161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4284 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  100 
 
 
327 aa  682    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  56.58 
 
 
341 aa  378  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  52.94 
 
 
355 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  53.56 
 
 
355 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  53.56 
 
 
356 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  53.61 
 
 
352 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  51.16 
 
 
346 aa  350  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  53.16 
 
 
357 aa  349  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  47.4 
 
 
315 aa  282  6.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  44.22 
 
 
319 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  43.67 
 
 
343 aa  226  4e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  40.46 
 
 
331 aa  209  7e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  37.18 
 
 
598 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  38.53 
 
 
491 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  40.66 
 
 
472 aa  198  9e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  37.31 
 
 
366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42 
 
 
334 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  37.46 
 
 
379 aa  182  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  36.42 
 
 
472 aa  159  9e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  34.26 
 
 
341 aa  149  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  34.45 
 
 
537 aa  139  7.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  32.71 
 
 
699 aa  138  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  33.55 
 
 
380 aa  137  2e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  33.23 
 
 
357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  32.92 
 
 
510 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  33.33 
 
 
320 aa  123  5e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  28.28 
 
 
400 aa  120  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  27.84 
 
 
386 aa  116  6e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  30.41 
 
 
501 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  29.9 
 
 
480 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  29.57 
 
 
471 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  31.13 
 
 
503 aa  108  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  29.94 
 
 
522 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  29.26 
 
 
524 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  29.39 
 
 
345 aa  105  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  28.48 
 
 
471 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  30.42 
 
 
475 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  31.88 
 
 
476 aa  97.4  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  27.07 
 
 
829 aa  94.7  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  29.74 
 
 
1112 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  30.8 
 
 
1121 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  25.84 
 
 
848 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  27.78 
 
 
789 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  31.34 
 
 
1121 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  30.53 
 
 
1121 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  27.57 
 
 
581 aa  85.1  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  27.99 
 
 
810 aa  81.6  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  26.15 
 
 
495 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  28.73 
 
 
804 aa  79.7  0.00000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  25.46 
 
 
456 aa  78.2  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  30.8 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  28.31 
 
 
494 aa  76.3  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  25.94 
 
 
531 aa  75.1  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  27.47 
 
 
707 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  24.6 
 
 
547 aa  72.8  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  28 
 
 
703 aa  72.8  0.000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  26.33 
 
 
1143 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  25.08 
 
 
537 aa  69.3  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  24.86 
 
 
532 aa  69.3  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  25.45 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  28.41 
 
 
746 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  26.14 
 
 
1174 aa  67  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2371  glycoside hydrolase family 43  24.29 
 
 
293 aa  67  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3932  glycoside hydrolase family 43  28.06 
 
 
456 aa  65.9  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  22.33 
 
 
545 aa  65.5  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  26.27 
 
 
337 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  23.89 
 
 
319 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  25.33 
 
 
537 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3393  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.02 
 
 
350 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.179766 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2654  glycoside hydrolase family 43  24.12 
 
 
299 aa  63.5  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.435311  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  25.71 
 
 
497 aa  63.2  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  26.79 
 
 
512 aa  62.8  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  24.57 
 
 
306 aa  62  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  25.08 
 
 
345 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  22.78 
 
 
511 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2698  glycoside hydrolase family 43  25.6 
 
 
369 aa  60.1  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.898004  normal  0.338928 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  25.73 
 
 
562 aa  59.3  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  23.67 
 
 
534 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  22.58 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  25.23 
 
 
315 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  26.77 
 
 
563 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  23.28 
 
 
572 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  23.84 
 
 
334 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  25.99 
 
 
543 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  27.92 
 
 
444 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.16 
 
 
559 aa  56.6  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.71 
 
 
546 aa  56.6  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.05 
 
 
540 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  22.62 
 
 
487 aa  56.2  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  24.29 
 
 
519 aa  56.2  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  24.92 
 
 
315 aa  55.8  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  22.62 
 
 
536 aa  55.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  24.28 
 
 
523 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  23.74 
 
 
505 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  24.85 
 
 
315 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  24.82 
 
 
348 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  23.13 
 
 
522 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  22.3 
 
 
535 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  21.84 
 
 
315 aa  53.9  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  25.82 
 
 
560 aa  53.5  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>