150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0112 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  100 
 
 		 1024 aa  2103    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  54.74 
 
 		 500 aa  155  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  49.38 
 
 		 550 aa  154  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  52.9 
 
 		 1167 aa  147  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  40.62 
 
 		 1707 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  45.07 
 
 		 948 aa  114  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  34.55 
 
 		 801 aa  111  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  39.66 
 
 		 705 aa  111  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  43.37 
 
 		 823 aa  110  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  42.36 
 
 		 870 aa  108  5e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  40.97 
 
 		 845 aa  107  8e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  46.72 
 
 		 569 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  42.76 
 
 		 802 aa  106  3e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  42.36 
 
 		 1380 aa  105  5e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  32.23 
 
 		 1262 aa  104  9e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  32.99 
 
 		 930 aa  103  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  40.24 
 
 		 819 aa  102  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  40.82 
 
 		 777 aa  102  5e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  38.32 
 
 		 1356 aa  102  5e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  39.16 
 
 		 1234 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  41.67 
 
 		 719 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  38.3 
 
 		 630 aa  99.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  40.85 
 
 		 863 aa  98.6  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  38.55 
 
 		 627 aa  98.2  6e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  38.82 
 
 		 786 aa  98.2  7e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4349  Glycosyl hydrolase family 98 putative carbohydrate binding module  26.89 
 
 		 1236 aa  97.8  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.165187 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  42.19 
 
 		 1799 aa  95.5  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  39.29 
 
 		 954 aa  95.5  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  38.79 
 
 		 840 aa  94.7  8e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  33.17 
 
 		 919 aa  93.6  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  37.75 
 
 		 918 aa  92.4  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  37.41 
 
 		 735 aa  92.4  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  39.58 
 
 		 2554 aa  92  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  37.33 
 
 		 1295 aa  91.7  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  34.81 
 
 		 1132 aa  91.3  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  36.36 
 
 		 855 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  32.6 
 
 		 982 aa  89.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  37.72 
 
 		 581 aa  89.4  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  37.58 
 
 		 933 aa  88.6  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  39.46 
 
 		 522 aa  88.2  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  38.19 
 
 		 739 aa  87.4  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  33.33 
 
 		 1004 aa  86.7  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  43.24 
 
 		 461 aa  87  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  36.81 
 
 		 1732 aa  86.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  33.33 
 
 		 1391 aa  86.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  31.43 
 
 		 673 aa  86.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  38.89 
 
 		 3295 aa  85.9  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02670  glycoside hydrolase family 16  34.53 
 
 		 503 aa  85.9  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  32.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  37.76 
 
 		 468 aa  84.7  0.000000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  41.82 
 
 		 726 aa  84.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  37.5 
 
 		 1035 aa  83.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  27.78 
 
 		 966 aa  82.4  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  23.23 
 
 		 951 aa  82.4  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  35.51 
 
 		 639 aa  81.6  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  35.97 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  35.29 
 
 		 869 aa  82  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  34.48 
 
 		 524 aa  80.9  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  41.28 
 
 		 877 aa  80.9  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  32.95 
 
 		 536 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  36.11 
 
 		 749 aa  79.7  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  36.3 
 
 		 526 aa  77.8  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2680  Glycosyl hydrolase family 98 putative carbohydrate binding module  24.67 
 
 		 1206 aa  77.4  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.117789 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0675  Carbohydrate binding family 6  32.56 
 
 		 875 aa  77  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.783168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0242  Band 7 protein  32.65 
 
 		 681 aa  75.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  36.52 
 
 		 541 aa  75.9  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  34.59 
 
 		 1338 aa  75.1  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  30.94 
 
 		 1091 aa  74.7  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  31.91 
 
 		 1387 aa  74.7  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.96 
 
 		 1321 aa  74.7  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3165  Ricin B lectin  34.03 
 
 		 2031 aa  73.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144153 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  33.96 
 
 		 853 aa  72.4  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  36.67 
 
 		 627 aa  72.4  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  44.19 
 
 		 410 aa  72  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1237  hypothetical protein  22.26 
 
 		 689 aa  71.6  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.157954 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  36.28 
 
 		 884 aa  71.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  37.17 
 
 		 957 aa  70.1  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0233  putative outer membrane protein  38.71 
 
 		 638 aa  70.1  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.317467  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  29.83 
 
 		 972 aa  69.3  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  33.78 
 
 		 590 aa  68.6  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  32.3 
 
 		 798 aa  67.8  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1549  putative outer membrane protein  31.91 
 
 		 644 aa  66.6  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  36.61 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3238  hypothetical protein  33.79 
 
 		 652 aa  65.1  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000359216  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  26.77 
 
 		 965 aa  65.1  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  34.03 
 
 		 630 aa  64.3  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  36.11 
 
 		 638 aa  64.3  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3927  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  31.03 
 
 		 465 aa  62.4  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  35.78 
 
 		 415 aa  62  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1220  Carbohydrate-binding CenC domain protein  35 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4930  Ricin B lectin  23.79 
 
 		 801 aa  59.7  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199916  normal  0.917817 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4387  hypothetical protein  38.89 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0468  protein of unknown function DUF1565  31.25 
 
 		 653 aa  58.5  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.672167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2876  parallel beta-helix repeat-containing protein  39.33 
 
 		 512 aa  58.2  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.794955 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  30.69 
 
 		 458 aa  58.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1459  carbohydrate-binding CenC domain-containing protein  34.71 
 
 		 261 aa  57.8  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  33.33 
 
 		 566 aa  57.4  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2920  hypothetical protein  32.85 
 
 		 551 aa  57  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000907563  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0412  Parallel beta-helix repeat protein  50.98 
 
 		 468 aa  57  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  29.37 
 
 		 469 aa  57  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>