86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2490 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2490  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 		 566 aa  1164    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  44.72 
 
 		 900 aa  275  1.0000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0840  glycoside hydrolase family 5  42.19 
 
 		 584 aa  256  6e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1560  glycoside hydrolase family protein  30.26 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000321145  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1586  Cellulase  32.54 
 
 		 545 aa  157  6e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0276  Cellulase  30.48 
 
 		 335 aa  150  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.166979  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1074  glycoside hydrolase family protein  33.2 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0670  glycoside hydrolase family 5  32.14 
 
 		 312 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  28.28 
 
 		 461 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0669  Cellulase  30.03 
 
 		 332 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0797  glycoside hydrolase family protein  31.13 
 
 		 814 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4876  Cellulase  31.53 
 
 		 572 aa  131  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.168386  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0182  Cellulase  31.91 
 
 		 593 aa  130  8.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  31.29 
 
 		 673 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3335  Cellulase  29.97 
 
 		 578 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.59527  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5006  glycoside hydrolase family 5  31 
 
 		 516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4946  Cellulase  31.58 
 
 		 589 aa  121  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0257714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2781  glycoside hydrolase family 5  29.51 
 
 		 681 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.183868  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4596  glycoside hydrolase family 5  28.86 
 
 		 378 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3202  cellulase  30.09 
 
 		 743 aa  108  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000270074  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2058  cellulase  25.36 
 
 		 469 aa  107  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.33329  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0325  dihydroxy-acid dehydratase  28.85 
 
 		 451 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.375618  normal  0.486344 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0774  glycoside hydrolase family protein  26.54 
 
 		 502 aa  105  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2636  DNA mismatch repair protein  26.95 
 
 		 621 aa  104  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119439  normal  0.352688 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08068  extracellular endoglucanase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01830)  27.83 
 
 		 572 aa  102  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1099  glycoside hydrolase family 5  28.01 
 
 		 475 aa  100  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1283  glycoside hydrolase family protein  29.01 
 
 		 332 aa  89.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  34.9 
 
 		 590 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2807  glycoside hydrolase family protein  26.98 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000151011  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1902  glycoside hydrolase family protein  21.77 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0182  glycoside hydrolase family protein  23.36 
 
 		 373 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1689  glycoside hydrolase family protein  23.08 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3093  glycoside hydrolase family protein  20.89 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.288487  normal  0.253195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0943  glycoside hydrolase family protein  23.97 
 
 		 493 aa  65.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 		 982 aa  65.1  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  34.31 
 
 		 749 aa  64.7  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  25.87 
 
 		 869 aa  62.4  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6252  Cellulase  27.51 
 
 		 370 aa  62  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  35.25 
 
 		 468 aa  60.8  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1104  glycoside hydrolase family protein  25.9 
 
 		 468 aa  60.8  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0389149  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1511  glycoside hydrolase family protein  25.37 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  27.82 
 
 		 466 aa  60.5  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  31.25 
 
 		 522 aa  59.7  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1842  retaining beta-glycosidase  24.65 
 
 		 551 aa  58.2  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229195 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  31.54 
 
 		 1234 aa  57.8  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  33.09 
 
 		 739 aa  57.4  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66312  Endo-1,4-beta-glucanase  23.48 
 
 		 481 aa  57.4  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0233843 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0162  endoglucanase precursor (endo-1,4-BETA-glucanase) protein  28.78 
 
 		 420 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  29.33 
 
 		 581 aa  56.6  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0675  Carbohydrate binding family 6  29.3 
 
 		 875 aa  56.6  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.783168 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1727  endoglucanase  24.73 
 
 		 588 aa  56.2  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.296134  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2319  family 5 glycoside hydrolase  21.53 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.182404  normal  0.298559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  25.52 
 
 		 853 aa  55.1  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  35.56 
 
 		 930 aa  55.5  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  34.92 
 
 		 1387 aa  54.3  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39320  endoglucanase family 5 glycoside hydrolase  22.22 
 
 		 481 aa  53.9  0.000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.280438 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  32.64 
 
 		 954 aa  53.9  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2580  glycoside hydrolase family 18  24.87 
 
 		 1115 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.492458  normal  0.158237 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  31.17 
 
 		 1799 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  36.92 
 
 		 524 aa  53.5  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1473  glycoside hydrolase family 5  25 
 
 		 382 aa  53.5  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2693  glycoside hydrolase family protein  22.08 
 
 		 489 aa  52.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  32.74 
 
 		 1262 aa  52.8  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39160  Endoglucanase C (EGC) (Endo-1,4-beta-glucanase) (Cellulase C)  22.33 
 
 		 483 aa  51.6  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.151498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  25.93 
 
 		 1004 aa  51.2  0.00005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3317  glycoside hydrolase family protein  25.36 
 
 		 357 aa  51.2  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  30.77 
 
 		 919 aa  51.2  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2374  glycosy hydrolase family protein  28.77 
 
 		 535 aa  51.2  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  32.28 
 
 		 1035 aa  50.1  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03301  endoglucanase  23.24 
 
 		 376 aa  49.7  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2362  glycosy hydrolase family protein  28.85 
 
 		 491 aa  50.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1941  Cellulase  26.53 
 
 		 347 aa  50.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  27.89 
 
 		 1707 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03298  endoglucanase  25.64 
 
 		 347 aa  49.3  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.746133  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0671  glycoside hydrolase family 5  27.04 
 
 		 331 aa  48.5  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2195  glycoside hydrolase family 5  22.75 
 
 		 337 aa  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  24.02 
 
 		 459 aa  47.8  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1368  Cellulase  22.17 
 
 		 426 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1073  glycoside hydrolase family protein  26.92 
 
 		 329 aa  47  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  30.47 
 
 		 1024 aa  45.8  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0289  glycoside hydrolase family 5  28.65 
 
 		 378 aa  46.2  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  29.25 
 
 		 798 aa  45.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  36.54 
 
 		 569 aa  44.3  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  29.73 
 
 		 1167 aa  44.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07770  conserved hypothetical protein  23.39 
 
 		 847 aa  43.9  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.622601  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2014  glycoside hydrolase family protein  21.05 
 
 		 501 aa  44.3  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>