175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3403 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 
357 aa  735    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  61.35 
 
 
341 aa  432  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  38.41 
 
 
510 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  39.44 
 
 
537 aa  210  3e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  37.54 
 
 
699 aa  206  4e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  37.42 
 
 
503 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  29.89 
 
 
829 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  31.94 
 
 
345 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  33.23 
 
 
327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.29 
 
 
355 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.64 
 
 
356 aa  133  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.29 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  31.69 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  33.01 
 
 
501 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  31.49 
 
 
357 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  30.81 
 
 
472 aa  125  9e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  29.78 
 
 
524 aa  124  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  31.19 
 
 
304 aa  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  30.84 
 
 
346 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  30.45 
 
 
340 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  30.27 
 
 
491 aa  119  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  30.27 
 
 
341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  31.63 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  28.29 
 
 
522 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  30.23 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  30.06 
 
 
331 aa  110  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  29.2 
 
 
598 aa  109  7.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  28.95 
 
 
345 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.56 
 
 
319 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  26.72 
 
 
1121 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.9 
 
 
379 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  25.98 
 
 
1121 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  26.94 
 
 
1121 aa  99.4  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  29.66 
 
 
306 aa  98.6  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  25.37 
 
 
1112 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  27.22 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.58 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  29.34 
 
 
480 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  27.54 
 
 
456 aa  90.1  5e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  26.11 
 
 
707 aa  89.4  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  28.53 
 
 
366 aa  89  1e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  28.83 
 
 
472 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  28.74 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.92 
 
 
472 aa  87  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  25.3 
 
 
310 aa  85.5  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  25.39 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  28.15 
 
 
804 aa  82.8  0.000000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  25.94 
 
 
532 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  27.27 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  27.25 
 
 
810 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  32.37 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.93 
 
 
495 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  27.43 
 
 
487 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  25.82 
 
 
789 aa  79.7  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  28.04 
 
 
400 aa  79.3  0.00000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  25.88 
 
 
536 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4281  glycoside hydrolase family protein  27.65 
 
 
304 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.394059  normal  0.201547 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  26.55 
 
 
550 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  26.22 
 
 
475 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  25.86 
 
 
703 aa  77  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  23.72 
 
 
494 aa  76.6  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.32 
 
 
562 aa  76.6  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  26.13 
 
 
572 aa  76.3  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  24.92 
 
 
512 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  26.9 
 
 
560 aa  73.6  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 
1143 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2698  glycoside hydrolase family 43  26.43 
 
 
369 aa  72.8  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.898004  normal  0.338928 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 
471 aa  72  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  24.05 
 
 
517 aa  72  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  27.4 
 
 
476 aa  71.6  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  24.64 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  29.13 
 
 
644 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1068  glycoside hydrolase family 43  26.8 
 
 
797 aa  70.1  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000256501  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 
471 aa  70.1  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  26.04 
 
 
551 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  25.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  24.09 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  24.93 
 
 
1174 aa  67.4  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  24.85 
 
 
636 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  25.23 
 
 
527 aa  65.1  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  23.89 
 
 
543 aa  63.9  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  25.3 
 
 
525 aa  63.2  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  28.17 
 
 
547 aa  62.8  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  23.62 
 
 
323 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.29 
 
 
540 aa  62  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  23.24 
 
 
537 aa  62  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  26.32 
 
 
319 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1115  family 43 glycoside hydrolase  22.52 
 
 
338 aa  60.8  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  24.85 
 
 
532 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  23.36 
 
 
512 aa  60.5  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  27.52 
 
 
319 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  28.15 
 
 
325 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  23.82 
 
 
535 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  25.65 
 
 
315 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  27.12 
 
 
509 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  26.14 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  21.84 
 
 
522 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  25.32 
 
 
315 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  23.55 
 
 
497 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  24.12 
 
 
330 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>