179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3213 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  100 
 
 		 464 aa  942    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  72.43 
 
 		 618 aa  646    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  63.34 
 
 		 533 aa  562  1.0000000000000001e-159  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  58.57 
 
 		 524 aa  559  1e-158  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  60.37 
 
 		 383 aa  498  1e-140  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  51.44 
 
 		 509 aa  483  1e-135  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  43.69 
 
 		 401 aa  319  7e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  38.43 
 
 		 535 aa  306  5.0000000000000004e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  37.15 
 
 		 679 aa  292  1e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  36.8 
 
 		 1186 aa  267  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  46.37 
 
 		 348 aa  265  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  41.67 
 
 		 315 aa  253  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  42.15 
 
 		 317 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  41.36 
 
 		 315 aa  252  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  41.36 
 
 		 315 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  40.99 
 
 		 311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  43.64 
 
 		 468 aa  242  9e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  41.25 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  37.42 
 
 		 302 aa  221  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  32.14 
 
 		 450 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  37 
 
 		 317 aa  193  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.04 
 
 		 444 aa  189  8e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  30.74 
 
 		 712 aa  189  1e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  29.88 
 
 		 1338 aa  179  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  38.58 
 
 		 527 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.65 
 
 		 316 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.6 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  55.2 
 
 		 501 aa  156  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  32.18 
 
 		 383 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  30.22 
 
 		 326 aa  153  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.97 
 
 		 320 aa  152  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  51.13 
 
 		 965 aa  150  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.63 
 
 		 367 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.41 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.72 
 
 		 330 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.54 
 
 		 385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.71 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  31.94 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  34.98 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  45.64 
 
 		 490 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  48.97 
 
 		 928 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.43 
 
 		 335 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  46.43 
 
 		 1015 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  33.44 
 
 		 313 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  47.58 
 
 		 951 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1241  Carbohydrate binding family 6  44.12 
 
 		 1164 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  44.03 
 
 		 746 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  47.48 
 
 		 604 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  48.8 
 
 		 1122 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  45.24 
 
 		 629 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  28.93 
 
 		 404 aa  126  8.000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1234  Carbohydrate binding family 6  45.6 
 
 		 536 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.115461  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1240  Carbohydrate binding family 6  45.97 
 
 		 780 aa  123  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000268081  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  26.87 
 
 		 667 aa  123  7e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  29.85 
 
 		 644 aa  122  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  40.91 
 
 		 541 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  44.19 
 
 		 912 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  26.71 
 
 		 330 aa  107  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  26.9 
 
 		 323 aa  101  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1911  carbohydrate-binding family 6 protein  38.24 
 
 		 1290 aa  96.7  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.374482  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  27.36 
 
 		 315 aa  94.7  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  25.08 
 
 		 324 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  28.73 
 
 		 325 aa  87.4  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  35.57 
 
 		 837 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  26.74 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  24.31 
 
 		 471 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  34.1 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  37.17 
 
 		 683 aa  77.8  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  22.91 
 
 		 471 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  32.37 
 
 		 630 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4050  carbohydrate-binding family 6 protein  37.21 
 
 		 479 aa  73.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.567483  normal  0.0446183 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3674  carbohydrate-binding family 6 protein  41.09 
 
 		 479 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  32.54 
 
 		 630 aa  70.9  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  34.81 
 
 		 469 aa  70.9  0.00000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  37.17 
 
 		 801 aa  70.5  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.66 
 
 		 953 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1077  Carbohydrate binding family 6  36.22 
 
 		 464 aa  68.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  35.86 
 
 		 536 aa  67.8  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  24.05 
 
 		 384 aa  67  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  27.71 
 
 		 319 aa  66.6  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  28.33 
 
 		 855 aa  65.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  36.57 
 
 		 1444 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  25.58 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1512  glycoside hydrolase family 43  23.81 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  25.69 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  34.78 
 
 		 610 aa  64.3  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  30.52 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  26.19 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.09 
 
 		 945 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  34.45 
 
 		 470 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  24.02 
 
 		 472 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  35.88 
 
 		 389 aa  62  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  28.02 
 
 		 982 aa  62  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  27.07 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  30.53 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  23.89 
 
 		 495 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  36.13 
 
 		 566 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  33.87 
 
 		 1132 aa  60.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  34.45 
 
 		 541 aa  60.8  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  31.75 
 
 		 1391 aa  60.5  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>