88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3728 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  100 
 
 		 383 aa  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  63.97 
 
 		 385 aa  488  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  60.38 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  53.89 
 
 		 367 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  59.18 
 
 		 346 aa  416  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  59.35 
 
 		 326 aa  414  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  59.94 
 
 		 346 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  56.92 
 
 		 320 aa  393  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  56.78 
 
 		 330 aa  382  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  56.92 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  50.14 
 
 		 404 aa  355  8.999999999999999e-97  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  50.79 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.62 
 
 		 444 aa  189  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  34.9 
 
 		 450 aa  180  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.61 
 
 		 316 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  33.54 
 
 		 468 aa  177  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  36.5 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  30.49 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  35.38 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  31.35 
 
 		 618 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  33.44 
 
 		 533 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  35.38 
 
 		 315 aa  157  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  34.46 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  32.18 
 
 		 464 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  34.85 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  35.38 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  34.12 
 
 		 535 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  32.59 
 
 		 524 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  33.33 
 
 		 1186 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  32.46 
 
 		 679 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  31.33 
 
 		 509 aa  142  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  33.23 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  29.11 
 
 		 383 aa  132  9e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  31.42 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  30.66 
 
 		 712 aa  125  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  30.54 
 
 		 527 aa  125  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  31.38 
 
 		 1338 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  27.6 
 
 		 487 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  29.81 
 
 		 313 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  30.85 
 
 		 401 aa  97.4  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  29.49 
 
 		 667 aa  97.1  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  26.33 
 
 		 330 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  26.07 
 
 		 324 aa  90.1  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  25.45 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  27.46 
 
 		 471 aa  82.8  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  26.79 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  24.91 
 
 		 644 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.04 
 
 		 471 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  23.84 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  24.76 
 
 		 310 aa  66.2  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1115  family 43 glycoside hydrolase  26.17 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  23.49 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.48 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.15 
 
 		 352 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  24.29 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  26.91 
 
 		 337 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.09 
 
 		 345 aa  54.7  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  28.78 
 
 		 345 aa  53.9  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.68 
 
 		 357 aa  53.5  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  26.84 
 
 		 357 aa  52.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  22.65 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  22.65 
 
 		 355 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3932  glycoside hydrolase family 43  27.56 
 
 		 456 aa  51.2  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  25 
 
 		 306 aa  50.8  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  23.89 
 
 		 346 aa  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  21.48 
 
 		 315 aa  49.7  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0359  glycoside hydrolase family protein  24.44 
 
 		 506 aa  49.7  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212595 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1302  putative beta-xylosidase  34.29 
 
 		 713 aa  48.5  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  25.29 
 
 		 325 aa  48.9  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  23.33 
 
 		 512 aa  48.9  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  23.89 
 
 		 789 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  23.57 
 
 		 505 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  22.62 
 
 		 472 aa  47.4  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.67 
 
 		 327 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.81 
 
 		 343 aa  47.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3109  glycoside hydrolase family protein  24.3 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158232 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  27.13 
 
 		 636 aa  46.6  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  25.11 
 
 		 527 aa  46.2  0.0009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  32.14 
 
 		 472 aa  45.8  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3519  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  26.19 
 
 		 640 aa  45.1  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  27.09 
 
 		 315 aa  44.7  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  27.78 
 
 		 348 aa  43.9  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  34.21 
 
 		 572 aa  44.3  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  23.4 
 
 		 551 aa  43.9  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  26.67 
 
 		 319 aa  43.1  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  24.07 
 
 		 519 aa  42.7  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>