89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_04520 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  100 
 
 
491 aa  973    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  54.83 
 
 
598 aa  427  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  47.58 
 
 
366 aa  266  7e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  49.84 
 
 
343 aa  249  7e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  45.78 
 
 
315 aa  228  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  43.12 
 
 
357 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  40.24 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  40 
 
 
355 aa  220  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  39.94 
 
 
356 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  40.62 
 
 
341 aa  215  1.9999999999999998e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  40.62 
 
 
352 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.53 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  35.71 
 
 
346 aa  186  9e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.69 
 
 
319 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  37.66 
 
 
331 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.26 
 
 
472 aa  171  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  46.67 
 
 
334 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  37.5 
 
 
379 aa  161  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  34.12 
 
 
472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  32.03 
 
 
400 aa  134  5e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  34.69 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  32.6 
 
 
699 aa  124  4e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  34.18 
 
 
320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  29.59 
 
 
357 aa  121  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  30.52 
 
 
480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  30.49 
 
 
386 aa  119  9e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  34.62 
 
 
537 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  34.87 
 
 
503 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  30.12 
 
 
341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  30.19 
 
 
829 aa  109  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  31.81 
 
 
510 aa  108  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  30.57 
 
 
471 aa  97.4  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  30.27 
 
 
475 aa  93.6  6e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  29.38 
 
 
456 aa  93.2  9e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  30.56 
 
 
501 aa  92.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  30.95 
 
 
476 aa  91.3  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  33.46 
 
 
494 aa  90.5  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  29.3 
 
 
471 aa  88.6  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  28.09 
 
 
1112 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  25.64 
 
 
1121 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 
1121 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  32.31 
 
 
703 aa  84  0.000000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  29.58 
 
 
524 aa  83.2  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  25.07 
 
 
1121 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  29.47 
 
 
810 aa  81.6  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  30.53 
 
 
804 aa  81.6  0.00000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  27.01 
 
 
345 aa  78.2  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  28.57 
 
 
707 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  32.79 
 
 
789 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  27.56 
 
 
581 aa  75.1  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  35.6 
 
 
488 aa  73.9  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  32.54 
 
 
1174 aa  68.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  27.27 
 
 
522 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  39.67 
 
 
848 aa  66.6  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.59 
 
 
562 aa  61.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  26.64 
 
 
1143 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  33.33 
 
 
531 aa  59.3  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  26.88 
 
 
345 aa  59.7  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  24 
 
 
495 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  26.36 
 
 
306 aa  56.6  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  26.8 
 
 
334 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  24.59 
 
 
472 aa  53.9  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2698  glycoside hydrolase family 43  28.12 
 
 
369 aa  53.9  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.898004  normal  0.338928 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  27.97 
 
 
337 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  27.13 
 
 
304 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  23.66 
 
 
536 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  26.05 
 
 
310 aa  50.8  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3031  glycoside hydrolase family 9  37.5 
 
 
1105 aa  50.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  24.36 
 
 
550 aa  50.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  25.3 
 
 
560 aa  49.7  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  22.64 
 
 
525 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  25.52 
 
 
527 aa  49.7  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  25.31 
 
 
572 aa  47.8  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2988  Htaa domain protein  39.66 
 
 
994 aa  47.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.360944  normal  0.268871 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  24.54 
 
 
543 aa  47.4  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  25.56 
 
 
348 aa  47.4  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  28.4 
 
 
511 aa  47  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  25.2 
 
 
551 aa  47  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  31.19 
 
 
552 aa  47  0.0009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2822  Glycosyl hydrolase family 32 domain-containing protein  30.46 
 
 
673 aa  46.6  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  25.93 
 
 
512 aa  45.8  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  28.16 
 
 
517 aa  45.8  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2151  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.32 
 
 
392 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923723  normal  0.103273 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  25.43 
 
 
484 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  28.39 
 
 
384 aa  44.3  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  24.86 
 
 
324 aa  44.3  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  22.59 
 
 
315 aa  44.3  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  23.05 
 
 
492 aa  43.9  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  25.75 
 
 
340 aa  43.5  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>