150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2929 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  100 
 
 		 673 aa  1378    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  67.03 
 
 		 461 aa  630  1e-179  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  52.87 
 
 		 610 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  43.15 
 
 		 1167 aa  233  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  44.15 
 
 		 1391 aa  209  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  37.3 
 
 		 569 aa  186  9e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  40.78 
 
 		 863 aa  177  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  41.44 
 
 		 877 aa  167  8e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  33.7 
 
 		 918 aa  159  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  38.78 
 
 		 982 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  54.1 
 
 		 726 aa  144  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  44.44 
 
 		 536 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  46.75 
 
 		 389 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  45.86 
 
 		 541 aa  139  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  52.5 
 
 		 1132 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  45.57 
 
 		 705 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  48.48 
 
 		 884 aa  128  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2490  2-isopropylmalate synthase  31.29 
 
 		 566 aa  127  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  48.78 
 
 		 957 aa  125  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3927  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  49.21 
 
 		 465 aa  124  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  28.74 
 
 		 900 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  36.52 
 
 		 1707 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  52.1 
 
 		 639 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.14 
 
 		 1321 aa  122  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0840  glycoside hydrolase family 5  28.96 
 
 		 584 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  29.41 
 
 		 1338 aa  113  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  51.72 
 
 		 383 aa  110  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  43.55 
 
 		 869 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  29.17 
 
 		 526 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.04 
 
 		 945 aa  98.6  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  42.4 
 
 		 933 aa  98.2  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  28.24 
 
 		 630 aa  97.4  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  31.05 
 
 		 550 aa  97.1  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  36.26 
 
 		 1091 aa  95.9  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02670  glycoside hydrolase family 16  43.65 
 
 		 503 aa  96.3  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  42.86 
 
 		 948 aa  95.5  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  46.08 
 
 		 870 aa  95.1  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  46.53 
 
 		 719 aa  95.1  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  45.54 
 
 		 823 aa  94.4  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  45.54 
 
 		 802 aa  94  8e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  46.43 
 
 		 500 aa  93.6  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  38.02 
 
 		 853 aa  93.2  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  43.56 
 
 		 845 aa  93.6  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  44.55 
 
 		 819 aa  92.8  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  29.64 
 
 		 954 aa  91.7  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  44.55 
 
 		 840 aa  91.7  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  43.56 
 
 		 1356 aa  91.7  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  30.63 
 
 		 1262 aa  90.1  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  44.55 
 
 		 1380 aa  89.4  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3202  cellulase  27.22 
 
 		 743 aa  88.2  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000270074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  31.43 
 
 		 1024 aa  86.3  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  39.1 
 
 		 469 aa  86.3  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  25.35 
 
 		 1799 aa  83.2  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4946  Cellulase  26.14 
 
 		 589 aa  82  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0257714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2781  glycoside hydrolase family 5  24.37 
 
 		 681 aa  82  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.183868  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0182  Cellulase  27.41 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  42.57 
 
 		 1732 aa  82  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  38.28 
 
 		 566 aa  81.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1074  glycoside hydrolase family protein  25.14 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  30.05 
 
 		 1234 aa  81.3  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  39.62 
 
 		 786 aa  81.3  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  24.86 
 
 		 621 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  41.58 
 
 		 2554 aa  79.3  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  39.6 
 
 		 777 aa  79  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  41.58 
 
 		 3295 aa  78.2  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  29.35 
 
 		 679 aa  77.8  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  39.53 
 
 		 501 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1099  glycoside hydrolase family 5  26.1 
 
 		 475 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0797  glycoside hydrolase family protein  25.89 
 
 		 814 aa  75.5  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  36 
 
 		 798 aa  74.7  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1560  glycoside hydrolase family protein  24.29 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000321145  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  35.66 
 
 		 470 aa  73.9  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  37.82 
 
 		 1004 aa  73.6  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3335  Cellulase  24.22 
 
 		 578 aa  72.8  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.59527  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  36.13 
 
 		 1444 aa  72.8  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  36.36 
 
 		 801 aa  72  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  33.33 
 
 		 1295 aa  71.6  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4876  Cellulase  25.48 
 
 		 572 aa  70.1  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.168386  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0774  glycoside hydrolase family protein  24.53 
 
 		 502 aa  70.5  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0276  Cellulase  26.14 
 
 		 335 aa  69.3  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.166979  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1237  Carbohydrate binding family 6  35.17 
 
 		 604 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0649618  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1586  Cellulase  26.35 
 
 		 545 aa  69.3  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2197  carbohydrate-binding family 6 protein  37.3 
 
 		 928 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.71663  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  36.19 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  37.6 
 
 		 490 aa  68.2  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  34.29 
 
 		 951 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  32.46 
 
 		 919 aa  67.4  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  26.56 
 
 		 1035 aa  67  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  26.33 
 
 		 930 aa  67  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5006  glycoside hydrolase family 5  27.27 
 
 		 516 aa  67  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1239  Carbohydrate binding family 6  37.3 
 
 		 1015 aa  65.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000298242  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  36.51 
 
 		 965 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  34.82 
 
 		 972 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  37.4 
 
 		 509 aa  65.1  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  33.03 
 
 		 966 aa  64.7  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  36.26 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1175  agarase  29.59 
 
 		 598 aa  63.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000232044  unclonable  0.000000011081 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0670  glycoside hydrolase family 5  23.4 
 
 		 312 aa  63.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  32.35 
 
 		 581 aa  63.9  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  35.71 
 
 		 524 aa  62.4  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>