More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3612 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  100 
 
 		 1186 aa  2421    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0181  Beta-1 4-xylanase-like  72.99 
 
 		 574 aa  452  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  47.86 
 
 		 679 aa  401  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  45.75 
 
 		 535 aa  386  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  39.39 
 
 		 524 aa  307  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  39.33 
 
 		 509 aa  304  8.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  41.33 
 
 		 533 aa  294  7e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  38 
 
 		 618 aa  277  9e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  37.88 
 
 		 1338 aa  273  1e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  37.67 
 
 		 464 aa  270  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  38.12 
 
 		 712 aa  268  7e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1230  Carbohydrate binding family 6  45.1 
 
 		 541 aa  267  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000323294  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  40.05 
 
 		 383 aa  238  7e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3590  glycoside hydrolase family protein  40.96 
 
 		 325 aa  234  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.013688  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  31.74 
 
 		 450 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4610  glycoside hydrolase family protein  39.29 
 
 		 721 aa  217  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03861  glycosyl hydrolase family 10  40.29 
 
 		 325 aa  215  3.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260596  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1239  bifunctional acetylxylan esterase/xylanase, CBM4 module, glycoside hydrolase family 10 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  36.59 
 
 		 1414 aa  213  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.830301 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  35.82 
 
 		 667 aa  209  2e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1069  glycoside hydrolase family 10  38.91 
 
 		 997 aa  208  6e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000326536  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2043  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 10 protein  36.68 
 
 		 1247 aa  205  4e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.7 
 
 		 444 aa  197  9e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  39.24 
 
 		 315 aa  197  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  39.24 
 
 		 315 aa  197  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  40.88 
 
 		 468 aa  194  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  38.92 
 
 		 315 aa  194  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  40 
 
 		 311 aa  187  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  39.47 
 
 		 348 aa  185  5.0000000000000004e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03863  glycosyl hydrolase family 10  38.74 
 
 		 271 aa  182  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  38.56 
 
 		 311 aa  182  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  37.74 
 
 		 317 aa  180  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.31 
 
 		 316 aa  172  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  30.17 
 
 		 401 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  34.91 
 
 		 317 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  36.75 
 
 		 302 aa  164  9e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.41 
 
 		 344 aa  160  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0182  hypothetical protein  53.06 
 
 		 933 aa  158  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.132644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  33.14 
 
 		 367 aa  157  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  33.85 
 
 		 527 aa  153  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  36.45 
 
 		 487 aa  153  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  33.33 
 
 		 383 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  32.14 
 
 		 346 aa  152  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.53 
 
 		 320 aa  148  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  37.04 
 
 		 313 aa  145  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.85 
 
 		 346 aa  145  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  32.54 
 
 		 326 aa  144  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  32.25 
 
 		 385 aa  142  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.04 
 
 		 330 aa  141  6e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  31.54 
 
 		 404 aa  139  4e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0624  endo-1,4-beta-xylanase  27.27 
 
 		 756 aa  137  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000271039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  33.23 
 
 		 330 aa  136  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  32.73 
 
 		 344 aa  132  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2590  glycoside hydrolase family protein  24.94 
 
 		 639 aa  132  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.549614  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  32.62 
 
 		 324 aa  128  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  32.91 
 
 		 644 aa  128  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  27.53 
 
 		 1041 aa  125  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  30.65 
 
 		 323 aa  124  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  25.23 
 
 		 1059 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1838  glycoside hydrolase family protein  26.99 
 
 		 619 aa  120  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.561717  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  25.23 
 
 		 1059 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  31.23 
 
 		 344 aa  118  7.999999999999999e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0185  Endo-1,4-beta-xylanase  28.15 
 
 		 337 aa  113  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1252  Endo-1,4-beta-xylanase  24.83 
 
 		 1019 aa  111  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.104467 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  27.27 
 
 		 1037 aa  110  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  25.45 
 
 		 1018 aa  110  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1068  Endo-1,4-beta-xylanase  26.05 
 
 		 912 aa  110  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0377061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2105  xylanase  27.94 
 
 		 674 aa  107  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3558  glycoside hydrolase family 10  30.97 
 
 		 820 aa  106  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2634  family 10 glycoside hydrolase  31.7 
 
 		 497 aa  107  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.77 
 
 		 471 aa  106  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2487  Endo-1,4-beta-xylanase  31.56 
 
 		 815 aa  106  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2328  Endo-1,4-beta-xylanase  26.89 
 
 		 338 aa  105  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57061  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  31.29 
 
 		 471 aa  105  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0854  endo-1,4-beta-xylanase  28.98 
 
 		 347 aa  105  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0931  glycoside hydrolase family 10  29.75 
 
 		 423 aa  105  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.514764  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0877  endo-1,4-beta-xylanase  28.83 
 
 		 347 aa  105  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.113866  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2194  carbohydrate-binding family 6 protein  44 
 
 		 501 aa  104  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.29628  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05340  endo-1,4-beta-xylanase (glycosyl hydrolase family 10)  28.95 
 
 		 457 aa  102  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.536878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0183  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  26.09 
 
 		 697 aa  100  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1232  Carbohydrate binding family 6  39.46 
 
 		 490 aa  99.4  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.122742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  23.65 
 
 		 1050 aa  99  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2024  glycoside hydrolase family 10  31.75 
 
 		 756 aa  99  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0351  Endo-1,4-beta-xylanase  26.8 
 
 		 366 aa  98.6  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2923  xylanase  29.64 
 
 		 491 aa  98.2  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  28.57 
 
 		 495 aa  97.1  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.66 
 
 		 335 aa  96.7  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3704  glycoside hydrolase family protein  26.69 
 
 		 417 aa  96.3  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0180  glycoside hydrolase family protein  26.55 
 
 		 678 aa  95.5  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.297284  normal  0.254971 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3531  Endo-1,4-beta-xylanase  30.77 
 
 		 472 aa  95.5  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0245  glycoside hydrolase family 10  30.39 
 
 		 1001 aa  95.5  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0287  Endo-1,4-beta-xylanase  28.08 
 
 		 333 aa  95.1  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000028358  normal  0.661075 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0733  glycoside hydrolase family 10  27.45 
 
 		 488 aa  94.7  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0159525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  36.11 
 
 		 965 aa  95.1  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0796  Endo-1,4-beta-xylanase  28.06 
 
 		 359 aa  94.7  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000650557  normal  0.101178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2586  Endo-1,4-beta-xylanase  30.04 
 
 		 454 aa  94  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2441  Endo-1,4-beta-xylanase  29.89 
 
 		 474 aa  93.6  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.637326  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2447  glycoside hydrolase family 10  27.31 
 
 		 477 aa  93.2  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3214  Endo-1,4-beta-xylanase  29.56 
 
 		 457 aa  93.2  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.176757  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  38.52 
 
 		 951 aa  92  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3010  endo-1,4-beta-xylanase  26.28 
 
 		 321 aa  91.3  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.800055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>