126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0216 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  100 
 
 		 630 aa  1294    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  35.79 
 
 		 982 aa  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  33.03 
 
 		 918 aa  141  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  36.45 
 
 		 801 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  45 
 
 		 823 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  46.1 
 
 		 819 aa  117  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  45.33 
 
 		 870 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  38.92 
 
 		 933 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  42.21 
 
 		 524 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  45.45 
 
 		 1262 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  34.5 
 
 		 627 aa  114  5e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  46.1 
 
 		 1356 aa  113  9e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  38.06 
 
 		 855 aa  112  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  29.59 
 
 		 679 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  29.75 
 
 		 1707 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  44.68 
 
 		 719 aa  109  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  43.97 
 
 		 1380 aa  108  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  39.04 
 
 		 1234 aa  108  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  33.33 
 
 		 610 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  36.36 
 
 		 1132 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  41.1 
 
 		 777 aa  106  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  42.95 
 
 		 802 aa  106  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  42.55 
 
 		 845 aa  103  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  28.03 
 
 		 526 aa  103  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  43.84 
 
 		 786 aa  102  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  41.55 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  37.75 
 
 		 550 aa  101  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  35.26 
 
 		 1338 aa  101  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  39.57 
 
 		 919 aa  100  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  28.36 
 
 		 954 aa  100  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  37.33 
 
 		 735 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  41.43 
 
 		 840 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  38.3 
 
 		 1024 aa  99.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  40 
 
 		 739 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  37.58 
 
 		 581 aa  99.4  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  29.37 
 
 		 569 aa  98.6  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  36.54 
 
 		 501 aa  99  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  30.53 
 
 		 1391 aa  97.8  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  39.61 
 
 		 468 aa  97.4  6e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  28.24 
 
 		 673 aa  97.4  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  40.97 
 
 		 1799 aa  97.4  8e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  35.37 
 
 		 930 aa  96.7  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  27.61 
 
 		 1167 aa  95.9  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  35.76 
 
 		 966 aa  95.5  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  29.84 
 
 		 863 aa  94.4  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  37.58 
 
 		 749 aa  94  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  37.86 
 
 		 1004 aa  93.6  9e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0675  Carbohydrate binding family 6  37.74 
 
 		 875 aa  93.6  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.783168 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.33 
 
 		 1321 aa  93.2  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  35.76 
 
 		 500 aa  91.3  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  35.1 
 
 		 928 aa  91.3  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  33.85 
 
 		 972 aa  90.1  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  40.43 
 
 		 1732 aa  90.1  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  40.43 
 
 		 2554 aa  89  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  36.73 
 
 		 948 aa  88.6  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  35.29 
 
 		 951 aa  88.6  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  41.13 
 
 		 3295 aa  87.4  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  36.15 
 
 		 965 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  38.1 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  32.39 
 
 		 798 aa  84.7  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2972  glycoside hydrolase family protein  37.5 
 
 		 683 aa  84  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  32.89 
 
 		 1387 aa  83.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  41.13 
 
 		 509 aa  83.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1241  Carbohydrate binding family 6  37.12 
 
 		 1164 aa  83.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  38.85 
 
 		 1035 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  36.72 
 
 		 1015 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  34 
 
 		 1295 aa  80.1  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  34.21 
 
 		 746 aa  80.1  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1238  Carbohydrate binding family 6  35.11 
 
 		 1122 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000137164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  33.55 
 
 		 541 aa  78.6  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  37.1 
 
 		 524 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  35.96 
 
 		 726 aa  77  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  35.43 
 
 		 912 aa  76.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.24 
 
 		 945 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4050  carbohydrate-binding family 6 protein  33.08 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.567483  normal  0.0446183 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1234  Carbohydrate binding family 6  32.24 
 
 		 536 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.115461  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  35.77 
 
 		 604 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1240  Carbohydrate binding family 6  33.09 
 
 		 780 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000268081  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  38.1 
 
 		 627 aa  73.9  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1963  glycoside hydrolase family protein  34.65 
 
 		 837 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.658538  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  34.96 
 
 		 618 aa  73.6  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  33.6 
 
 		 629 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  39.52 
 
 		 533 aa  71.6  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  32.35 
 
 		 469 aa  71.2  0.00000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  36.07 
 
 		 535 aa  71.2  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  32.54 
 
 		 464 aa  70.9  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  32.81 
 
 		 470 aa  70.5  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  34.26 
 
 		 1091 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3674  carbohydrate-binding family 6 protein  34.62 
 
 		 479 aa  68.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  28.04 
 
 		 877 aa  67.8  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  31.97 
 
 		 541 aa  67.8  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  31.5 
 
 		 1186 aa  66.6  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  34.19 
 
 		 705 aa  63.9  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  34.95 
 
 		 884 aa  63.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  36.19 
 
 		 383 aa  63.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  31.13 
 
 		 630 aa  62  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  30.36 
 
 		 639 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  33.01 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  29.85 
 
 		 566 aa  60.8  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  27.95 
 
 		 590 aa  58.9  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>