112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1982 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1982  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 315 aa  651    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000010784  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  99.37 
 
 		 315 aa  647    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000493506  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  98.1 
 
 		 315 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000027007  hitchhiker  0.0000035019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2063  glycoside hydrolase family protein  89.84 
 
 		 311 aa  547  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000284349  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2143  glycoside hydrolase family 43  86.67 
 
 		 311 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.209046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0789  endo-1,4-beta-xylanase D precursor  70.65 
 
 		 317 aa  428  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0130439  normal  0.452031 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0823  glycoside hydrolase family 43  51.89 
 
 		 302 aa  322  6e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.328209 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1231  Carbohydrate binding family 6  44.24 
 
 		 524 aa  271  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0177163  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2447  putative xylosidase  48.1 
 
 		 468 aa  268  5.9999999999999995e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.320135 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  46.28 
 
 		 533 aa  265  5.999999999999999e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2837  glycoside hydrolase family 43  45.48 
 
 		 348 aa  262  6.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61366  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  45.34 
 
 		 509 aa  261  1e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10919  hypothetical protein  44.07 
 
 		 383 aa  256  3e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0280473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  43.04 
 
 		 618 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3213  glycoside hydrolase family 43  41.59 
 
 		 464 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  39.24 
 
 		 1186 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1229  Carbohydrate binding family 6  36.31 
 
 		 535 aa  185  7e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.166566  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  35.87 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3224  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.28 
 
 		 444 aa  177  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.136595  normal  0.135367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4501  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.2 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.570213  normal  0.69004 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  41.83 
 
 		 401 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01459  xylosidase; arabinosidase  34.97 
 
 		 527 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928055  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  35.17 
 
 		 450 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1271  carbohydrate-binding family 6 protein  37.95 
 
 		 679 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3728  Alpha-L-arabinofuranosidase  35.38 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  35.79 
 
 		 487 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0822  Alpha-L-arabinofuranosidase  35.56 
 
 		 385 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000001862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0353  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.84 
 
 		 346 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2614  glycoside hydrolase family 43  32.93 
 
 		 326 aa  142  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4846  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.12 
 
 		 367 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960373  hitchhiker  0.00474985 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1928  Carbohydrate-binding CenC domain protein  32 
 
 		 712 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1323  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.84 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03869  beta-xylosidase (1,4-beta-D-xylan xylohydrolase) (Xylan1,4-beta-xylosidase) (Exo-beta-(1,4)-xylanase)  32.41 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0375  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.61 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194615 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16970  beta-xylosidase  34.68 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.374085 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1998  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.84 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0795  Xylan 1,4-beta-xylosidase  31.07 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000173963  normal  0.0629112 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  33.12 
 
 		 1338 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  31.9 
 
 		 644 aa  121  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01477  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  28.33 
 
 		 404 aa  119  7e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0551  Xylan 1,4-beta-xylosidase  29.65 
 
 		 335 aa  116  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000239269 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1660  carbohydrate binding domain/beta-xylosidase family protein  31.55 
 
 		 667 aa  116  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2384  glycoside hydrolase family 43  27.54 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0193  glycoside hydrolase family 43  29.68 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00680352  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6730  glycoside hydrolase family 43  28.16 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575675  normal  0.920031 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01870  xylosidase/arabinosidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04480)  27.33 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  30.8 
 
 		 345 aa  89.7  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  27.62 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2027  glycoside hydrolase family protein  28.33 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808853  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0739  glycoside hydrolase family protein  27.59 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0531  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.31 
 
 		 471 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  26.01 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540158  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1011  glycoside hydrolase family 43  22.77 
 
 		 471 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  27.05 
 
 		 340 aa  65.9  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  29.14 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6022  glycoside hydrolase family 43  28.81 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  28.12 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2556  glycoside hydrolase family 43  28.82 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  25.29 
 
 		 393 aa  62.4  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  25.63 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.73 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  27.54 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.19 
 
 		 355 aa  59.3  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.19 
 
 		 356 aa  59.3  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  24.92 
 
 		 636 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.17 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  25.65 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.23 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.05 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.42 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.19 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  24.69 
 
 		 746 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  24.58 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  27.27 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.7 
 
 		 345 aa  55.8  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0628  glycoside hydrolase family 43  28.07 
 
 		 505 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  26.49 
 
 		 475 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  26.81 
 
 		 495 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  25.73 
 
 		 804 aa  55.1  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  28.41 
 
 		 510 aa  54.3  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  25.27 
 
 		 519 aa  53.5  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  25.81 
 
 		 341 aa  53.9  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  24.56 
 
 		 855 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3207  glycoside hydrolase family protein  24.77 
 
 		 337 aa  53.1  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.417099 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0753  glycoside hydrolase family protein  29.09 
 
 		 465 aa  52.8  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  23.87 
 
 		 522 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  28.16 
 
 		 476 aa  50.1  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  31.61 
 
 		 810 aa  50.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  27.84 
 
 		 707 aa  49.7  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  26.06 
 
 		 703 aa  49.7  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0698  beta-glucanase precursor  25.95 
 
 		 369 aa  49.3  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  24.68 
 
 		 525 aa  49.3  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  23.62 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  24.4 
 
 		 577 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.9 
 
 		 379 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0745  glycoside hydrolase family 43  22.22 
 
 		 327 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.465475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  26.38 
 
 		 501 aa  46.6  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  22.99 
 
 		 534 aa  46.2  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  27.15 
 
 		 504 aa  46.2  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1751  coagulation factor 5/8 type domain protein  27.53 
 
 		 576 aa  46.2  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>