139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3569 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 
484 aa  959    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  64.89 
 
 
497 aa  607  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  53.24 
 
 
488 aa  434  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  51.11 
 
 
526 aa  419  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  47.15 
 
 
492 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  46.83 
 
 
451 aa  361  2e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  42.3 
 
 
586 aa  351  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  42.97 
 
 
517 aa  349  5e-95  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  43.23 
 
 
497 aa  334  2e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  42.91 
 
 
512 aa  333  4e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  38.27 
 
 
519 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  38.81 
 
 
516 aa  321  1.9999999999999998e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  44.06 
 
 
496 aa  315  1.9999999999999998e-84  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  42.29 
 
 
515 aa  294  3e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.13 
 
 
538 aa  288  2e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  37.62 
 
 
563 aa  282  8.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  37.76 
 
 
577 aa  273  4.0000000000000004e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  35.32 
 
 
498 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  33.98 
 
 
566 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  36.5 
 
 
581 aa  256  5e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  34.53 
 
 
546 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.27 
 
 
558 aa  249  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  34.74 
 
 
556 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  44.12 
 
 
542 aa  243  7.999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08477  xylosidase : arabinofuranosidase (AFU_orthologue; AFUA_2G13190)  34.42 
 
 
546 aa  231  3e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  35.68 
 
 
512 aa  229  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  31.15 
 
 
571 aa  219  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  38.84 
 
 
523 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  33.84 
 
 
532 aa  213  5.999999999999999e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.6 
 
 
546 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  36.69 
 
 
550 aa  207  5e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  35.96 
 
 
514 aa  206  7e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.42 
 
 
536 aa  205  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.67 
 
 
539 aa  203  6e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  30.97 
 
 
636 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.84 
 
 
547 aa  202  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  31.26 
 
 
540 aa  188  2e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  35.19 
 
 
541 aa  184  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1878  beta-xylosidase  34.42 
 
 
539 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.08 
 
 
541 aa  180  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.15 
 
 
537 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.74 
 
 
559 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.93 
 
 
537 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  31.14 
 
 
537 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2504  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.91 
 
 
558 aa  167  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  26.83 
 
 
553 aa  166  8e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06751  glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06110)  35.17 
 
 
591 aa  163  8.000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.326162 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  29.78 
 
 
547 aa  157  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1879  beta-xylosidase  29.05 
 
 
590 aa  152  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  29.32 
 
 
535 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  36.52 
 
 
511 aa  146  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.59 
 
 
540 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  24.68 
 
 
552 aa  145  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  31.62 
 
 
534 aa  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  30.95 
 
 
537 aa  141  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  29.6 
 
 
545 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.36 
 
 
562 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  29.38 
 
 
527 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  28.25 
 
 
572 aa  130  8.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  27.69 
 
 
1338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  30.93 
 
 
522 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  30.31 
 
 
522 aa  127  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  29.79 
 
 
1195 aa  126  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  29.1 
 
 
543 aa  119  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  29.14 
 
 
1474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  30.77 
 
 
525 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  29.13 
 
 
522 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  28.78 
 
 
665 aa  118  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  27.43 
 
 
551 aa  117  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  26.14 
 
 
536 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  28.92 
 
 
560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  30.55 
 
 
504 aa  113  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  28.9 
 
 
521 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  24.24 
 
 
532 aa  111  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03261  xylosidase  30.91 
 
 
365 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.687612  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  23.83 
 
 
746 aa  104  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2108  glycoside hydrolase family 43  26.48 
 
 
650 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000141623  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  25.25 
 
 
472 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01043  conserved hypothetical protein  46.36 
 
 
343 aa  94.7  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1068  glycoside hydrolase family 43  28.61 
 
 
797 aa  94  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000256501  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  24.68 
 
 
518 aa  91.3  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  28.72 
 
 
518 aa  90.5  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1420  glycoside hydrolase family 43  26.62 
 
 
530 aa  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.394008  normal  0.931127 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  27.09 
 
 
508 aa  89.4  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  29.15 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1661  endo-1,4-beta-xylanase/Beta-xylosidase  26 
 
 
901 aa  83.6  0.000000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  27.83 
 
 
699 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1257  glycoside hydrolase family 43  23.31 
 
 
500 aa  82  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  22.27 
 
 
501 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  29.22 
 
 
304 aa  77.8  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.24 
 
 
495 aa  77  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  22.87 
 
 
522 aa  74.3  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  25.76 
 
 
691 aa  73.2  0.000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  25.32 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  24.83 
 
 
855 aa  67  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3302  glycoside hydrolase family 43  24.7 
 
 
532 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00567592  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.68 
 
 
352 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07275  xylosidase/glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00930)  23.28 
 
 
503 aa  63.5  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000188631  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.28 
 
 
355 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.28 
 
 
356 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>