More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2196 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  69.4 
 
 		 524 aa  780    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  100 
 
 		 533 aa  1101    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  61.7 
 
 		 509 aa  670    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  65.2 
 
 		 618 aa  595  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  63.34 
 
 		 464 aa  579  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  62.63 
 
 		 383 aa  479  1e-134  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  42.93 
 
 		 535 aa  394  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  46.7 
 
 		 679 aa  363  3e-99  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  50 
 
 		 401 aa  354  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  40.6 
 
 		 1186 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  45.92 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  45.62 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  45.02 
 
 		 315 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  63.41 
 
 		 501 aa  262  1e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  44.98 
 
 		 311 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  44.68 
 
 		 311 aa  257  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  58.96 
 
 		 965 aa  256  5e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  62.07 
 
 		 928 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  43.56 
 
 		 317 aa  253  6e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  45.57 
 
 		 348 aa  248  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  35.1 
 
 		 450 aa  248  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  41.12 
 
 		 302 aa  243  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  41.98 
 
 		 468 aa  238  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  33.53 
 
 		 712 aa  226  9e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.33 
 
 		 444 aa  209  7e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  45.67 
 
 		 490 aa  208  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  52.97 
 
 		 604 aa  207  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  44.53 
 
 		 1122 aa  206  7e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  49.09 
 
 		 1015 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  33.82 
 
 		 1338 aa  204  3e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  50.25 
 
 		 951 aa  199  9e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1234  Carbohydrate binding family 6  49.51 
 
 		 536 aa  195  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.115461  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1240  Carbohydrate binding family 6  47.47 
 
 		 780 aa  194  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000268081  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  46.61 
 
 		 746 aa  194  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  36.14 
 
 		 317 aa  193  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  46.23 
 
 		 541 aa  190  5.999999999999999e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1241  Carbohydrate binding family 6  50.49 
 
 		 1164 aa  189  7e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  42.31 
 
 		 683 aa  189  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  47.44 
 
 		 629 aa  179  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  37.26 
 
 		 527 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  44.64 
 
 		 837 aa  169  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  38.28 
 
 		 487 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.88 
 
 		 316 aa  167  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  34.05 
 
 		 385 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.25 
 
 		 330 aa  158  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.44 
 
 		 383 aa  158  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  32.41 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.49 
 
 		 320 aa  157  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.13 
 
 		 346 aa  157  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.06 
 
 		 346 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.44 
 
 		 367 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  51.06 
 
 		 912 aa  150  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  29.29 
 
 		 667 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  34.56 
 
 		 313 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.78 
 
 		 344 aa  147  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  41.2 
 
 		 630 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  30.09 
 
 		 344 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.55 
 
 		 335 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  32.33 
 
 		 644 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  31.53 
 
 		 323 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  28 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  31.31 
 
 		 324 aa  127  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  28.61 
 
 		 344 aa  126  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  29.91 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1911  carbohydrate-binding family 6 protein  41.78 
 
 		 1290 aa  109  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.374482  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.73 
 
 		 471 aa  98.2  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  25.59 
 
 		 471 aa  97.4  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  34.32 
 
 		 325 aa  93.6  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  39.42 
 
 		 469 aa  92  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4050  carbohydrate-binding family 6 protein  40.31 
 
 		 479 aa  92  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.567483  normal  0.0446183 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  31.42 
 
 		 393 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.29 
 
 		 953 aa  86.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  39.52 
 
 		 630 aa  85.9  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  32.64 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  39.37 
 
 		 470 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1077  Carbohydrate binding family 6  42.11 
 
 		 464 aa  84.7  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  60.94 
 
 		 948 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  37.78 
 
 		 566 aa  83.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.52 
 
 		 945 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2879  cellulosome enzyme, dockerin type I  56.92 
 
 		 511 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.42565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  28.09 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3674  carbohydrate-binding family 6 protein  39.53 
 
 		 479 aa  81.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  31.36 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2811  glycoside hydrolase family protein  44.58 
 
 		 591 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  36 
 
 		 982 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0825  glycoside hydrolase family protein  58.46 
 
 		 649 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0625  glycoside hydrolase family protein  48.1 
 
 		 710 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1398  cellulosome enzyme, dockerin type I  38.6 
 
 		 842 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.461235  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  38.81 
 
 		 1444 aa  77.4  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0920  cellulosome protein dockerin type I  42.16 
 
 		 391 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  36.55 
 
 		 536 aa  76.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  26.02 
 
 		 315 aa  76.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  27.63 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  39.64 
 
 		 900 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2137  cellulosome enzyme, dockerin type I  31.33 
 
 		 790 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0211  glycoside hydrolase family protein  50 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00263756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.95 
 
 		 357 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  26.62 
 
 		 855 aa  73.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  36.8 
 
 		 383 aa  72.8  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0660  glycoside hydrolase family protein  55.93 
 
 		 773 aa  72  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>