136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3892 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  100 
 
 		 550 aa  1136    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3260  hypothetical protein  56.34 
 
 		 500 aa  160  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293464 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  49.38 
 
 		 1024 aa  154  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  50.34 
 
 		 1167 aa  145  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  52.24 
 
 		 569 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  33.45 
 
 		 1132 aa  133  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  45.26 
 
 		 1707 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1051  endoglucanase-related protein  32.95 
 
 		 1295 aa  111  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.222685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  34.2 
 
 		 801 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  60.42 
 
 		 675 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4337  coagulation factor 5/8 type domain protein  39.87 
 
 		 933 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.202539 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2193  carbohydrate-binding family 6 protein  41.67 
 
 		 948 aa  103  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.43679  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2070  Carbohydrate binding family 6  32.51 
 
 		 802 aa  102  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.002169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0216  hypothetical protein  37.75 
 
 		 630 aa  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.80342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1978  Carbohydrate binding family 6  35.36 
 
 		 823 aa  101  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.410685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2067  Carbohydrate binding family 6  37.5 
 
 		 819 aa  97.8  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.517806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2929  hypothetical protein  31.05 
 
 		 673 aa  97.1  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7479  Carbohydrate binding family 6  41.89 
 
 		 918 aa  97.1  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2068  Carbohydrate binding family 6  36.31 
 
 		 1356 aa  96.7  9e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.684202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  32.34 
 
 		 610 aa  96.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  37.5 
 
 		 719 aa  96.3  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  37.32 
 
 		 870 aa  95.5  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1961  Endo-1,4-beta-xylanase  36 
 
 		 524 aa  94.7  4e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  35.42 
 
 		 845 aa  94.7  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  38.3 
 
 		 863 aa  94  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2071  Carbohydrate binding family 6  37.25 
 
 		 1380 aa  93.6  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.306385  normal  0.362656 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2137  Carbohydrate binding family 6  36.36 
 
 		 1262 aa  94  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.138075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  34.22 
 
 		 884 aa  93.6  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0078  Carbohydrate binding family 6  34.97 
 
 		 1234 aa  93.2  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.511687 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1756  Carbohydrate binding family 6  34.48 
 
 		 930 aa  92.8  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0488  Carbohydrate binding family 6  36.99 
 
 		 1799 aa  92.4  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2671  Carbohydrate binding family 6  36.96 
 
 		 581 aa  91.7  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.684309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4175  glycoside hydrolase family protein  35.9 
 
 		 541 aa  91.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  29.57 
 
 		 982 aa  91.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1344  periplasmic copper-binding  39.29 
 
 		 954 aa  90.9  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.283677  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1469  Carbohydrate binding family 6  28.91 
 
 		 735 aa  91.3  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1961  Carbohydrate binding family 6  35.62 
 
 		 840 aa  90.9  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.00050409  normal  0.0219561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0493  Carbohydrate binding family 6  32.95 
 
 		 627 aa  90.5  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4284  Carbohydrate binding family 6  33.78 
 
 		 705 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.0937971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  35.03 
 
 		 639 aa  89.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1342  periplasmic copper-binding  40.28 
 
 		 919 aa  89.4  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.766214 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  36.67 
 
 		 786 aa  87  8e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02670  glycoside hydrolase family 16  30.94 
 
 		 503 aa  84.7  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1920  Carbohydrate binding family 6  33.56 
 
 		 777 aa  84.3  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2618  Carbohydrate binding family 6  34.19 
 
 		 522 aa  84.3  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0533616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  35.51 
 
 		 957 aa  84  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  36.09 
 
 		 877 aa  83.6  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  33.54 
 
 		 853 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  33.57 
 
 		 869 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  34.08 
 
 		 855 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2186  glycoside hydrolase family 18  31.5 
 
 		 536 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0363978  hitchhiker  0.000898498 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  37.93 
 
 		 1732 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  36.61 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1609  Beta-glucosidase  36.18 
 
 		 1338 aa  82  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344254 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6229  Carbohydrate binding family 6  39.09 
 
 		 461 aa  81.6  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5042  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.53 
 
 		 1321 aa  81.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1779  Carbohydrate binding family 6  28.9 
 
 		 526 aa  81.3  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00214562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0404  Carbohydrate binding family 6  31.48 
 
 		 468 aa  81.3  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.813596 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  33.1 
 
 		 1004 aa  80.9  0.00000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0431  Carbohydrate binding family 6  30.99 
 
 		 966 aa  80.5  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.174739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2209  Carbohydrate binding family 6  34.97 
 
 		 739 aa  80.5  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.858511  normal  0.120589 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1783  Carbohydrate binding family 6  37.24 
 
 		 2554 aa  80.1  0.00000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  35.42 
 
 		 3295 aa  78.2  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4512  Carbohydrate binding family 6  35.16 
 
 		 1391 aa  77.4  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.472745 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3536  Carbohydrate binding family 6  36.7 
 
 		 726 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414252  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3927  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  36.52 
 
 		 465 aa  74.7  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2670  PKD domain containing protein  30.56 
 
 		 1387 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.195027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5224  Carbohydrate binding family 6  36.75 
 
 		 566 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3218  Alpha-L-fucosidase  30.67 
 
 		 798 aa  72.4  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266545  normal  0.296598 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0675  Carbohydrate binding family 6  29.27 
 
 		 875 aa  72.4  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.783168 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2920  hypothetical protein  34.87 
 
 		 551 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000907563  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3428  hypothetical protein  56.25 
 
 		 720 aa  71.6  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.660009  hitchhiker  0.0000342661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  31.29 
 
 		 972 aa  70.5  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  39.13 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03258  chitinase  47.62 
 
 		 846 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1873  carbohydrate-binding family 6 protein  25.23 
 
 		 1091 aa  69.3  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00027012  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0405  Carbohydrate binding family 6  31.13 
 
 		 749 aa  69.3  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.85643 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1540  chitinase  34.13 
 
 		 846 aa  68.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.987868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0542  glycoside hydrolase family 18  35.53 
 
 		 703 aa  65.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1838  Carbohydrate binding family 6  32.64 
 
 		 1035 aa  64.7  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533489  normal  0.441295 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0682  putative Ig  40 
 
 		 1123 aa  64.3  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.929764  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0757  endochitinase ChiA  39.18 
 
 		 846 aa  64.3  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2852  beta-glycosidase-like protein  35.71 
 
 		 1152 aa  62.4  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.359276  normal  0.0739949 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1445  phosphoribosylformylglycinamidine synthase  37.08 
 
 		 473 aa  61.2  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002720  chitinase  35.51 
 
 		 848 aa  60.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.548595  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0242  Band 7 protein  29.5 
 
 		 681 aa  60.8  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3982  glycosyl hydrolase family chitinase  39.6 
 
 		 1146 aa  59.7  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  29.05 
 
 		 590 aa  59.7  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0129  carbohydrate-binding family 6 protein  35.65 
 
 		 469 aa  57.8  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.235369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3239  cellulase  33.11 
 
 		 638 aa  55.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00277111  normal  0.266356 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  32.47 
 
 		 470 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2184  Chitinase  32.89 
 
 		 1362 aa  54.7  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723588 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0638  chitodextrinase  38.1 
 
 		 1051 aa  54.3  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2484  glycoside hydrolase family protein  44.07 
 
 		 1127 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.1184  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3741  alpha-L-rhamnosidase  41.18 
 
 		 1107 aa  53.5  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00158847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2491  glycoside hydrolase family 18  40.58 
 
 		 1127 aa  53.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  39.13 
 
 		 627 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2043  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 10 protein  29.08 
 
 		 1247 aa  52.4  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3180  glycoside hydrolase family protein  33.66 
 
 		 963 aa  52.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000076749 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1860  glycoside hydrolase family 18  42.19 
 
 		 1127 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686097  hitchhiker  0.0000000988456 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>