
 
546 aa  179  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1878  beta-xylosidase  33.91 
 
 
539 aa  174  5e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.26 
 
 
541 aa  172  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  36.51 
 
 
541 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  38.68 
 
 
540 aa  168  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.58 
 
 
547 aa  168  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.59 
 
 
537 aa  163  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06751  glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06110)  36.89 
 
 
591 aa  163  8.000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.326162 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.69 
 
 
559 aa  160  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  27.46 
 
 
553 aa  158  2e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  26.45 
 
 
552 aa  159  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  32.87 
 
 
636 aa  159  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  37.25 
 
 
537 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  30.57 
 
 
537 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  32.01 
 
 
547 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  33.11 
 
 
572 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2504  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.32 
 
 
558 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.98 
 
 
540 aa  126  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1879  beta-xylosidase  26.58 
 
 
590 aa  123  8e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  26.28 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.59 
 
 
562 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  34.1 
 
 
511 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  31.19 
 
 
545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  29.35 
 
 
536 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  29.35 
 
 
522 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  29.17 
 
 
534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  28.99 
 
 
522 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  31.53 
 
 
504 aa  117  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  29.37 
 
 
522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  31.75 
 
 
537 aa  113  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  28.15 
 
 
1338 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03261  xylosidase  32.11 
 
 
365 aa  111  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.687612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  28.19 
 
 
551 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  27.61 
 
 
560 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  28.68 
 
 
527 aa  106  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  28.38 
 
 
543 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  28.3 
 
 
525 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  28.44 
 
 
665 aa  104  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  30.9 
 
 
518 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  27.85 
 
 
532 aa  95.9  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  23.98 
 
 
518 aa  93.6  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  29.21 
 
 
1195 aa  90.9  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01043  conserved hypothetical protein  41.6 
 
 
343 aa  89.4  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1420  glycoside hydrolase family 43  25.73 
 
 
530 aa  88.6  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.394008  normal  0.931127 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2108  glycoside hydrolase family 43  27.08 
 
 
650 aa  88.6  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000141623  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  27.1 
 
 
1474 aa  86.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  27.93 
 
 
521 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  27.67 
 
 
691 aa  79  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  30.1 
 
 
304 aa  76.6  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  23.63 
 
 
746 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1068  glycoside hydrolase family 43  24.47 
 
 
797 aa  74.3  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000256501  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  24.51 
 
 
1585 aa  73.2  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3302  glycoside hydrolase family 43  25.99 
 
 
532 aa  71.6  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00567592  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07275  xylosidase/glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00930)  25.31 
 
 
503 aa  70.9  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000188631  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  23.2 
 
 
522 aa  70.5  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  25.42 
 
 
508 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  22.91 
 
 
501 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1661  endo-1,4-beta-xylanase/Beta-xylosidase  30.43 
 
 
901 aa  68.6  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  22.99 
 
 
495 aa  67  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  27.89 
 
 
345 aa  67  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  27.19 
 
 
855 aa  67  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  26.86 
 
 
699 aa  65.9  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 
315 aa  64.3  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3109  glycoside hydrolase family protein  27.05 
 
 
348 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.158232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  23.26 
 
 
524 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  25.68 
 
 
319 aa  61.6  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  24.63 
 
 
829 aa  61.6  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>